농업회사법인 토지 거래를 통한 법인세 환급 거부 사건

농업회사법인 A가 대표이사와 특수관계인 가족으로부터 시가보다 낮은 가격으로 토지를 매입한 후, 이를 다시 지역주택조합에 고가로 매도했습니다. 이에 세무서는 토지를 법인에 판매한 대표이사 등 개인에게 '부당행위계산부인' 규정을 적용하여 양도소득세 약 35억 6천만 원을 부과했습니다. 개인들은 이 과세 처분에 불복하여 소송을 제기했으나 패소했습니다. 이후 법인 A는 이미 개인에게 양도소득세가 부과되었으니 자신들이 납부한 법인세 약 10억 3천만 원을 환급해달라고 경정청구를 했으나 거부당했고, 이에 불복하여 법인세 경정거부처분 취소 소송을 제기했습니다. 법원은 원고 A의 청구를 기각하며, 법인세 환급 요구를 받아들이지 않았습니다.

관련 당사자

• 원고 (농업회사법인 주식회사 A): 농산물 유통, 가공, 판매 등을 목적으로 설립된 회사로, 특수관계인으로부터 토지를 매수하여 지역주택조합에 다시 매도했습니다.
• 피고 (서광주세무서장): 원고의 법인세 경정 청구를 거부한 세무 당국입니다.
• B, C (원고의 대표이사 및 사내이사 부부): 이 사건 토지의 최초 소유주 중 일부이자 원고 회사의 설립자 및 주요 임원입니다.
• D, E, F (B의 처제 및 동서): B, C와 함께 이 사건 토지의 최초 소유주였으며, 원고 회사에 토지를 매도한 특수관계인들입니다.
• I지역주택조합: 원고로부터 이 사건 토지를 최종적으로 6,804,000,000원에 매수한 주택조합입니다.

분쟁 상황

2014년, 원고 회사의 대표이사 B와 그의 가족(C, D, E, F)은 특정 토지를 12억 8천만 원에 매수했습니다. 2017년, 새로 설립된 농업회사법인 A(원고)는 이 특수관계인들로부터 해당 토지를 14억 5천 8백만 원에 매수했습니다. 그 후 불과 2개월 뒤, 원고는 이 토지를 I지역주택조합에 68억 4백만 원에 매도했습니다. 원고는 매도 차익에 대해 약 10억 3천 9백만 원의 법인세를 신고·납부했습니다. 그러나 피고인 세무서는 원고가 특수관계인으로부터 토지를 시가(68억 4백만 원)보다 현저히 낮은 가격으로 취득했다고 보고, B 등 개인에게 '부당행위계산부인' 규정을 적용하여 양도소득세 약 35억 6천 7백만 원을 부과했습니다. B 등은 이 양도소득세 처분에 불복하여 소송을 제기했으나, 1심과 2심 법원 모두 세무서의 처분이 정당하다고 판단했습니다. 이후 원고 A는 이미 특수관계인에게 양도소득세가 부과되었으니, 자신들이 납부한 법인세 약 17억 5천만 원(환급가산금 포함)을 환급해달라고 경정청구를 했으나, 세무서는 이를 거부했습니다. 이에 원고는 세무서의 경정거부처분 취소를 구하는 소송을 제기하기에 이르렀습니다.

핵심 쟁점

법인의 대표이사와 특수관계인 가족이 법인에 토지를 낮은 가격에 팔고 법인은 이를 다시 고가에 팔아 이익을 얻었을 때, 개인에게 부당행위계산부인으로 양도소득세가 부과된 경우 법인도 납부한 법인세 환급을 요구할 수 있는지 여부가 핵심 쟁점입니다.

법원의 판단

법원은 원고인 농업회사법인 A의 청구를 기각하여, 피고 서광주세무서장이 원고의 2017 사업연도 귀속 법인세 1,750,185,655원(환급가산금 포함) 환급을 거부한 처분은 정당하다고 판단했습니다. 이는 법인세가 적법하게 부과되었음을 의미하며, 원고는 법인세를 환급받을 수 없습니다.

결론

결과적으로 농업회사법인 A는 토지 매매로 인한 법인세 납부 의무를 유지하게 되었으며, 대표이사 등 특수관계인에게 부과된 양도소득세와 별개로 법인으로서의 세금 부담을 피할 수 없게 되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에는 주로 '소득세법 제101조 제1항'의 특수관계인 간 부당행위계산 부인 규정과 '국세기본법 제45조의2 제2항'의 경정 등의 청구 규정이 적용되었습니다. '소득세법 제101조 제1항'(구 소득세법 포함)은 특수관계인 간에 자산을 시가보다 낮은 가격으로 매매하여 소득세를 부당하게 감소시킨 경우, 그 거래금액을 시가로 보아 소득금액을 계산하여 과세할 수 있도록 합니다. 이 규정은 B, C 등 개인들이 농업회사법인 A에 토지를 시가보다 낮은 가격으로 양도했다고 판단하여 이들에게 양도소득세를 부과하는 근거가 되었습니다. 법원은 A가 지역주택조합에 매도한 가격인 68억 4백만 원을 당시의 시가로 보아 부당행위계산부인 처분을 정당하다고 인정했습니다. '구 국세기본법 제45조의2 제2항'은 납세의무자가 세법에 따른 신고 내용에 오류나 누락이 있어 세액이 과다하게 납부되었을 경우, 일정 기간 내에 과세관청에 경정(수정)을 청구하여 환급을 받을 수 있도록 하는 조항입니다. 원고 A는 이 조항에 근거하여 자신들이 납부한 법인세의 환급을 청구했으나, 법원은 이를 받아들이지 않았습니다. 이는 법인이 얻은 수익에 대한 법인세와 특수관계인에게 부과된 양도소득세를 별개의 세금 문제로 보았음을 시사합니다. 또한, '구 법인세법 제41조 제1항'과 '시행령 제72조 제2항'은 법인의 자산 취득가액 및 특수관계인과의 거래에서 시가와 현저한 차이가 나는 경우의 취득가액 계산에 관한 규정입니다. 이 사건에서 법인 A의 법인세는 특수관계인에게서 매수한 14억 5천 8백만 원을 취득가액으로, 지역주택조합에 매도한 68억 4백만 원을 양도가액으로 하여 산정되었으며, 법원은 이 법인세 부과 자체를 적법한 것으로 판단했습니다.

참고 사항

특수관계인 간에 자산을 거래할 때는 반드시 객관적인 시가를 기준으로 해야 합니다. 시가와 현저한 차이가 나는 가격으로 거래할 경우, 세무당국은 '부당행위계산부인' 규정을 적용하여 추가 세금을 부과할 수 있습니다. 이 사건처럼 법인이 특수관계인으로부터 낮은 가격에 자산을 취득하고 단기간 내에 이를 높은 가격에 되파는 경우, 세무당국의 정밀한 조사가 이루어질 가능성이 매우 높습니다. 법인과 개인은 법률상 독립된 주체이므로, 법인이 얻은 소득에 대한 법인세와 개인이 얻은 소득에 대한 소득세는 각각 독립적으로 계산되고 부과됩니다. 설령 특수관계인 간의 거래가 부당행위계산으로 보아 개인에게 추가 세금이 부과되더라도, 법인이 적법하게 얻은 소득에 대한 법인세 납부 의무가 면제되거나 환급되는 것은 아닐 수 있습니다. 이 사례는 법인의 독립된 세금 책임이 강조된 경우입니다. 법인의 실체가 없는 '도관회사'라는 주장은 세금 회피를 위한 수단으로 활용될 경우 법원에서 쉽게 인정되지 않습니다. 법인의 설립 목적, 실제 사업 활동, 재산 소유 관계 등을 종합적으로 판단하여 실질과세 원칙이 적용될 수 있습니다. 따라서 법인 설립 및 운영 시에는 사업의 실질과 세법 규정을 면밀히 검토하고 준수해야 합니다.