도로 운영사의 시스템 개선 비용에 대한 법인세 처분 취소 판결

A 주식회사가 도로 관리운영권을 행사하며 지능형 교통체계 시스템 등의 대체 비용을 감가상각 처리했으나, 서인천세무서장이 이를 부인하고 법인세를 부과하자 소송을 제기했습니다. 피고인 세무서장은 소송 과정에서 후순위차입금 지급이자에 대한 법인세 부과처분 일부를 직권으로 취소하였고, 법원은 이 부분에 대한 소를 각하했습니다. 나머지 시스템 대체비용 감가상각비 손금불산입 처분에 대해서는, 해당 비용이 사용수익기부자산인 관리운영권에 대한 자본적 지출임을 인정하면서도, 세무서장이 제시한 감가상각 재계산 방식(미상각 잔액 일시 상각)이 위법하다고 판단하여 해당 법인세 부과처분을 취소했습니다.

관련 당사자

• A 주식회사 (원고): 도로 관리운영권을 가지고 시스템 개선 비용을 지출한 회사로, 법인세 부과처분 취소를 구한 당사자입니다.
• 서인천세무서장 (피고): A 주식회사에 법인세를 부과한 세무당국으로, 부과처분 취소소송의 상대방입니다.

분쟁 상황

원고 A 주식회사는 민간투자사업으로 건설된 도로의 관리운영권을 행사하며, 2014년부터 2018년까지 지능형 교통체계 시스템, 요금 징수 시스템, 교량 계측 시스템 등 도로 운영에 필수적인 시스템을 단계적으로 대체하고 개선하는 데 상당한 비용을 지출했습니다. 이 비용들은 장기적인 비용 절감과 교통량 증대에 기여했습니다. 원고는 이 시스템 대체 비용을 감가상각하여 법인세 계산 시 손금으로 처리했으나, 서인천세무서장은 이 비용이 '임차자산개량권'에 대한 지출이며, 감가상각 방법을 잘못 적용했다며 수십억 원에 이르는 법인세를 추가로 부과했습니다. 세무서장은 시스템 대체 비용을 관리운영권의 잔여 사용수익기간 동안 균등 상각하다가, 시스템이 대체된 시점에 미상각 잔액을 일시 상각하는 방식으로 감가상각비를 재계산하여 손금불산입했습니다. 이에 원고는 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

1. 세무서장이 직권으로 취소한 법인세 부과처분 부분에 대한 소송의 적법성(소의 이익 유무)입니다.
2. 도로 관리운영권을 가진 회사가 지출한 시스템 대체 비용이 법인세법상 '자본적 지출'에 해당하는지, 아니면 '수익적 지출'에 해당하는지 여부입니다.
3. 만약 자본적 지출에 해당한다면, 그 감가상각 방법을 어떻게 적용해야 하는지(특히 사용수익기간보다 짧은 시스템의 내용연수 적용 및 미상각 잔액 처리 방식의 적법성)입니다.

법원의 판단

1. 피고가 직권으로 취소한 후순위차입금 지급이자 손금불산입 관련 법인세 부과처분(가산세 포함, 합계 17,222,167,802원)에 대한 원고의 소를 각하했습니다.
2. 피고가 2019년 12월 2일 원고에게 부과한 시스템 대체비용 감가상각비 손금불산입 관련 법인세 부과처분 중 '잔여세액'란 기재 각 금액(가산세 포함) 부분을 모두 취소했습니다.
3. 소송의 총비용은 피고가 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 직권으로 취소된 후순위차입금 관련 세금 부과처분 부분은 이미 효력이 없어졌으므로 해당 소송을 각하했습니다. 시스템 대체 비용에 대해서는 이를 사용수익기부자산인 관리운영권의 가치를 현실적으로 증가시킨 '자본적 지출'로 보아야 한다고 판단했습니다. 그러나 세무서장이 시스템 대체 완료 시점에 미상각 잔액을 일시 상각하는 방식으로 감가상각비를 재계산한 것은 사용수익기부자산 자체가 멸실되거나 계약이 해지된 경우가 아니므로 위법하다고 보았습니다. 이에 따라 원고가 창고 및 운송관련 서비스업의 기준내용연수(6년)와 정률법을 적용하여 시스템 대체비용을 감가상각한 것이 합리성을 결여했다고 단정할 수 없다고 판단하며, 해당 법인세 부과처분 부분을 취소했습니다.

연관 법령 및 법리

1. 행정소송법 제8조 제2항, 제32조, 민사소송법 제420조 본문, 제105조: 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으므로, 존재하지 않는 처분을 대상으로 한 취소소송은 '소의 이익'이 없어 부적법하다는 법리가 적용됩니다. 또한 소송비용 부담에 대한 일반 원칙을 규정합니다.
2. 구 법인세법 (2018. 12. 24. 개정 전) 제23조 제1항, 제3항 (감가상각비의 손금산입)​: 법인이 고정자산 감가상각비를 손금으로 계산한 경우, 대통령령이 정하는 상각범위액 내에서 손금으로 인정합니다. 이는 감가상각의 기본 원칙을 제시합니다.
3. 구 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 (감가상각자산의 정의, 사용수익기부자산)​: 감가상각자산인 무형고정자산의 하나로 '사용수익기부자산가액'을 규정하며, 이는 금전 외 자산을 국가 등에 기부한 후 해당 자산을 사용하거나 수익을 얻는 경우의 장부가액을 의미합니다. 도로 관리운영권이 여기에 해당합니다.
4. 구 법인세법 시행령 제26조 제1항 제7호 (사용수익기부자산의 상각방법)​: 사용수익기부자산가액은 해당 자산의 사용수익기간에 따라 균등하게 안분한 금액을 상각하도록 규정하며, 자산이 멸실되거나 계약이 해지된 경우 그 잔액을 상각하도록 합니다.
5. 구 법인세법 시행령 제72조 제5항 제2호 (취득가액에의 가산)​: 자산에 대한 '자본적 지출'이 있는 경우 그 금액을 취득가액에 가산하도록 규정합니다.
6. 구 법인세법 시행령 제31조 제2항 (자본적 지출의 정의)​: 자본적 지출은 '법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비'로 정의되며, 그 예시를 제시합니다.
7. 구 법인세법 시행규칙 제17조 (수익적 지출의 정의)​: 자본적 지출에 해당하지 않는 '수익적 지출'의 예를 들어 설명합니다.
8. 대법원 판례 (자본적 지출과 수익적 지출의 구분)​: 지출 비용이 고정자산의 원상회복이나 능률유지 비용인지, 아니면 내용연수를 연장시키거나 가치를 증가시키는 비용인지에 따라 자본적 지출 또는 수익적 지출을 판단해야 하며, 불분명할 경우 관련 법령에 따라 판단해야 합니다.
9. 수익·비용 대응의 원칙: 감가상각 제도의 기본 취지로, 자본적 지출은 장래의 경제적 효익을 제공하므로 해당 효익이 발생하는 기간에 걸쳐 비용으로 인식해야 한다는 원칙입니다.
10. 구 법인세법 시행령 제28조 제1항 제2호, 구 법인세법 시행규칙 제15조 제3항, [별표 5] (건물 부속설비의 내용연수)​: 건물의 부속설비는 원칙적으로 건물과 동일한 내용연수를 적용하나, 실제 사용수명이 짧은 경우 업종별 자산의 내용연수를 적용할 수 있다는 예외를 두어 시스템과 같은 자본적 지출의 내용연수 산정 시 고려될 수 있는 근거를 제공합니다.
11. 한국 표준산업분류, 구 법인세법 시행규칙 [별표 6] (업종별 기준내용연수)​: '창고 및 운송관련 서비스업'의 기준 내용연수를 8년(신고 내용연수 하한 6년 ~ 상한 10년)으로 정하여, 관련 업종의 감가상각자산에 적용 가능한 기준을 제시합니다.

참고 사항

1. 세무서가 납세자의 세금 부과 처분을 소송 중에 스스로 취소하는 경우, 해당 부분에 대한 소송은 소의 이익이 없어 각하될 수 있습니다.
2. 민간투자사업(BTO 등)으로 사회기반시설을 건설하고 국가에 기부채납한 후 관리운영권을 취득하는 사업자의 경우, 시설의 유지·관리를 위한 주요 시스템 개선 비용은 '사용수익기부자산'인 관리운영권 자체에 대한 '자본적 지출'로 간주될 가능성이 큽니다.
3. 이러한 자본적 지출의 감가상각 방법을 결정할 때는, 전체 관리운영권의 사용수익기간과 별개로, 지출된 시스템 단위 설비의 실제 경제적 효익 존속 기간(대체주기)을 고려하는 것이 '수익·비용 대응의 원칙'에 부합할 수 있습니다.
4. 관련 법령에서 특정 자본적 지출의 상각 기간을 명확히 정하고 있지 않다면, 해당 업종의 자산에 적용되는 기준 내용연수(예: '창고 및 운송관련 서비스업'의 6년~10년)를 적용하여 감가상각하는 방법이 합리적이라고 인정될 수 있습니다.
5. 세무당국이 제시하는 감가상각비 재계산 방식이 법령에 근거가 없거나 현실적 경제 효익을 제대로 반영하지 못하는 경우, 법원은 해당 부과처분을 취소할 수 있습니다. 특히 자산의 멸실이나 계약 해지가 없는 상태에서 미상각 잔액을 일시 상각하는 방식은 정당화되기 어렵습니다.