세금 · 행정
귀금속 제조 및 판매업을 하는 원고 회사가 은그래뉼 거래와 관련하여 허위 세금계산서를 수취했다는 이유로 세무서로부터 총 6억 원이 넘는 부가가치세를 부과받았습니다. 원고는 세무조사의 절차적 위법성과 거래의 실물성을 주장하며 부과 처분 취소 소송을 제기했습니다. 법원은 피고 세무서의 세무조사가 국세기본법에 따른 적법한 절차를 거치지 않았고, 또한 원고의 거래가 허위임을 증명할 충분한 증거를 제시하지 못했다고 판단하여, 세무서의 부가가치세 부과 처분을 모두 취소하는 판결을 내렸습니다.
원고는 은그래뉼 유통업을 주 사업으로 영위하는 법인으로, 세무서로부터 여러 차례의 세무조사를 받았습니다. 처음 1차 세무조사에서는 특정 업체와의 거래가 실물 없이 세금계산서만 수취한 것으로 보아 부가가치세가 부과되었으나, 원고가 소송을 제기하여 승소하고 해당 처분은 취소되었습니다.
이후 피고는 다른 매입처들에 대한 조사를 통해 원고가 에AAA, 지AAA, 디AA 등으로부터 허위 세금계산서를 수취했다고 판단, 2차 세무조사를 실시하고 2013년 10월 2012년 1기분 부가가치세 56,641,200원을 부과했습니다. 원고가 이에 이의신청을 하자 재조사 결정이 내려졌고, 이 재조사 과정에 원고가 신고 성실도 하위자라는 이유로 3차 법인사업자 통합조사를 병합하여 실시했습니다.
3차 조사 결과, 피고는 원고가 에AAA, 지AAA, 디AA, 알AAA, 수AAA 등 이 사건 거래처로부터 2012년 1기 및 2기 과세기간 동안 총 60억 원이 넘는 허위 매입세금계산서를 수취했다고 보아, 2015년 4월 9일 2012년 1기분 부가가치세 378,411,190원, 2012년 2기분 부가가치세 242,784,940원을 부과했습니다. 원고는 이에 불복하여 조세심판원 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기하게 되었습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 세무조사의 절차적 적법성 여부와 원고가 수취한 매입세금계산서가 실물 거래에 기반한 것인지, 즉 '사실과 다른 세금계산서'에 해당하는지 여부였습니다.
구체적으로는 다음과 같습니다.
법원은 피고 세무서의 3차 세무조사가 국세기본법에 정한 세무조사 대상 선정 사유(신고 내용 성실도 분석 결과 불성실 혐의)가 명확히 입증되지 않아 위법하게 개시되었다고 판단했습니다. 또한 실체적인 측면에서도, 비록 허위 거래의 의심이 들기는 하나 원고가 제출한 발주서, 실물거래사실확인서, 계량증명서, 거래명세표, 거래사진 등 다양한 증거들이 모두 허위라고 볼 특별한 사정이 없으며, 조세범처벌법 위반 사건에서도 무혐의 처분을 받은 점 등을 고려할 때, 과세관청이 쟁점 세금계산서가 '사실과 다른 세금계산서'임을 충분히 증명하지 못했다고 보았습니다. 따라서 세무조사의 절차적 위법성과 실체적 증명 부족을 이유로 피고의 부가가치세 부과 처분은 모두 위법하다고 결론 내렸습니다.
국세기본법 제81조의4 (세무조사권 남용 금지) 이 조항은 세무공무원이 세무조사권을 남용해서는 안 되며, 특히 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 재조사를 할 수 없다고 규정합니다. 다만, 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방 조사가 필요한 경우 등 예외적인 사유가 있을 때는 재조사가 허용됩니다. 본 사건에서 피고의 2차 세무조사는 다른 거래처에 대한 조사에서 얻은 과세자료를 토대로 시작된 것이므로, 법원은 이를 예외적으로 허용되는 재조사에 해당한다고 판단했습니다.
국세기본법 제81조의6 (세무조사 대상 선정) 이 조항은 세무공무원이 국세청장이 납세자의 신고 내용을 분석하여 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우 등에 한하여 세무조사를 할 수 있도록 규정하고 있습니다. 본 사건에서 피고는 3차 세무조사 대상 선정 사유로 원고가 '신고 성실도 하위자'라고 주장했으나, 이를 뒷받침할 객관적인 성실도 분석 자료를 법원에 제출하지 못했습니다. 이에 법원은 3차 세무조사가 적법한 대상 선정 사유 없이 위법하게 개시된 것이라고 판단했으며, 이러한 절차적 위법은 해당 조사에 기초한 과세처분을 위법하게 만드는 중요한 사유가 됩니다.
구 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호 (매입세액 불공제) 이 조항은 세금계산서의 필요적 기재사항이 '사실과 다르게 기재된 경우'에는 매입세액을 공제하지 않도록 규정합니다. '사실과 다르게 기재된 경우'란 실제 재화나 용역을 주고받은 당사자, 가액, 시기 등이 세금계산서 내용과 일치하지 않는 경우를 의미하며, 세금계산서가 사실과 다르다는 점에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있습니다. 본 사건에서 법원은 원고가 제출한 발주서, 실물거래사실확인서, 계량증명서, 거래명세표, 거래사진 등 증거들이 허위라고 볼 만한 특별한 사정이 없고, 검찰에서도 관련 조세범처벌법 위반 혐의에 대해 불기소 결정을 내린 점 등을 고려할 때, 피고가 쟁점 세금계산서가 실물 거래 없는 허위 세금계산서임을 충분히 증명하지 못했다고 보았습니다.
