세금 · 행정
건물 신축 판매업을 영위하는 XX홀딩스가 상가건물을 신축하는 과정에서 발생한 유치권을 해소하기 위해 OO건설에 유치권 포기 대가를 지급하고 해당 금액에 대한 부가가치세 매입세액 공제를 신청했습니다. 그러나 OO세무서는 유치권 포기 대가가 부가가치세 과세 대상이 아니므로 매입세액 공제는 부당하다고 보아 XX홀딩스에게 부가가치세를 부과했습니다. 이에 XX홀딩스가 세무서의 처분 취소를 구하는 소송을 제기한 사안입니다. 1심에서는 원고인 XX홀딩스가 승소했으나, 2심에서는 1심 판결을 취소하고 세무서의 부과 처분이 적법하다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.
XX홀딩스는 서울 AA구 AA동 550-3 토지 위에 'AA뷰티타워2' 상가건물을 신축하는 사업을 진행했습니다. 이 토지는 원래 XX콥건설이 취득하여 OO건설에게 신축공사를 맡겼으나, XX콥건설의 부도로 공사가 중단되었습니다. 이에 OO건설은 지하 터파기 공사대금 채권을 근거로 이 토지에 대한 유치권을 주장하고 있었습니다. XX홀딩스는 2007년 7월 19일 이 토지를 취득하고 상가건물 신축을 계속하면서, OO건설에게 유치권 포기 대가로 1,450,000,000원(부가가치세 별도)을 지급하고 세금계산서를 교부받아 매입세액 공제를 받았습니다. 그러나 국세청 감사 결과, 유치권 포기 대가는 부가가치세 과세 대상에 해당하지 않는데도 XX홀딩스가 매입세액 공제를 받은 것이 부당하다는 지적이 나왔습니다. 이에 OO세무서장은 2009년 12월 1일 XX홀딩스에게 2007년도 제2기분 부가가치세 110,737,960원, 2008년도 제2기분 부가가치세 71,544,000원을 경정하여 부과했습니다. XX홀딩스는 이러한 부과 처분이 부당하다고 주장하며 취소 소송을 제기하기에 이르렀습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 유치권 포기 대가가 부가가치세 과세 대상인 용역 공급 대가에 해당하는지 또는 부가가치세법상 공제 대상이 아닌 토지 취득 관련 매입세액에 해당하는지 여부입니다. 둘째, 국세청 홈페이지의 질의응답 내용을 신뢰하여 대금을 지급했으므로, 세무서의 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부입니다.
항소심 법원은 제1심 판결을 취소하고 원고인 XX홀딩스 주식회사의 청구를 기각했습니다. 이에 따라 OO세무서장이 부과한 2007년도 제2기분 부가가치세 110,737,960원과 2008년도 제2기분 부가가치세 71,544,000원의 부과 처분이 적법하다고 판결했습니다. 소송에 관련된 모든 비용은 원고가 부담하도록 했습니다.
법원은 OO건설에 지급된 유치권 포기 대금을 '이 사건 토지의 완전한 소유권을 취득하기 위한 비용'으로 보아, 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 시행령 제60조 제6항에서 정하는 '토지 관련 매입세액'에 해당한다고 판단했습니다. 따라서 이와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다고 보았습니다. 또한, OO건설이 제공한 지하 터파기 공사 용역의 공급 시기는 원고가 대금을 지급하기 전에 이미 도래했으므로, 원고가 지급한 유치권 포기 대가는 기존 용역에 대한 대가가 아니라 유치권을 해소하고 토지의 완전한 소유권을 얻기 위한 비용으로 해석했습니다. 신뢰보호의 원칙 주장에 대해서는 국세청 홈페이지에 게시된 일반적인 질의응답은 원고에 대한 '공적인 견해 표명'으로 볼 수 없으므로, 이를 근거로 세무서의 처분이 위법하다고 할 수 없다고 판단했습니다.
이 사건과 관련하여 다음 법령과 법리가 적용되었습니다. 1. 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 동법 시행령 제60조 제6항 (토지 관련 매입세액 불공제) 이 규정들은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액 중 '토지 관련 매입세액'을 명시하고 있습니다. 여기에는 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액이 포함됩니다. 법원은 유치권 포기 대가를 토지의 완전한 소유권을 취득하기 위한 비용으로 보아 이 규정에 따라 매입세액 공제를 인정하지 않았습니다. 2. 부가가치세법 제12조 제1항 제12호 (토지 공급 면세) 이 규정은 '토지의 공급'을 부가가치세 면세 대상으로 정하고 있습니다. 토지 자체의 거래에는 부가가치세가 부과되지 않습니다. 3. 부가가치세법 제1조 제1항 제1호, 제9조 제2항, 제22조 (용역의 공급 및 공급 시기) 이 규정들은 용역의 공급 시기를 정하고 있습니다. 특히 공사대금과 같이 대가를 작업 진행률에 따라 분할하여 지급하는 '완성도기준지급 조건부 공급'의 경우, '그 대가의 각 부분을 받기로 한 때'에 용역의 공급이 있는 것으로 봅니다. 폐업 전에 공급한 용역의 공급 시기가 폐업일 이후에 도래하면 그 폐업일을 공급 시기로 봅니다. 이 사건에서 법원은 기존 공사 용역의 공급 시기가 원고의 대금 지급 시점 이전에 이미 도래했으므로, 원고의 지급을 새로운 용역의 대가로 볼 수 없다고 판단했습니다. 4. 신뢰보호의 원칙 행정법상의 일반 원칙으로, 행정청의 공적인 견해 표명을 신뢰하고 개인이 어떤 행위를 한 경우, 행정청은 그 신뢰에 반하는 처분을 할 수 없다는 원칙입니다. 그러나 법원은 국세청 홈페이지의 일반적인 질의응답 게시물을 원고에 대한 '공적인 견해 표명'으로 인정하지 않아 이 원칙을 적용할 수 없다고 판단했습니다.
비슷한 상황에 처할 경우 다음 사항들을 참고하시는 것이 좋습니다. 유치권 포기 대금은 건물을 신축하기 위한 '용역의 대가'가 아니라 '토지의 완전한 소유권'을 확보하기 위한 비용으로 간주될 수 있으며, 이 경우 부가가치세법상 매입세액 공제가 어려울 수 있습니다. 특히 토지의 취득, 조성, 형질변경 등 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용에 관련된 매입세액은 공제되지 않는다는 점을 유의해야 합니다. 기존 사업자가 제공한 용역의 공급 시기가 이미 도래했다면, 이후에 새로운 사업자가 해당 공사와 관련된 대금을 지급하더라도 이는 새로운 용역의 공급에 대한 대가가 아닌 다른 성격의 비용으로 판단될 수 있습니다. 국세청 홈페이지나 일반적인 상담을 통해 얻은 정보는 법적 효력을 가지는 '공적인 견해 표명'으로 인정되기 어렵습니다. 따라서 중요한 세금 관련 결정 전에 개별 사안에 대한 명확한 유권해석이나 전문가의 자문을 구하는 것이 필요합니다. 특히 부가가치세법상 면세 및 불공제 대상 매입세액에 대해서는 규정을 면밀히 검토하고 적용해야 합니다.
