고철 판매 회사의 부동산 저가 양도 및 가짜 세금계산서 관련 세금 추징 판결

고철 구입, 가공, 판매업을 하는 A 주식회사가 세무서로부터 법인세 및 부가가치세를 부과받은 사건입니다. A 회사는 특수관계인인 자회사에 시가보다 낮은 가격으로 부동산을 매각하고, 고철 매입 과정에서 실제 공급자가 아닌 회사로부터 세금계산서를 받아 매입세액을 공제받았습니다. 이에 세무서는 부동산 저가 양도를 '부당행위계산 부인' 대상으로 보아 법인세를 추징하고, 실제 공급자와 다른 세금계산서를 '거짓 세금계산서'로 보아 매입세액 불공제로 부가가치세를 추징했습니다. A 회사는 이러한 세금 부과 처분이 부당하다며 취소 소송을 제기했으나, 법원은 세무서의 처분이 정당하다고 판단하여 A 회사의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고 A 주식회사: 고철 구입, 가공, 판매업을 영위하는 회사로, 세무서의 법인세 및 부가가치세 부과 처분에 불복하여 소송을 제기했습니다.
• 피고 시흥세무서장: A 주식회사에 대해 법인세 및 부가가치세 부과 처분을 내린 기관입니다.
• C 주식회사: A 주식회사의 특수관계인(원고 대표이사의 아들이 100% 주주)으로, A 회사로부터 이 사건 부동산을 50억 원에 매수했습니다.
• D 주식회사 및 E: A 주식회사에 고철을 공급했다고 주장하며 세금계산서를 발행했으나, 실제 고철 공급자가 아님이 드러난 업체들입니다.

분쟁 상황

A 주식회사는 고철 관련 사업을 하면서 다음과 같은 두 가지 상황으로 세무 당국과 갈등을 겪게 되었습니다.

첫째, 2016년 10월, A 회사는 시흥시 소재 부동산을 특수관계인인 C 주식회사(A 회사 대표이사의 아들이 100% 주주)에 50억 원에 매도했습니다. 이후 세무조사에서 이 부동산의 감정평가액이 54억 7,104만 8,390원으로 나타나, 매매가격과의 차액 4억 7,104만 8,390원이 발생했습니다. 세무 당국은 이를 '부당행위계산 부인' 대상으로 보아 법인세를 증액 경정했습니다.

둘째, A 회사는 2016년과 2018년에 걸쳐 D과 E로부터 고철을 매입하고 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받아 부가가치세를 신고·납부했습니다. 그러나 세무조사 결과, D과 E는 실제 고철을 공급한 자와 세금계산서를 발행한 자가 일치하지 않는 이른바 '가짜 세금계산서'를 발행한 업체로 밝혀졌습니다. D은 직권 폐업되었고, E의 운영자는 허위 세금계산서 발급으로 유죄 판결까지 받았습니다. 세무 당국은 이에 따라 A 회사의 매입세액을 부인하고 부가가치세를 추징했습니다.

A 회사는 이 두 가지 세금 부과 처분이 부당하다며 취소 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, A 주식회사가 특수관계인 C 주식회사에 부동산을 시가보다 낮은 가격인 50억 원에 양도한 행위가 구 법인세법상 '부당행위계산 부인' 대상에 해당하는지 여부입니다. 둘째, A 주식회사가 D과 E로부터 수취한 고철 매입 세금계산서가 재화의 실제 공급자와 세금계산서 발행자가 일치하지 않는 '거짓 세금계산서'에 해당하는지, 그리고 A 주식회사가 이러한 사실을 알지 못했고, 알지 못한 데에 과실이 없었는지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 원고 A 주식회사의 청구를 모두 기각했습니다. 이는 시흥세무서장이 A 회사에 부과한 법인세 및 부가가치세 부과 처분이 정당하다는 의미입니다.

결론

법원은 A 주식회사가 특수관계인 C 주식회사에 부동산을 시가(감정평가액 54억 7,104만 8,390원)보다 낮은 50억 원에 양도한 것은 건전한 사회 통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 '부당행위계산 부인' 대상에 해당한다고 판단했습니다. 이로 인해 발생한 시가와 거래가액의 차액 4억 7,104만 8,390원은 구 법인세법 시행령에서 정한 적용 요건(3억 원 이상 또는 시가의 5% 이상)을 충족합니다. 또한, A 주식회사가 D과 E로부터 받은 세금계산서는 실제 고철 공급자와 세금계산서 발행자가 일치하지 않아 '사실과 다르게 기재된 세금계산서'에 해당한다고 보았습니다. 법원은 A 회사의 영업과장이 D과 E의 사업 능력을 충분히 확인하지 않았고, 의심스러운 상황에서도 거래를 지속하거나 추가 조치를 충분히 취하지 않은 점 등을 들어 A 회사가 세금계산서 명의 위장 사실을 알지 못했고 알지 못한 데에 과실이 없다고 인정하기 어렵다고 판단했습니다. 따라서 법원은 A 주식회사의 주장을 모두 받아들이지 않고, 세무서의 법인세 및 부가가치세 부과 처분이 정당하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에 적용된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

1. 구 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인)​: 법인이 특수관계인과의 거래로 인해 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면, 세무 당국이 해당 거래를 부인하고 법령에 정한 방법으로 소득금액을 다시 계산하여 세금을 부과할 수 있습니다. 이는 '경제적 합리성'을 무시한 비정상적인 거래에 적용됩니다.
2. 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 및 제2항(시가의 범위 등)​: 자산 거래 시 '시가'를 판단하는 기준을 제시합니다. 원칙적으로는 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정 다수와 계속적으로 거래한 가격이나 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 시가로 봅니다. 만약 시가가 불분명할 경우에는 감정평가법인등이 감정한 가액을 시가로 적용할 수 있습니다. 이 사건에서는 제3자 간 거래 가격이 없어 담보 목적으로 이루어진 감정평가액이 시가로 인정되었습니다.
3. 구 법인세법 시행령 제88조 제3항: 부당행위계산 부인 규정 중 '재산의 저가양도' 조항은 시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에만 적용됩니다. 이 사건에서는 차액이 4억 7,104만 8,390원으로 3억 원 이상이고 시가(약 54억 원)의 5%(약 2억 7천만 원)를 초과하여 요건을 충족했습니다.
4. 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호(매입세액)​: 세금계산서의 필요적 기재사항 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정합니다. 여기서 '사실과 다르다'는 것은 국세기본법 제14조 제1항(실질과세의 원칙)의 취지에 따라, 재화나 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체가 세금계산서에 기재된 내용과 일치하지 않는 경우를 의미합니다. 즉, 실제 공급자와 세금계산서상 공급자가 다른 경우 매입세액 공제를 받을 수 없다는 것입니다.
5. 대법원 판례: 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우, 공급받는 자가 명의 위장 사실을 알지 못했고, 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 매입세액 공제를 받을 수 없으며, 이러한 '선의·무과실'은 매입세액 공제를 주장하는 자가 입증해야 합니다.

참고 사항

유사한 문제 상황에 처했을 때 다음 사항들을 참고하세요.

1. 특수관계인과의 거래 시 주의: 가족이나 자회사 등 특수관계인과 부동산이나 자산을 거래할 때는 객관적인 '시가'를 기준으로 해야 합니다. 시가보다 현저히 낮은 가격으로 거래하면 세무 당국은 이를 '부당행위계산 부인'으로 보고 법인세를 추징할 수 있습니다. 감정평가기관의 평가액 등 객관적인 시가 자료를 반드시 확보하여 거래의 정당성을 입증할 수 있도록 준비해야 합니다.
2. 세금계산서 수취 시 철저한 확인: 매입세액 공제를 받기 위해서는 재화나 용역을 실제로 공급한 사업자로부터 세금계산서를 받아야 합니다. 사업자등록증, 통장 사본 등 형식적인 서류만으로는 부족하며, 거래 상대방이 실제로 사업을 영위하고 물품을 공급할 능력이 있는지, 야적장이나 사업시설 등이 실재하는지 등을 적극적으로 확인해야 합니다.
3. '선의·무과실' 입증의 중요성: 만약 거래 상대방이 실제 공급자가 아닌 허위 세금계산서 발행 업체로 밝혀질 경우, 공급받는 자(매입자)가 그 사실을 몰랐고 모르는데 과실이 없었다는 점을 스스로 입증해야만 매입세액 공제를 받을 수 있습니다. 단순히 '거래 규모가 작아서 의도하지 않았다'거나 '형사처벌을 받지 않았다'는 것만으로는 부족하며, 실질적인 확인 노력을 구체적으로 증명해야 합니다.
4. 거래 과정 기록 유지: 거래가 의심스러운 상황이 발생했을 때 영업 담당자의 단순한 소문 확인을 넘어, 실제 납품 과정이나 사업자의 실체에 대해 어떤 조치를 취했는지, 어떤 증거를 확보했는지 등을 상세하게 기록해 두는 것이 중요합니다. 이는 훗날 발생할 수 있는 세무조사나 소송에서 중요한 증거 자료가 됩니다.