국세청이 외국 법인의 국내 미등록 특허 사용료에 대한 법인세 처분을 일부 취소하라는 판결

이 사건은 특허 사용료에 대한 법인세 원천징수 의무의 존재 여부를 둘러싼 분쟁입니다. 원고는 아일랜드 법인 C가 특허 사용료의 수익적 소유자이며, 조세회피 목적이 없으므로 한·아일랜드 조세협약에 따라 법인세 원천징수 의무가 없다고 주장합니다. 반면, 피고는 C가 아닌 미국 법인 B가 실질적인 귀속자이므로, 국세기본법상 실질과세원칙에 따라 한·아일랜드 조세협약의 적용을 부인하고, 원고에게는 원천징수 의무가 있다고 주장합니다.

판사는 실질과세원칙에 따라 아일랜드 법인 C가 아닌 미국 법인 B를 실질적인 귀속자로 보고, 한·아일랜드 조세협약의 적용을 부인합니다. 따라서 원고는 국내에 등록된 특허권에 대한 사용료에 대해서만 법인세를 원천징수할 의무가 있으며, 나머지 국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료에 대해서는 원천징수 의무가 없다고 판단합니다. 결론적으로, 원고의 청구는 부분적으로 인용되어, 국내 등록 특허권 사용료에 대한 법인세와 가산세를 초과하는 부분의 처분은 취소되고, 나머지 부분은 적법하다고 판결합니다.