세금 · 행정
원고 AA는 섬유산업 연구개발 관련 사업을 수행하는 기관으로서, 정부 보조금을 지원받아 연구개발 활동을 하며 시험분석 등 수익사업도 병행하였습니다. 이에 피고 BB 세무당국은 원고에게 2007년부터 2011년까지의 부가가치세를 부과하였는데, 이 부과처분에는 연구센터 구축 비용을 전액 비과세 사업 관련 매입금액으로 보거나 정부 보조금을 비과세 사업의 공급가액에 포함하여 공통매입세액을 안분계산하는 방식이 적용되었습니다. 원고는 이러한 과세 방식이 부당하다고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기하였고, 법원은 원고의 손을 들어주었습니다.
원고 AA는 섬유산업 연구개발을 위한 센터를 구축하고 운영하면서 정부로부터 보조금을 받았습니다. 이 센터는 슈퍼섬유 시제품 제작, 기술 지원, 시험분석 및 테스트베드 제공 등 다양한 활동을 수행했으며, 이 중 일부는 수익을 창출하는 과세 사업이었습니다. 피고 BB 세무당국은 원고의 부가가치세 신고 내용을 검토하여, 센터 구축 비용 전체를 비과세 사업 관련 비용으로 간주하거나, 받은 정부 보조금을 비과세 사업의 공급가액에 포함하여 매입세액 공제액을 줄이는 방식으로 부가가치세를 추가 부과했습니다. 원고는 이러한 세무당국의 계산 방식이 잘못되었다고 주장하며, 보조금은 대가가 아니며 센터는 과세 사업에도 사용되므로 매입세액 공제를 받아야 한다고 다퉜습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 연구개발센터 구축 관련 비용을 전액 비과세사업 관련 매입금액으로 보아 매입세액을 불공제한 것이 타당한지 여부입니다. 둘째, 원고가 지급받은 정부 보조금이 고유목적사업 수행에 대한 대가로서 부가가치세 과세 대상에 해당하여 공통매입세액 안분계산 시 비과세사업의 공급가액에 포함해야 하는지 여부입니다. 셋째, 보조금을 비과세사업의 공급가액에 포함할 수 없는 경우, 공통매입세액을 안분계산할 합리적인 다른 방법이 있는가 하는 것입니다. 넷째, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임이 누구에게 있는지 입니다.
법원은 피고 BB의 항소를 기각하고 원고 AA의 청구를 인용한 제1심 판결이 정당하다고 판단했습니다. 이에 따라 피고가 원고에게 부과한 부가가치세 대부분이 취소되었습니다. 다만, 제1심 판결 주문 중 2007년 제1기분 132,613,580원이라는 금액을 143,613,580원으로 정정하는 경정 결정이 있었습니다.
법원은 정부 보조금이 고유목적사업 수행의 대가로 볼 수 없으므로 비과세사업의 공급가액에 포함될 수 없으며, 연구센터 구축 비용 또한 전액 비과세사업과 관련되었다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 또한, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용된 매입세액의 안분계산에 있어 비과세 공급가액이 없는 경우, 공급가액 비율을 유추 적용할 수 없으며, 피고는 다른 합리적인 안분계산 방법을 찾아 과세했어야 한다고 보았습니다. 결론적으로 피고의 부가가치세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다고 결정했습니다.
이 사건에는 다음과 같은 법령과 법리가 적용되었습니다. 첫째, 행정소송법 제8조 제2항 및 민사소송법 제420조에 따라 항소심 법원이 제1심 판결의 이유를 인용할 수 있습니다. 둘째, 산업기술혁신촉진법 제42조 및 관련 조례에 근거한 보조금은 연구개발의 성패와 관계없이 지원되는 것으로서 고유목적사업 수행에 대한 대가로 볼 수 없으므로, 대가성 없는 용역의 공급은 부가가치세 과세 대상에 해당하지 않는다는 원칙이 적용됩니다. 셋째, 부가가치세법 시행령 제61조 제1항은 과세사업과 면세사업(비과세사업)에 공통으로 사용된 재화 또는 용역의 매입세액 안분계산 시 공급가액 비율을 사용하도록 규정하지만, 이 사건과 같이 비과세 공급가액이 없는 경우에는 이를 유추적용할 수 없다는 법리가 적용됩니다. 넷째, 부가가치세법 시행령 제61조 제4항에 따라 공급가액으로 안분계산할 수 없는 경우 다른 합리적인 방법을 찾아 적용해야 합니다. 마지막으로, 행정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 그 처분의 적법성에 대한 입증책임은 행정청인 피고에게 있으며, 추계조사결정 시에도 합리적이고 타당성 있는 방식에 의해야 한다는 대법원 판례의 법리가 적용되었습니다.
만약 귀하의 기관이 정부 보조금을 받아 연구개발이나 공익 사업을 수행한다면, 보조금이 부가가치세법상 '용역의 대가'로 인정되지 않을 수 있다는 점을 인지해야 합니다. 이는 공통매입세액 안분계산 시 비과세사업의 공급가액에 보조금을 포함하지 않아도 된다는 의미가 될 수 있습니다. 또한, 과세 사업과 비과세 사업을 겸하는 경우, 시설 구축 비용 등 공통으로 사용되는 자산에 대한 매입세액을 전부 불공제하는 것은 부당할 수 있으므로, 과세 및 비과세 사업에 실제로 사용되는 비율을 명확히 구분하여 소명할 준비를 해야 합니다. 세무당국의 과세 처분에 이의가 있다면, 행정처분의 적법성에 대한 입증책임은 행정청에 있다는 점을 기억하고, 합리적인 근거를 바탕으로 반박할 수 있습니다. 특히 비과세 공급가액이 없는 경우, 부가가치세법 시행령 제61조 제4항에 따른 다른 합리적인 안분계산 방법을 적용할 수 있는지 검토해야 합니다.
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