세금 · 행정
농업회사법인 주식회사 A가 2014년 및 2015년 귀속 법인세 부과처분에 대한 경정청구를 하였으나 제주세무서장이 이를 거부하자 거부처분 취소 소송을 제기한 사건입니다. 핵심 쟁점은 황칠나무 등 수목과 경작지가 조세특례제한법상 '사업용 유형자산'에 해당하는지 여부와 원고가 이를 사업에 사용했음을 증명했는지 여부였습니다. 법원은 원고의 주장을 받아들여 세무서장의 거부처분을 취소하고 황칠나무 등 수목이 유형자산에 해당하며 경작지 또한 사업에 사용되었음을 인정했습니다.
농업회사법인 A는 황칠나무 재배 및 관련 사업을 운영하면서 2014년과 2015년 귀속 법인세와 관련하여 조세특례제한법상 감면 혜택을 받을 수 있다고 판단하여 법인세 경정청구를 했습니다. 그러나 제주세무서장은 이 청구를 거부했습니다. 세무서장은 원고가 주장하는 감면 대상인 '사업용 유형자산'에 황칠나무 등의 수목과 외부에서 취득한 기타 자산은 포함되지 않으며 원고가 경작지를 실제로 사업에 사용했다는 증명도 부족하다고 주장했습니다. 이에 원고는 세무서장의 거부처분이 부당하다며 취소 소송을 제기하여 1심에서 승소했고 세무서장이 항소하여 2심으로 이어졌습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 두 가지였습니다. 첫째, 황칠나무 등 수목과 B단지 외부에서 취득한 기타 자산이 구 조세특례제한법 제121조의8 제1항 및 제2항에서 규정하는 법인세 감면 한도를 정하는 '해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산'에 포함되는지 여부입니다. 특히 수목이 기업회계기준상 유형자산으로 분류될 수 있는지가 핵심이었습니다. 둘째, 원고가 경작지 등을 이 사건 사업인 황칠나무 재배에 실제로 사용했다는 사실을 충분히 증명했는지 여부입니다. 피고는 원고가 사업용 유형자산인 경작지를 사업에 사용했다는 사실을 증명하지 못했다고 주장했습니다.
항소심 법원인 광주고등법원 제주재판부는 피고(제주세무서장)의 항소를 기각하고 제1심판결(원고 승소)이 정당하다고 판단했습니다. 결론적으로 피고가 원고에게 한 2014년 및 2015년 귀속 법인세 부과처분의 경정청구에 대한 거부처분은 취소되어야 한다고 결정했습니다.
법원은 원고가 황칠나무 등 수목에서 나오는 가지 등을 원료로 사업을 영위하고 있는 사실을 인정했습니다. 특히 기업회계기준서 제1016호의 '생산용 식물' 정의에 따라 황칠나무와 같은 수목은 유형자산에 해당한다고 판단했습니다. 또한 원고가 조세심판원 심리 절차에서 제출한 토지 취득 내역서와 그 증빙 서류인 계약서 그리고 재무상태표상 토지 가액의 변화(2013년 200,000,000원에서 2014년 4,774,000,000원, 2015년 5,016,000,000원으로 증가) 등의 증거들을 종합하여 원고가 이 사건 경작지를 황칠나무 재배 사업에 실제로 사용했다는 사실을 충분히 인정할 수 있다고 보았습니다. 이에 따라 피고의 주장을 모두 배척하고 원고의 법인세 경정청구 거부처분 취소 청구를 받아들였습니다.
이 사건에 적용된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다. 구 조세특례제한법 제121조의8 제1항, 제2항: 이 조항은 농업회사법인 및 영어조합법인에 대한 법인세 또는 소득세 감면 혜택을 규정합니다. 특히 제2항은 감면세액의 한도를 '해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산'에 대한 투자 합계액 범위 내로 정하고 있어 황칠나무와 경작지가 이 '사업용 유형자산'에 해당하는지가 주요 쟁점이었습니다. 조세특례제한법 시행령 제116조의14 제2항, 구 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 제1호: 이 시행령 및 시행규칙은 위 조세특례제한법 조항에서 언급하는 '사업용 유형자산'의 구체적인 범위와 그 투자액 산정 기준을 정의합니다. 법원은 이 사건에서 수목(황칠나무)이 '사업용 유형자산'에 포함될 수 있는지 여부를 판단하기 위해 기업회계기준서를 참조했습니다. 기업회계기준서 제1016호: 이 기준서는 '유형자산'에 대한 정의와 처리 방식을 규정하는데 특히 '생산용 식물'을 수확물을 생산하거나 공급하는 데 사용하고 한 회계기간을 초과하여 생산물을 생산하며 수확물로 판매될 가능성이 희박한 살아있는 식물로 정의하고 이러한 생산용 식물은 유형자산으로 간주한다고 명시합니다. 이 판결에서 법원은 황칠나무를 이 '생산용 식물'로 보아 유형자산으로 인정했습니다. 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문: 이 조항들은 항소심에서 제1심 판결의 이유를 그대로 인용할 수 있음을 규정하는 절차적 조항입니다. 즉 항소심 법원이 1심 판결의 판단에 별다른 추가 변경 사항 없이 동의할 경우 1심 판결의 이유를 자신의 판결 이유로 삼을 수 있다는 것입니다. 본 사건에서도 항소심은 피고의 추가 주장에 대해서만 별도 판단하고 나머지는 1심 판결을 인용했습니다.
농업회사가 특수 작물 재배 등으로 법인세 감면 혜택을 받고자 할 경우, 해당 작물(수목 등)이 기업회계기준상 '생산용 식물'로서 유형자산에 해당하는지 여부를 미리 확인해야 합니다. '생산용 식물'은 수확물을 생산하거나 공급하는 데 사용하고 한 회계기간을 초과하여 생산물을 생산할 것으로 예상하며 수확물로 판매될 가능성이 희박한 살아있는 식물을 의미합니다. 감면 대상 '사업용 유형자산'으로 인정받기 위해서는 해당 자산이 실제로 사업에 사용되고 있다는 사실을 객관적인 증거로 명확히 입증하는 것이 매우 중요합니다. 이를 위해 계약서 재무상태표 토지 취득 내역서 재배 현황 사진 등 구체적인 사용 현황을 입증할 수 있는 자료를 충분히 확보해야 합니다. 세무 당국과의 이견이 발생했을 때는 조세심판원 등 행정 절차에서부터 관련 증빙 자료를 철저히 준비하여 제출하고 적극적으로 소명해야 합니다.
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