공공기관 환경사업 용역 대가 부가가치세 논란 판결

한국환경공단이 정부 및 지방자치단체를 대신하여 수행한 환경시설 설치 지원사업, 정부 대행사업, 정부 위탁사업, 용역사업 등에 대하여 세무서가 부가가치세를 부과하자, 공단이 과세처분 취소를 요구하며 소송을 제기한 사건입니다. 공단은 해당 용역이 실비 수준으로 제공된 면세 대상이라고 주장했으나, 세무서는 이윤이 발생했으므로 과세가 정당하다고 맞섰습니다. 이 사건은 대법원 파기환송을 거쳐 다시 항소심에서 심리되었으며, 법원은 공단의 사업 중 일부는 실비 공급 사업으로 보아 면세 대상으로, 일부는 이윤이 발생한 과세 대상으로 판단하여 부가가치세 부과처분 중 일부만을 취소하는 판결을 내렸습니다.

관련 당사자

• 한국환경공단 (원고, 피항소인): 환경시설 설치 지원 및 정부 대행/위탁 사업을 수행한 공단으로, 부가가치세 부과처분 취소를 주장했습니다.
• 서인천세무서장 외 5개 세무서장 (피고, 항소인): 한국환경공단에 부가가치세 등을 부과한 세무서장들입니다.

분쟁 상황

한국환경공단은 2004년부터 2009년까지 환경시설 설치 지원사업 및 정부 대행/위탁 사업 등을 수행하고 수수료를 지급받았습니다. 세무서들은 해당 수수료에 대해 부가가치세를 부과했고, 공단은 과거 재무부의 유권해석과 세무조사 결과를 근거로 자신들의 사업이 면세대상이며 이윤을 남기지 않았다고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기했습니다. 특히, BTO(Build-Transfer-Operate) 방식 사업의 설치사업비 제외 여부와 과거 세무행정의 신뢰 보호가 쟁점이 되었습니다.

핵심 쟁점

한국환경공단이 정부 또는 지방자치단체를 대신하여 수행한 환경 관련 용역이 부가가치세 면세 대상인 '실비 공급 사업'에 해당하는지 여부와, 만약 이윤이 발생했다면 그 손익을 어떻게 산정하고 과세 대상을 구분할 것인지가 주요 쟁점이었습니다.

법원의 판단

법원은 한국환경공단이 수행한 사업 중 실비 공급 사업에 해당하는 부분에 대한 부가가치세 부과처분은 위법하여 취소해야 한다고 판단했습니다. 그러나 실비 공급 사업에 해당하지 않아 이윤이 발생한 나머지 사업들에 대한 부가가치세 부과처분은 정당하다고 보았습니다. 이에 따라 세무서장들이 한국환경공단에 부과한 부가가치세(가산세 포함) 중 법원이 산정한 정당세액을 초과하는 부분은 취소하고, 그 외의 청구는 기각했습니다. 소송 총비용은 원고가 40%, 피고들이 60%를 부담하게 됩니다.

결론

재판부는 한국환경공단이 수행한 각 사업의 손익 발생 여부를 개별적으로 판단하고, 수입과 비용 산정 기준을 구체적으로 제시하여 부가가치세 면세 대상인 '실비 공급 사업'과 과세 대상 사업을 구분했습니다. 이를 통해 원래 부과된 부가가치세 중 실비 공급 사업에 대한 부분은 위법하다고 보아 취소하고, 이윤이 발생한 사업에 대한 과세는 정당하다고 보아 유지함으로써, 과세 처분이 일부는 적법하고 일부는 위법하다는 결론을 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건의 핵심 법리는 다음과 같습니다.

• 구 부가가치세법 제1조 제1항 (과세대상): 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급에 대해 부과된다는 원칙을 명시합니다. 한국환경공단이 제공한 용역이 이 규정에 따라 과세 대상인 '재화 또는 용역의 공급'에 해당하는지가 문제 되었습니다.
• 구 부가가치세법 제12조 제1항 (면세대상): 특정 재화 또는 용역의 공급은 부가가치세가 면제될 수 있음을 규정합니다. 이 사건에서는 공단이 제공한 용역이 '실비로 제공되는 용역'으로서 면세 대상에 해당하는지가 주요 쟁점이었습니다.
• '실비 공급' 판단의 법리: 법원은 부가가치세 면세 여부를 원칙적으로 '개별적인 재화 또는 용역의 공급'을 기준으로 판단해야 한다고 보았습니다. 대법원 판례(2011두18410 등)에 따라 개별 사업별로 이윤이 꾸준히 발생하면 실비 공급으로 볼 수 없고, 계속 적자이거나 여러 연도 평균적으로 이윤이 나지 않는 경우에 실비로 제공한 것으로 인정될 수 있습니다.
• 손익 산정 기준: 용역의 수입과 비용의 차액으로 손익을 판단하며, 비용에는 직접 경비뿐만 아니라 합리적으로 배분된 간접 경비(지원부서 인건비, 연구개발비 등)도 포함됩니다. 간접 경비는 각 사업의 직접 경비를 기준으로 배분하는 것이 합리적입니다.
• 정부출연금 및 영업외손익 처리: 정부출연금은 개별 사업과 직접 관련이 없으므로 이윤 판단 시 수입에 포함시키지 않습니다. 영업외손익도 간접 경비와 관련성이 낮아 간접 경비를 배분하지 않는 방식으로 처리합니다.
• 납부의무 불이행의 정당한 사유: 과거의 일반적 유권해석, 세무공무원이 아닌 다른 공무원의 잘못된 인식, 조세특례제한법의 신설 등만으로는 부가가치세 납부의무를 이행하지 않은 데에 '정당한 사유'가 있다고 인정하기 어렵다는 법리가 적용되었습니다.

참고 사항

공공기관이나 위탁사업을 수행하는 단체는 부가가치세 면세 여부를 판단할 때 다음과 같은 사항을 유의해야 합니다.

1. 개별 사업 단위 판단: 부가가치세 면세 여부는 원칙적으로 각 '개별적인 재화 또는 용역의 공급'을 기준으로 판단해야 합니다. 특정 사업이 여러 해 동안 꾸준히 이윤을 남긴다면 실비 공급으로 보기 어렵습니다.
2. 손익 산정 기준 명확화: 수입과 비용의 차액으로 손익을 판단하며, 직접 경비와 합리적으로 배분된 간접 경비(지원부서 인건비, 연구개발비 등)를 모두 포함해야 합니다. 간접 경비는 각 사업에 사용된 직접 경비를 기준으로 배분하는 것이 합리적일 수 있습니다.
3. 수입 항목의 신중한 분류: 정부출연금처럼 개별 사업과 직접 관련 없이 지급받는 금액이나 영업외손익은 이윤 판단 시 수입에서 제외될 수 있습니다.
4. BTO 사업비의 경우: BTO(수익형 민간투자사업) 방식의 설치사업비는 사업시행자가 자신의 자금으로 공사비를 부담하는 경우에 과세표준에서 제외될 수 있습니다. 단순히 지방자치단체로부터 위임받아 지급하는 경우라면 제외되기 어렵습니다.
5. 과거 유권해석 및 세무조사 결과의 한계: 과거의 유권해석이나 세무조사 결과가 현재의 법령 해석이나 실제 사업 내용과 다를 경우, 그것만을 근거로 면세를 주장하기는 어렵습니다. 납세의무 불이행에 대한 '정당한 사유'는 매우 엄격하게 판단됩니다.