회사 운영비 위장 자금 유출 세금 부과 취소 사건

주식회사 A(원고)가 특정 인물(E) 및 회사(F), 개인사업체(H, C의)에 상표권 사용료, 경영자문 용역비, 고문료 명목으로 거액을 지급했으나, 세무당국(전주세무서장)은 이를 실질적인 용역 대가가 아닌 가공비용으로 판단하여 법인세 및 부가가치세를 부과하고 소득금액변동통지를 했습니다. 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했으며, 법원은 일부 부가가치세 부과처분(부과제척기간 경과 및 가산세율 부당 적용)과 소득금액변동통지(원천징수의무 소멸)를 취소하고, 나머지 부분은 세무당국의 주장을 인정하여 원고의 청구를 기각했습니다. 이 사건은 법인 비용의 실질성 판단과 조세 부과 및 징수 절차의 적법성을 다룬 사례입니다.

관련 당사자

• 원고 주식회사 A: 전북 완주군에서 도료, 안료 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사입니다. 이 사건에서 세무서장의 세금 부과 처분에 불복하여 소송을 제기한 당사자입니다.
• 피고 전주세무서장: 주식회사 A에 대해 법인세, 부가가치세를 부과하고 소득금액변동통지를 한 세무당국입니다.
• E: 원고의 실질적 지배자인 C의 차남으로, 원고가 이미 사용하던 상표에 대해 상표권 출원 등록을 한 후 원고와 상표권 사용계약을 맺어 거액의 사용료를 받은 인물입니다.
• 주식회사 F: 원고의 제1대 주주이자 지주회사로, 원고와 경영자문 용역계약을 체결하여 용역비를 받은 회사입니다.
• C (사망): 원고를 비롯한 계열사들을 실질적으로 지배하던 인물입니다. 개인사업체(H)를 통해 원고와 고문위촉 계약을 맺고 고문료를 받은 것으로 되어 있습니다.
• U, W: 원고의 전 대표이사들로, E, F, C과 공모하여 원고의 자금을 횡령하고 배임한 혐의로 관련 형사사건에서 유죄 판결을 받았습니다.

분쟁 상황

원고인 주식회사 A는 도료 및 안료 제조 판매업을 영위하는 회사입니다. 원고의 설립 과정에서 실질적으로 회사를 지배하던 C 일가는 원고의 자금을 개인적으로 유출하기 위한 목적으로 여러 계약을 체결했습니다.

• C의 차남 E는 원고가 이미 사용하고 있던 상표에 대해 상표권 출원 등록을 마친 후, 1999년 10월 27일 원고와 상표권 전용사용권 설정 계약을 체결했습니다. 이 계약에 따라 원고는 E에게 2006년부터 2013년까지 총 6,118,502,000원(부가가치세 별도)에 달하는 상표권 사용료를 지급했습니다.
• 원고의 지주회사인 주식회사 F는 2008년 7월 28일 원고와 경영자문 용역계약을 체결하고, 2008년부터 2013년까지 총 325,000,000원(부가가치세 별도)의 용역비를 받았습니다. 하지만 F는 실질적인 컨설팅 능력이 부족했으며, 용역보고서도 형식적인 내용이 대부분이었습니다.
• C은 2011년 1월 3일 원고와 고문위촉 계약을 체결하고, 2011년부터 2013년까지 매년 180,000,000원씩 총 540,000,000원(부가가치세 별도)의 고문료를 받았습니다. C은 원고에게 실질적인 고문 용역을 제공한 사실이 없었습니다. 서울지방국세청은 원고에 대한 세무조사 결과, 이 모든 비용이 C 일가가 원고의 자금을 빼내기 위한 '가공비용'이라고 판단했습니다. 이에 따라 법인세 손금 불산입, 부가가치세 매입세액 불공제 처분과 함께 E와 C에게 기타소득으로 소득금액변동통지를 하도록 전주세무서장에게 통보했습니다. 전주세무서장은 이 통보에 따라 2014년 7월 1일 원고에게 법인세 및 부가가치세 부과처분을 내리고, E와 C에게 소득금액변동통지를 했습니다. 이와 관련하여 원고의 전 대표이사 U, W, F의 대표이사 V 등은 E, F, C과 공모하여 원고의 자금을 횡령하고 배임한 혐의로 관련 형사사건에서 유죄 판결을 받았으며, 이 판결은 확정되었습니다. E, F, C은 각자 받은 금액에 대해 매출 부가가치세를 납부했고, E와 C은 일부 기간의 종합소득세도 신고·납부했습니다. 원고는 세무서장의 처분에 불복하여 조세심판을 청구했으나 기각되었고, 결국 이 행정소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다.

1. 원고가 E, F, C에게 지급한 상표권 사용료, 경영자문 용역비, 고문료가 법인세법상 '손금'으로 인정될 수 있는 실질적인 경비인지 또는 '가공비용'인지 여부입니다.
2. 이 비용에 대한 매입세액이 부가가치세법상 '매입세액' 공제 대상에 해당하는지 여부입니다.
3. 특정 기간(2006년 제1기~2008년 제2기) 부가가치세 부과처분에 대해 부과제척기간 5년 또는 10년 중 어느 것이 적용되는지 여부입니다.
4. 2009년 제1기~2013년 제2기 부가가치세 과소신고에 대해 과소신고가산세율 10% 또는 '부정행위'로 인한 40%가 적용되어야 하는지 여부입니다.
5. 원천납세의무자인 C이 소득금액변동통지 이전에 사망한 경우, 원고의 원천징수의무가 성립될 수 있는지 여부입니다.
6. E, C이 해당 소득에 대한 종합소득세를 이미 납부한 경우, 원고의 원천징수의무가 소멸하는지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 제1심판결의 원고 패소 부분 중 다음을 취소했습니다.

1. 피고가 2014년 7월 1일 원고에 대하여 한 2006년 제1기, 2006년 제2기, 2007년 제1기, 2007년 제2기, 2008년 제1기, 2008년 제2기에 대한 부가가치세 부과처분을 모두 취소했습니다.
2. 피고가 2014년 7월 1일 원고에 대하여 한 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세 부과처분 중 과소신고가산세율 100분의 10을 초과하는 부분을 각 취소했습니다.
3. 피고가 2014년 7월 1일 원고에 대하여 한 E의 2006년, 2007년, 2008년, 2009년, 2010년, 2011년, 2012년 귀속 기타소득에 대한 소득금액변동통지를 각 취소했습니다. 또한, 제1심판결의 피고 패소 부분 중 피고가 2014년 7월 1일 원고에 대하여 한 C의 2013년 귀속 기타소득에 대한 소득금액변동통지 부분을 취소하고, 이 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각했습니다. 원고와 피고의 나머지 항소는 모두 기각되었습니다. 소송 총비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각각 부담하도록 판결했습니다.

결론

법원은 원고가 E, F, C에게 지급한 상표권 사용료, 용역비, 고문료가 실제 용역 제공 없이 지급된 '가공비용'에 해당한다고 판단하여, 이에 대한 법인세 손금 불산입 및 부가가치세 매입세액 불공제 자체는 정당하다고 보았습니다. 그러나 부가가치세 부과처분 중 2006년 제1기부터 2008년 제2기까지의 기간에 대해서는 원고에게 '부정한 행위'로 조세 포탈 인식이 있었다고 보기 어려워 5년의 부과제척기간이 적용되어 이미 기간이 경과했으므로 위법하다고 판결했습니다. 또한, 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세에 대해서도 '부정행위'가 인정되지 않아 40%의 과소신고가산세율이 아닌 10%를 적용해야 한다고 보아 초과분을 취소했습니다. 소득금액변동통지에 대해서는 E와 C이 이미 해당 소득에 대한 종합소득세를 신고·납부한 부분에 대해서는 원고의 원천징수의무가 소멸하므로 해당 통지를 취소했으며, C의 2013년 귀속분은 사망 전 납세의무가 성립했고 소득세 납부 증거가 없어 적법하다고 보았습니다. 이 판결은 가공경비에 대한 과세는 정당하지만, 과세 절차 및 요건 적용에는 법률상 원칙이 엄격하게 지켜져야 함을 보여줍니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에 적용된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

1. 법인세법 제19조(손금의 범위): 이 조항은 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것만을 손금으로 인정합니다. 법원은 이 사건에서 원고가 E, F, C에게 지급한 상표권 사용료, 용역비, 고문료가 실제 용역 제공 없이 자금 유출 목적으로 지급된 '가공비용'에 해당한다고 보아, 법인세법 제19조에서 정한 손금으로 인정하지 않았습니다. 즉, 실질적인 사업 관련성이 없거나 통상적이지 않으며 수익과 직접 관련되지 않는 비용은 손금으로 볼 수 없다는 원칙이 적용되었습니다.
2. 부가가치세법 제38조(공제되는 매입세액) 및 제39조 제1항(매입세액 불공제): 부가가치세법 제38조는 사업자가 자기 사업을 위해 사용되었거나 사용될 재화나 용역의 공급에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하도록 합니다. 그러나 제39조 제1항 제1호, 제2호는 매입처별 세금계산서합계표나 세금계산서에 필요적 기재사항이 사실과 다르거나 적히지 않은 경우 매입세액 공제를 허용하지 않습니다. 이 사건에서 법원은 상표권 사용료, 용역비, 고문료가 가공비용이므로 실제 용역 공급행위가 없었고, 따라서 이에 대한 매입세액은 제38조에 따라 공제 대상이 아니라고 판단했습니다. 또한, 세금계산서가 사실과 다른 경우 제39조 제1항에 따라 매입세액이 불공제되며, 거래 상대방이 매출 부가가치세를 납부했더라도 이는 별개의 문제로 이중과세에 해당하지 않는다고 보았습니다.
3. 국세기본법 제26조의2 제1항(국세 부과의 제척기간): 이 조항은 국세는 일반적으로 과세할 수 있는 날부터 5년이 지나면 부과할 수 없지만, '사기나 그 밖의 부정한 행위'로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 10년간 부과할 수 있다고 규정합니다. 법원은 2006년 제1기부터 2008년 제2기까지의 부가가치세 부과처분에 대해, 원고가 사실과 다른 세금계산서를 발급한 E, F, C이 부가가치세 납부의무를 면탈하여 원고가 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 조세 수입 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있었다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 이에 따라 10년이 아닌 5년의 제척기간을 적용해야 한다고 보았고, 이 기간의 부과처분은 제척기간이 경과하여 위법하다고 판결했습니다.
4. 국세기본법 제47조의3 제1항, 제2항(과소신고가산세): 이 조항은 부가가치세 납부세액을 과소신고한 경우 일반적으로 10%의 가산세가 부과되지만, '부정행위'로 과소신고한 경우에는 40%의 가산세가 부과된다고 규정합니다. '부정행위'의 정의는 조세범 처벌법 제3조 제6항에 따릅니다. 법원은 제척기간 판단과 동일하게 원고에게 '부정행위'로 인한 국가 조세 수입 감소 인식이 있었다고 보기 어렵다고 판단하여, 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세에 대해서는 10%의 가산세율을 적용해야 한다고 보아 40%를 적용한 처분 중 초과분을 취소했습니다.
5. 소득세법 및 국세기본법 상의 원천징수의무와 납세의무의 성립 및 소멸: 원천징수의무자인 법인에 대한 원천징수의무는 소득금액변동통지서가 법인에 송달된 날에 성립합니다(소득세법 제135조 제4항 등). 그러나 원천납세의무자가 그 소득세를 이미 납부했다면 원천징수의무자의 원천징수의무는 소멸합니다. 법원은 E와 C이 일부 기간의 소득에 대한 종합소득세를 이미 납부한 사실을 인정하여, 해당 기간에 대한 소득금액변동통지는 원고의 원천징수의무가 이미 소멸된 상태에서 이루어진 것으로 보아 위법하다고 판단했습니다. 또한, 소득세 납세의무는 해당 소득이 귀속된 과세기간 종료 시점에 성립하며, 원천납세의무자가 사망하더라도 그 납세의무는 상속인에게 승계되므로 원천징수의무가 자동 소멸하지 않는다고 보았습니다. 이에 따라 C의 2013년 귀속 기타소득에 대한 소득금액변동통지는 C 사망 전 납세의무가 성립했고 소득세 납부 증거가 없어 적법하다고 판단했습니다.

참고 사항

회사가 지출하는 비용이 세법상 적법한 '손금'으로 인정되거나 '매입세액'으로 공제받기 위해서는 다음 사항들을 유의해야 합니다.

1. 실질적인 용역 제공 및 사업 관련성 입증: 계약서상 명목이 아닌 실제 용역 제공 여부, 회사의 사업 목적과 관련성, 통상적인 거래 관행에 부합하는지 여부가 중요합니다. 특히 특수관계인(가족, 지주회사 등)과의 거래는 세무당국이 그 실질을 엄격하게 심사하므로, 모든 거래 내역과 증빙 자료를 철저히 보관하고 실질적인 용역 제공 사실을 입증할 수 있어야 합니다.
2. 증빙 자료의 정확성: 세금계산서, 계약서, 용역 보고서 등 모든 증빙 서류는 사실과 일치해야 합니다. 사실과 다른 세금계산서는 매입세액 불공제뿐만 아니라 가산세 부과의 대상이 됩니다.
3. 국세 부과제척기간 준수 여부 확인: 국세 부과에는 법정 제척기간이 있습니다. 일반적인 경우 5년이지만, 사기나 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급받은 경우에는 10년이 적용될 수 있습니다. 본인이 부정한 행위를 저질렀다는 인식이 없었다면 10년이 아닌 5년의 제척기간이 적용될 수 있음을 주장할 수 있습니다.
4. 가산세율의 적정성 검토: 과소신고가산세는 일반적인 과소신고 시 10%가 적용되지만, '부정한 행위'로 인한 경우에는 40%가 적용됩니다. 세무당국이 40%를 적용했다면, 본인의 행위가 '부정한 행위'에 해당하는지, 그리고 '부정한 행위'로 인해 국가의 조세 수입 감소를 가져올 것이라는 인식이 있었는지 여부를 면밀히 검토해야 합니다.
5. 이중과세 방지 원칙 활용: 만약 원천징수의무자가 지급한 소득에 대해 원천납세의무자가 이미 종합소득세를 신고·납부했다면, 원천징수의무자의 원천징수 의무는 소멸합니다. 이는 이중과세를 방지하기 위한 중요한 법리이므로, 거래 상대방의 세금 납부 여부를 확인하여 본인의 원천징수 의무 소멸을 주장할 수 있습니다.
6. 원천납세의무자 사망 시 대응: 원천납세의무자가 사망하더라도 소득세 납세의무는 상속인에게 승계되므로 원천징수의무가 무조건 소멸하는 것은 아닙니다. 납세의무 성립 시점과 사망 시점, 그리고 해당 소득에 대한 실제 세금 납부 여부를 종합적으로 고려하여 대응해야 합니다.
7. 관련 형사사건 결과의 중요성: 회사의 비용 처리와 관련된 횡령, 배임 등 형사사건에서 유죄 판결이 확정된 경우, 이는 세무 행정소송에서 해당 비용이 가공비용임을 입증하는 강력한 증거로 작용할 수 있습니다. 따라서 형사사건과의 연관성을 인지하고 대응 전략을 수립해야 합니다.