회사의 주식 지분 변경에 따른 세금 부과 논란

원고 A는 자신이 소프트웨어 개발 회사의 설립 당시부터 주식 100%를 실질적으로 소유한 과점주주였다고 주장하며 2016년 추가 주식 취득은 명의신탁 주식을 회복한 것에 불과하다고 보아, 시흥시장이 부과한 취득세 및 농어촌특별세 약 2억 2천만 원의 취소를 요구했습니다. 그러나 시흥시장은 원고가 2016년 4월 7일 주식 지분율 20%에서 80%를 추가 취득하여 최초로 과점주주가 되었다고 판단하여 세금을 부과했습니다. 법원은 원고가 회사 설립 당시부터 실질주주였다는 사실을 객관적인 증거로 증명하지 못했다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 소프트웨어 개발 회사 주식회사 B의 주주로, 자신이 회사 설립 시부터 100% 주식을 소유한 실질적 과점주주라고 주장하며 취득세 부과 처분 취소를 요구한 자입니다.
• 피고 시흥시장: 원고 A에게 과점주주 성립에 따른 취득세 204,248,530원 및 농어촌특별세 17,783,130원, 합계 222,031,660원을 부과한 지방자치단체의 장입니다.
• 주식회사 B (이 사건 회사): 원고 A가 주주로 있는 소프트웨어 개발 목적의 회사입니다.
• 소외 C, D, F, J: 원고 A가 자신의 주식을 명의신탁했다고 주장한 명의상 주주들입니다. 이 중 D과 F은 한때 이 사건 회사의 대표이사로 등기된 바 있습니다.
• E: 원고 A에게 명의상 주주들을 소개해 주었다고 증언한 인물입니다.
• N: 이 사건 회사 설립 초기부터 임원으로 등재되어 활동했으며, 현재도 대표이사 직위를 유지하고 있고, 이 사건 회사의 대주주였던 J의 형제 관계인 인물입니다.

분쟁 상황

원고 A는 2007년에 설립된 소프트웨어 개발 회사인 주식회사 B의 주주였습니다. 원고는 2016년 4월 7일 주식 160,000주를 추가로 취득하여 이 사건 회사의 전체 발행주식 200,000주 중 100%를 소유하게 되었습니다. 이에 피고 시흥시장은 원고가 이때 최초로 '과점주주'가 되었다고 보고, '지방세법'에 따라 이 사건 회사 소유의 부동산 등 재산을 원고가 취득한 것으로 간주하여 2019년 7월 15일 원고에게 취득세 204,248,530원 및 농어촌특별세 17,783,130원(가산세 포함)을 합한 총 222,031,660원을 부과했습니다. 원고는 이 부과 처분이 부당하다고 주장하며 2019년 9월 18일 조세심판을 청구했으나, 2020년 4월 1일 심판청구가 기각되자, 법원에 취득세 등 부과처분 취소 소송을 제기했습니다. 원고는 자신이 회사 설립 당시부터 100% 주식을 소유한 실질적 과점주주였으며, 2016년 주식 취득은 기존에 명의신탁해 두었던 주식을 회복한 것에 불과하므로 과세 대상이 아니라고 주장했습니다.

핵심 쟁점

주주 A가 이 사건 회사 설립 당시부터 100% 주식을 실질적으로 소유한 과점주주였는지 여부가 이 사건의 핵심 쟁점입니다. 즉, 2016년 4월 7일의 주식 취득이 '최초 과점주주 성립'에 해당하는지에 따라 과점주주 간주 취득세 부과 처분의 적법성 여부가 결정되었습니다.

법원의 판단

법원은 원고의 청구를 기각하며 피고 시흥시장의 취득세 및 농어촌특별세 부과 처분이 적법하다고 판단했습니다. 이에 따라 소송비용은 원고가 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 원고 A가 이 사건 회사 설립 당시부터 주식 100%를 소유한 실질주주였다는 사실을 객관적인 증거로 충분히 증명하지 못했다고 판단했습니다. 주식 자금 출자에 대한 객관적인 금융거래내역 부족, 명의수탁을 주장하는 인물들의 진술 모호성, 원고가 회사 설립 이후 오랜 기간 임원으로 등재되지 않았던 점, 명의신탁 계약 경위의 불명확성, 그리고 다른 인물이 실질적인 명의신탁자일 가능성 및 명의수탁 주장자들이 회사로부터 경제적 대가를 받은 사실 등을 종합적으로 고려하여, 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 법인의 주식 취득으로 과점주주가 되었을 때 부과되는 취득세 및 농어촌특별세의 적법성을 다투는 사례로, 다음 법령과 법리가 적용되었습니다.

1. 구 지방세법 제7조 제5항 (간주취득세 납세의무)​: 이 조항은 법인의 주식을 취득하여 '과점주주'가 되었을 때, 해당 과점주주가 법인의 부동산 등 재산을 취득한 것으로 간주하여 취득세를 부과하도록 규정하고 있습니다. 이는 과점주주가 되면 법인의 재산을 사실상 임의로 처분하거나 관리, 운용할 수 있는 지위에 서게 되므로, 실질적으로 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다르지 않다는 점에서 담세력(세금을 부담할 능력)이 있다고 보아 과세하는 것입니다.

2. 지방세기본법 제46조 제2호 (과점주주의 정의)​: 과점주주란 주주 1명과 그의 특수관계인(가족, 친족 등 대통령령으로 정하는 자)이 소유한 주식의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서, 그에 관한 권리(의결권 등)를 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는 자를 말합니다.

3. 구 지방세법 시행령 제11조 제1항 (최초 과점주주 성립 시 과세)​: 이 규정에 따르면, 기존에 과점주주가 아니었던 주주가 다른 주주의 주식을 취득하여 '최초로 과점주주'가 된 경우, 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 전부를 취득한 것으로 보아 취득세를 부과합니다. 이는 과점주주 지위 획득에 따른 실질적인 지배력 강화를 과세 대상으로 삼는 것입니다.

4. 지방세기본법 제17조 제1항 (실질과세의 원칙)​: 이 원칙은 소득, 재산, 거래 등 과세 대상에 대해 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우, 형식적인 명의자가 아닌 '실질적으로 귀속되는 자'를 납세의무자로 삼는다는 것입니다. 이 사건에서는 과점주주에 해당하는지 여부를 판단할 때, 주주명부상의 명의뿐만 아니라 그 주식에 관하여 의결권 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지 여부를 기준으로 삼아야 한다는 점에 적용되었습니다.

5. 주식 소유사실의 증명 책임: 과점주주 해당 여부와 관련하여 주식의 소유 사실은 과세관청이 주주명부, 주식이동 상황명세서, 법인등기부등본 등의 자료로 증명할 수 있습니다. 그러나 만약 주주명부 등에 명의자로 기재된 사람이 실질적인 주주가 아니라고 주장한다면, 그 명의자가 자신이 실질 주주가 아님을 증명해야 할 책임이 있습니다. 법원은 원고가 이 사건 회사 설립 당시부터 100% 주식을 소유한 실질 주주였다는 사실을 증명할 충분한 증거를 제시하지 못했음을 판결의 주된 근거로 삼았습니다.

참고 사항

주식 명의신탁을 주장하며 과세 처분을 다투는 경우, 명의신탁의 실질을 입증할 수 있는 객관적이고 명확한 증거를 충분히 확보하는 것이 매우 중요합니다. 단순히 주주명부상 명의가 다르다는 주장만으로는 부족하며, 다음 사항들을 증명할 수 있어야 합니다.

1. 자금 출처의 명확성: 주식 취득 자금의 실제 출처가 명의상 주주가 아닌 실질주주임을 증명하는 객관적인 금융거래내역이 필수적입니다.
2. 명의수탁자와의 관계 및 계약 경위: 명의수탁자와의 관계, 명의신탁 계약의 구체적인 체결 경위, 일시, 장소 등을 명확하게 설명하고 입증해야 합니다.
3. 주주권 행사 여부: 명의수탁자는 실제 주주권을 행사하지 않았고, 실질주주가 회사의 경영에 참여하며 주주권을 행사했음을 보여주는 증거를 제시해야 합니다.
4. 명의수탁자의 진술 신빙성: 명의수탁자의 증언은 그 신빙성이 면밀히 검토되므로, 일관되고 구체적이며 객관적 증거와 부합하는 내용이어야 합니다. 진술이 모호하거나 번복될 경우 신뢰하기 어렵습니다.
5. 공적인 기록과의 일치 여부: 법인 설립 초기부터 실질적으로 회사를 운영하고 주주권을 행사했다면, 법인등기부등본상 임원 등재 여부와 같은 공적인 기록도 실질 주주 여부를 판단하는 중요한 근거가 될 수 있습니다.

과점주주 여부는 주주 명의뿐만 아니라 주식에 관한 의결권 등을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지 여부를 기준으로 판단한다는 점을 항상 유념해야 합니다.