합병회사의 부동산 취득 시기 논란으로 가산세가 취소된 사건

원고 A 주식회사는 B 주식회사를 흡수합병하는 과정에서, 합병계약서에 명시된 합병기일(2014년 2월 1일)과 실제 합병등기일 및 국토교통부 승인일(2014년 3월 31일) 사이의 취득세 신고 기한 문제로 세종특별자치시장으로부터 무신고 가산세 약 3억 5백만 원을 부과받았습니다.

피고 세종특별자치시장은 합병계약서상의 합병기일인 2014년 2월 1일이 부동산을 사실상 취득한 날이므로, 그로부터 60일 이내에 취득세를 신고하지 않아 가산세가 정당하다고 주장했습니다. 반면 원고는 국토교통부의 합병 승인이 지연되었고 실제 합병이 완료된 날은 2014년 3월 31일이므로, 그 날로부터 60일 이내인 2014년 5월 13일에 신고한 것은 기한 내 신고라고 주장했습니다.

법원은 합병계약서상의 합병기일이 아니라, 실제로 합병 당사 회사들이 합체되어 사실상 재화의 이전이 이루어진 날을 취득세 납세의무 성립일로 보아야 한다고 판단했습니다. 특히 국토교통부의 사전 승인이 합병의 필수 조건이었고, 실제 합병 등기가 2014년 3월 31일에 이루어진 점 등을 고려하여, 원고가 이 사건 부동산을 사실상 취득한 날은 2014년 3월 31일이라고 결론 내렸습니다. 이에 따라 원고가 2014년 5월 13일에 신고한 것은 적법한 기한 내 신고이므로, 피고의 가산세 부과 처분은 위법하다고 보아 취소 판결을 내렸습니다.

관련 당사자

• 원고: A 주식회사 (B 주식회사를 흡수합병한 회사)
• 피고: 세종특별자치시장 (원고에게 취득세 가산세를 부과한 행정기관)

분쟁 상황

A 주식회사는 2014년 3월 31일 B 주식회사를 흡수합병하고 B가 소유하고 있던 부동산에 대한 취득세 감면 신고를 2014년 5월 13일에 했습니다. 합병계약서에는 합병기일이 2014년 2월 1일로 기재되어 있었습니다. 약 4년 후, 세종특별자치시장은 합병계약서상의 합병기일인 2014년 2월 1일을 기준으로 원고가 취득세 신고를 60일 이내에 하지 않았다고 판단하여 2019년 2월 12일 약 3억 5백만 원의 무신고 가산세를 부과했습니다. 원고는 이에 불복하여 가산세 부과처분 취소 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

회사 합병 시 부동산 취득세 납세의무 성립일(사실상 취득일)을 합병계약서상의 합병기일로 볼 것인지, 아니면 정부 승인 및 합병등기 등 모든 합병 절차가 완료되어 실질적으로 회사가 합체된 날로 볼 것인지 여부가 쟁점이 되었습니다. 또한, 본세가 면제되는 경우에도 무신고 가산세가 부과될 수 있는지에 대한 간접적인 논의도 있었습니다.

법원의 판단

법원은 피고 세종특별자치시장이 원고 A 주식회사에 대해 부과한 취득세 가산세 305,462,940원의 부과 처분을 취소한다고 판결했습니다. 소송 비용은 피고가 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 회사 합병의 경우 부동산의 사실상 취득 시점을 합병계약서에 기재된 합병기일로만 볼 것이 아니라, 국토교통부 승인 등 외부 요건이 충족되고 합병등기가 완료되어 회사가 실질적으로 합체된 날로 보아야 한다고 판단했습니다. 이 판결을 통해 합병에 따른 취득세 납세의무 성립 시점은 형식적인 계약일보다 실질적인 재화 이전이 이루어진 시점으로 해석될 수 있다는 법리가 확립되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건의 핵심은 **취득세의 '사실상 취득일'**에 대한 해석입니다.

1. 지방세법 제7조 제2항 및 지방세법 시행령 제20조: 취득세는 부동산을 '사실상 취득'한 때에 부과됩니다. 등기와 같은 형식적 요건을 갖추지 못했더라도 대금 지급과 같은 실질적 요건을 갖춘 경우를 '사실상 취득'으로 봅니다. 이 사건에서 법원은 합병의 경우, 합병계약서상의 합병기일뿐만 아니라 국토교통부 승인 등 합병의 유효한 조건들이 모두 충족되어 합병 당사 회사들이 '내부적, 실질적으로 합체'되는 날을 사실상 취득일로 보아야 한다고 해석했습니다. 이는 단순히 계약서상의 날짜가 아닌, 실제 재산권 이전의 실질이 발생한 시점을 중시하는 법원의 입장을 보여줍니다.

2. 상법 제523조 제6호: 상법은 합병계약서에 '합병을 할 날(합병기일)'을 기재하도록 규정하고 있습니다. 하지만 법원은 이 합병기일이 실제 합병 절차의 지연 등으로 인해 합병 당사 회사들이 실제로 합체되지 않은 경우에는, 이 날을 취득세의 '사실상 취득일'로 볼 수 없다고 판단했습니다.

3. 지방세기본법 제53조의2 제1항 (무신고 가산세)​: 이 법 조항은 납세의무자가 법정 신고 기한까지 세법에 따른 과세표준 신고를 하지 않은 경우 산출세액의 일정 비율을 가산세로 부과하도록 합니다. 이 사건에서는 원고의 부동산 취득이 '조세특례제한법'에 따라 취득세 납세의무가 면제되었으나, 면제 여부와는 별개로 신고 의무 자체는 존재합니다. 그러나 법원은 원고가 취득세를 신고해야 할 '사실상 취득일'을 2014년 3월 31일로 보았으므로, 2014년 5월 13일에 신고한 원고의 행위는 법정 신고 기한(60일)을 준수한 것으로 판단하여 무신고 가산세 부과 처분이 부당하다고 결론 내렸습니다.

참고 사항

회사 합병 시 부동산 취득과 관련하여 세금 문제를 피하려면 다음 사항을 유의해야 합니다:

1. 실질적인 합병 시점 확인: 합병계약서에 명시된 합병기일 외에, 국토교통부 승인과 같은 인허가 절차가 필요한 경우 실제 승인일과 합병 등기일 등 회사의 실질적인 운영과 재산권 이전이 이루어지는 시점을 정확히 파악해야 합니다.
2. 취득세 신고 기한 준수: '사실상 취득일'로부터 60일 이내에 취득세 신고를 해야 합니다. 이때 '사실상 취득일'에 대한 해석은 본 판례와 같이 다툼의 여지가 있을 수 있으므로, 관련 법규와 판례를 미리 확인하고 전문가와 상의하여 가장 안전한 신고 기한을 정하는 것이 좋습니다.
3. 감면 대상이더라도 신고 필수: 취득세 감면 대상이라고 해서 신고 의무가 면제되는 것은 아닙니다. 감면 대상이더라도 취득 사실 자체에 대한 신고는 반드시 해야 하며, 신고를 하지 않을 경우 무신고 가산세가 부과될 수 있습니다.
4. 합병 관련 서류 보관: 합병 추진 과정에서 국토교통부 등 관련 기관과의 소통 내역, 승인 서류, 합병 등기일, 회사 내부의 회계 처리 내역 등 실질적인 합병 진행을 입증할 수 있는 모든 자료를 철저히 보관해야 합니다. 이는 만일의 경우 과세 당국과의 분쟁 발생 시 중요한 증거 자료가 될 수 있습니다.