세금 · 행정
수도권 외 지역에서 창업한 화장품 제조 및 판매 회사인 주식회사 A는 창업중소기업 세액감면을 적용받아 법인세를 신고했습니다. 그러나 회사가 이후 수도권과밀억제권역 내에 사무소를 설치하자, 세무서장은 이를 '지점 또는 사업장'으로 보고 세액감면 요건을 충족하지 못했다고 판단하여 약 36억 원의 법인세 및 가산세를 부과했습니다. 주식회사 A는 이 처분이 부당하다고 주장하며 소송을 제기했으나, 법원은 세무서장의 손을 들어주며 원고의 청구를 기각했습니다.
주식회사 A는 2018년 대구에 본점을 두고 설립된 화장품 판매 회사로, 2019사업연도 법인세 신고 시 수도권과밀억제권역 외 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용받았습니다. 그러나 2019년 10월 30일 서울에 '쟁점사무소'를 설치하면서 세무 당국은 이를 수도권과밀억제권역 내 '지점 또는 사업장'으로 판단, 세액감면 요건을 충족하지 못했다고 보아 2021년 5월 6일 법인세 약 30억 5천만 원과 가산세 약 5억 4천만 원을 부과했습니다. 이에 주식회사 A는 해당 시행령 조항의 무효, 사무소가 지점 또는 사업장에 해당하지 않음, 가산세 부과의 부당함 등을 주장하며 소송을 제기하기에 이르렀습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 세액감면 배제의 근거가 된 조세특례제한법 시행령 조항이 모법의 위임을 벗어나 무효인지 여부, 원고가 수도권에 설치한 사무소가 '지점 또는 사업장'에 해당하는지 여부, 그리고 이로 인한 세액감면 배제 시점 및 가산세 부과에 정당한 사유가 있는지 여부였습니다.
법원은 이 사건 시행령 조항이 모법의 위임 범위를 벗어나지 않았고, 지역 균형 발전이라는 입법 취지에 따라 편법적 감면을 막기 위한 것이므로 유효하다고 판단했습니다. 또한 원고가 수도권에 설치한 사무실은 인적 및 물적 설비를 갖추고 사업의 일부를 수행하는 '지점 또는 사업장'에 해당하며, 세액감면 배제는 해당 사유가 발생한 과세연도부터 적용하는 것이 법령에 부합한다고 보았습니다. 마지막으로, 법령의 부지나 오인은 가산세 면제를 위한 정당한 사유로 인정되지 않으므로 가산세 부과 또한 적법하다고 판단했습니다.
결과적으로 법원은 주식회사 A의 법인세등부과처분 취소 청구를 모두 기각하고, 소송 비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다.
구 조세특례제한법 제6조 제1항 제1호 나목은 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업에 대한 소득세 또는 법인세 감면을 규정합니다. 이 사건의 핵심은 이 감면 요건을 회사가 충족했는지 여부였습니다. 구 조세특례제한법 시행령 제5조 제24항 제2호는 수도권 외 지역에서 창업한 중소기업이 창업 이후 수도권과밀억제권역에 지점 또는 사업장을 설치한 경우 세액감면이 배제된다고 규정합니다. 법원은 이 조항이 모법의 위임 범위를 벗어나지 않았으며, 지역 균형 발전이라는 입법 취지에 따라 편법적인 세액감면을 방지하기 위한 것으로 유효하다고 판단했습니다. 조세법률주의 및 법률유보원칙에 따라 법규명령이 법률의 위임 범위를 벗어났는지 판단할 때는 법률의 전반적인 체계와 목적, 그리고 시행령 내용의 예측 가능성 등을 고려합니다. 법원은 이 시행령 조항이 모법의 입법 취지에 부합하고 예측 가능성이 있다고 보아 유효하다고 판단했습니다. 조세법규의 엄격해석 원칙은 과세요건, 비과세요건 또는 조세감면요건을 불문하고 법문대로 해석해야 하며, 특히 감면 요건은 특혜 규정이므로 엄격하게 해석해야 함을 의미합니다. 가산세 부과의 정당한 사유는 법령의 부지나 오인으로는 인정되지 않으며, 단순히 세법 해석상 견해가 대립하는 것만으로는 납세의무자에게 책임이 없다고 보기 어렵습니다.
창업중소기업이 세액감면 혜택을 받으려면 본점 외에 수도권과밀억제권역에 지점이나 사업장을 설치하지 않도록 특히 주의해야 합니다. '지점 또는 사업장'의 개념은 인적, 물적 설비를 갖추고 사업의 일부를 수행하는 장소를 포함하는 넓은 의미로 해석될 수 있습니다. 단순히 사무 공간을 임차하여 일부 직원이 상주하며 업무를 수행하거나, 채용 공고에 '지사'로 명시하는 등의 행위도 지점 또는 사업장 설치로 간주될 수 있습니다. 본점 소재지를 수도권 외 지역과 수도권과밀억제권역으로 반복적으로 변경하는 것은 세액감면 혜택 유지에 도움이 되지 않을 수 있으며, 실질적인 사업장 운영 현황이 더 중요하게 판단됩니다. 세법 해석상 견해 대립이 있다고 주장하더라도, 법령의 문언이 명확하고 상위 법령이 우선하는 경우 가산세 면제를 위한 정당한 사유로 인정받기 어렵습니다. 세액감면은 특혜 규정이므로 법원의 판단 시 엄격하게 해석되는 경향이 강합니다. 세액감면 배제 시점은 '해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도'부터 적용되므로, 수도권 내 사업장 설치 시점에 대한 명확한 이해와 신중한 판단이 필요합니다.
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