국토해양부장관이 철도공익서비스 제공에 대한 보상금을 지급한 사건에서, 해당 보상금이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당한다고 판단한 판결

이 사건은 철도운영자인 원고가 국토해양부장관과 체결한 공익서비스비용 보상계약에 따라 국고보조금을 지급받은 것과 관련된 것입니다. 원고는 고속철도 여객운송 등 과세대상 사업과 일반철도 여객운송 등 면세대상 사업을 영위하고 있으며, 공익서비스 제공에 따른 비용을 보상받기 위해 국토해양부장관과 계약을 체결했습니다. 피고들은 원고가 제공한 공익서비스가 비과세사업에 해당한다고 보고, 공통매입세액을 안분계산하여 부가가치세를 경정·고지했습니다. 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

판사는 원고가 제공한 공익서비스가 비과세사업에 해당하지 않으며, 국고보조금은 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것이라고 판단했습니다. 따라서 원고가 지급받은 공익서비스보상액은 용역의 공급대가가 아닌 재정상의 원조로 보아야 하며, 이를 기초로 공통매입세액을 안분계산할 수 없다고 보았습니다. 원심의 판단은 법리를 오해한 잘못이 있어 원심판결을 파기하고 사건을 환송했습니다.