도로 운영권 시스템 교체 비용의 법인세 감가상각 분쟁

A 주식회사는 도로 관리운영권을 보유한 회사로 도로 운영에 필요한 시스템 교체 비용을 감가상각하여 법인세 손금으로 처리했습니다. 그러나 서인천세무서장은 이를 자본적 지출로 보아 회사의 감가상각 방식을 부인하고 법인세를 부과했습니다. 법원은 후순위차입금 지급이자에 대한 부과처분 중 이미 취소된 부분은 소의 이익이 없어 각하하고, 시스템 대체비용에 대한 감가상각 방식 관련 법인세 부과처분은 위법하다고 판단하여 취소했습니다.

관련 당사자

• 원고 A 주식회사: 사회기반시설(도로)에 대한 관리운영권을 보유하고 관련 시스템을 운영하는 법인
• 피고 서인천세무서장: 원고에게 법인세를 부과한 세무 당국

분쟁 상황

원고 A 주식회사는 민간투자사업 방식으로 도로를 건설하여 국가에 기부채납하고, 그 대가로 2030년까지 해당 도로에 대한 관리운영권(사용수익기부자산)을 부여받았습니다. 원고는 도로 운영을 위해 2014년부터 2018년까지 지능형 교통체계 시스템 등 핵심 시스템을 단위 설비별로 단계적으로 교체했으며, 이 비용을 업종별 자산의 기준내용연수 6년을 적용하여 정률법으로 감가상각하여 법인세 손금으로 처리했습니다. 그러나 서인천세무서장은 이 시스템 대체비용을 사용수익기부자산인 관리운영권에 대한 자본적 지출로 보면서도, 원고의 감가상각 방식(6년 내용연수 적용)을 부인하고, 관리운영권의 잔여 사용수익기간 동안 균등 상각하다가 시스템 대체가 완료된 시점에 미상각잔액을 일시 상각하는 방식으로 감가상각비를 재계산하여 법인세 합계 5,315,152,165원을 부과했습니다. 또한, 세무서장은 후순위차입금 지급이자를 손금불산입하여 법인세 합계 17,222,167,802원을 부과하기도 했으나, 이 부분은 소송 중 직권으로 취소했습니다.

핵심 쟁점

원고가 도로 운영을 위해 지출한 시스템 대체비용이 법인세법상 자본적 지출에 해당하는지, 수익적 지출에 해당하는지 여부, 해당 비용이 자본적 지출에 해당할 경우 사용수익기부자산인 관리운영권의 감가상각 방법(특히 잔여 사용수익기간 동안 균등 상각 후 시스템 대체 시 미상각잔액 일시 상각)이 적법한지 여부가 주요 쟁점이었습니다.

법원의 판단

이 법원에서 확장된 청구를 포함하여 제1심판결을 다음과 같이 변경합니다. 이 사건 소 중 피고가 2019년 12월 2일 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 법인세 부과처분(가산세 포함) 중 '직권취소세액'란 기재 금액(가산세 포함) 부분에 관한 소는 각하합니다. 피고가 2019년 12월 2일 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 법인세 부과처분 중 '잔여세액'란 기재 각 금액(가산세 포함) 부분을 모두 취소합니다. 소송 총비용은 피고가 부담합니다.

결론

법원은 원고의 도로 운영 시스템 대체 비용을 사용수익기부자산인 관리운영권에 대한 자본적 지출로 인정했습니다. 그러나 세무서가 적용한 감가상각 방식, 즉 관리운영권의 잔여 사용수익기간 동안 균등 상각하다가 시스템 대체 시 미상각잔액을 일시 상각하는 방식은 법인세법상 근거가 없거나 감가상각 제도의 취지에 부합하지 않는다고 보았습니다. 특히 시스템 단위 설비의 경제적 효익 존속기간이 관리운영권 전체의 사용수익기간보다 짧을 수 있으므로, 업종별 자산의 내용연수를 적용하는 원고의 감가상각 방식(6년 내용연수, 정률법)이 불합리하다고 단정하기 어렵다고 판단했습니다. 따라서 세무서의 법인세 부과처분 중 시스템 대체 비용 관련 부분은 위법하므로 모두 취소했습니다.

연관 법령 및 법리

구 법인세법 제23조 제1항, 제3항에 따라 고정자산의 감가상각비는 법인이 손금으로 계상한 경우 대통령령이 정하는 상각범위액 내에서 손금에 산입됩니다. 구 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호는 사용수익기부자산을 금전 외의 자산을 국가 등에 기부한 후 그 자산을 사용하거나 수익을 얻는 경우의 장부가액으로 정의하며, 제26조 제1항 제7호는 사용수익기부자산가액을 해당 자산의 사용수익기간에 따라 균등하게 안분한 금액을 상각하도록 규정하고, 다만 기부자산이 멸실되거나 계약이 해지된 경우 그 잔액을 상각할 수 있습니다. 구 법인세법 시행령 제72조 제5항 제2호는 자본적 지출을 자산의 취득가액에 가산하도록 하며, 제31조 제2항은 자본적 지출을 자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 지출로, 구 법인세법 시행규칙 제17조는 수익적 지출을 자산의 원상회복이나 능률유지를 위한 지출로 규정하고 있습니다. 자본적 지출과 수익적 지출의 구분은 해당 지출이 고정자산의 원상 회복이나 능률 유지 또는 내용연수 연장 및 가치 증가 중 어느 것에 해당하는지에 따라 판단되어야 합니다. 또한, 감가상각 제도는 수익ㆍ비용 대응의 원칙에 기반하며, 구 법인세법 시행규칙 [별표 6]은 업종별 자산의 기준내용연수를 정하고 있어, 본 사건에서는 '창고 및 운송관련 서비스업'의 기준내용연수 8년(신고내용연수 하한 6년 ~ 상한 10년)이 논의되었습니다.

참고 사항

법인이 자산을 취득하거나 개량하는 데 지출한 비용이 '자본적 지출'인지 '수익적 지출'인지를 명확히 구분하는 것이 중요하며, 자본적 지출은 자산의 내용연수를 연장하거나 가치를 현실적으로 증가시키는 지출입니다. '사용수익기부자산'과 같이 특별한 형태의 무형고정자산에 대한 자본적 지출의 경우, 해당 자산의 전체 사용수익기간과 개별 시스템 또는 설비의 경제적 효익 존속기간이 다를 수 있음을 고려해야 합니다. 감가상각 시 내용연수 적용 시, 법인세법 시행규칙 [별표 6] 등의 업종별 자산 기준내용연수를 활용하는 방안을 검토할 수 있으며, 특히 자본적 지출로 인한 경제적 효익의 존속기간이 기존 자산의 사용수익기간보다 짧거나 별도 대체주기가 정해져 있는 경우 해당 시스템의 실제 사용수명이나 대체주기를 고려한 합리적인 감가상각 방법을 적용하는 것이 타당할 수 있습니다. 과세관청의 부과처분에 대해 불복하는 경우, 과세표준과 세액을 뒷받침하는 객관적인 자료와 주장을 충실히 제출하여 정당한 세액을 산출할 수 있도록 노력해야 합니다. 만약 정당한 세액 산출이 곤란하다고 판단되면 법원이 처분 전부를 취소할 수도 있습니다. 회계기준과 법인세법상 감가상각 방식에 차이가 있을 수 있으므로 세법 규정을 우선하여 검토하고 적용해야 합니다.