세금 · 행정
이 사건은 주식회사 B(원고)가 도료 및 안료 제조 및 판매업을 영위하면서, 상표권 사용료, 경영자문 용역비, 고문료 명목으로 E, F, C에게 지급한 금액에 대해 세무조사 결과 가공비용으로 판단되어 손금불산입 처리되었고, 이에 따른 법인세와 부가가치세가 부과되었습니다. 원고는 이러한 처분이 부당하다며 소송을 제기했습니다. 원고는 해당 비용이 실제로 지급된 것이며, 가공비용이 아니라고 주장했지만, 피고인 국세청은 이를 인정하지 않았습니다. 또한, 원고는 관련 형사사건에서 원고의 대표이사들이 유죄 판결을 받은 사실이 있습니다.
법원은 원고가 지급한 상표권 사용료, 경영자문 용역비, 고문료가 실제로 가공비용에 해당한다고 판단했습니다. 이는 원고가 계열사를 지배하는 C의 지시에 따라 형식적으로 지급된 것으로, 실제로는 원고의 자금을 개인적으로 인출하기 위한 목적이었다고 봤습니다. 따라서 이러한 비용은 법인세법상 손금에 해당하지 않으므로, 원고의 주장은 받아들여지지 않았습니다. 그러나 일부 부가가치세 부과처분에 대해서는 부과제척기간이 경과했거나, 과소신고가산세율이 부당하게 적용된 부분에 대해서는 원고의 주장이 일부 인정되어 해당 부분의 처분이 취소되었습니다. 결론적으로, 원고의 청구는 부분적으로 인용되었고, 나머지는 기각되었습니다.
