기타 금전문제 · 세금 · 행정
주식회사 A는 대표이사 B에게 특허권 지분 일부를 이전하거나 직무발명보상금을 지급하고 현물출자를 받으면서 관련 회계 처리를 했습니다. 충주세무서장은 이 특허권이 처음부터 회사에 귀속된 것으로 보아, 대표이사 B에게 지급된 보상금 등이 법인 자금의 부당 유출에 해당한다고 판단하여 회사에 법인세를 부과하고 B에게 소득금액변동통지를 했습니다. 이에 회사는 특허권이 발명자인 B에게 원시적으로 귀속된 것이므로 정당한 보상금 지급이었다고 주장하며 세금 부과 처분 취소를 청구했으나, 법원은 특허권의 실질적 귀속권자가 회사라고 판단하여 회사의 청구를 기각했습니다.
원고 회사 A는 대표이사 B가 발명한 특허권에 대해 직무발명보상금 472,000,000원을 B의 가지급금과 상계하고, 특허권 지분 50%를 B로부터 현물출자받아 1,320,980,286원 상당의 주식을 교부했습니다. 세무 당국은 이 특허권이 처음부터 원고 회사 소유인데, 형식적으로 B에게 이전했다가 다시 취득하는 방식을 통해 회사 자금을 부당하게 유출한 것으로 보았습니다. 이에 세무 당국은 원고에게 법인세를, B에게는 상여소득으로 보아 소득금액변동통지를 하였고, 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.
이 사건 특허권의 실질적인 귀속권자가 발명자인 대표이사 B 개인인지 아니면 회사(주식회사 A)인지 여부가 핵심 쟁점입니다. 이 판단에 따라 대표이사 B에게 지급된 직무발명보상금 및 현물출자에 대한 법인세 부과와 소득금액변동통지 처분의 적법성 여부가 결정됩니다.
법원은 원고 주식회사 A의 청구를 모두 기각하고 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다. 이는 피고 충주세무서장이 원고에게 부과한 법인세(2016년 1,518,480원, 2017년 11,792,920원, 2018년 10,785,200원)와 대표이사 B에게 통지한 소득금액변동(2016년 472,000,000원, 2017년 1,320,980,286원) 처분이 모두 적법하다고 인정한 것입니다.
법원은 이 사건 특허권이 대표이사 B 개인이 아닌 원고 회사에 실질적으로 귀속된다고 판단하여, 원고의 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분 취소 청구를 기각했습니다.
특허법 제33조 제1항 본문은 '발명을 한 자 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다'고 규정하고 있으며, 특허법 제2조 제1호는 '발명'을 자연법칙을 이용하여 기술적 사상을 고도로 창작한 것이라고 정의합니다. 법원은 '발명을 한 자'를 단순히 아이디어를 제공하거나 연구를 관리한 정도를 넘어, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 제시, 보완하거나 실험 등을 통해 새로운 착상을 구체화하는 등 '기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여한 자'로 해석합니다. 본 사안에서는 원고 회사의 기업부설연구소 운영 및 매년 수억 원의 연구비 지출, 특허 내용의 복잡성, 대표이사 B의 연구노트 내용 미흡 등을 종합적으로 고려하여, 이 사건 특허권이 B 개인이 아닌 회사에 실질적으로 귀속된다고 판단했습니다. 이는 B가 특허법상 독자적인 '발명을 한 자'로서 권리 귀속자임을 인정하기 어렵다는 판단에 근거합니다. 또한, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항은 부당행위계산 부인 등 관련 규정으로, 세무 당국이 특허권 귀속 주체를 잘못 판단하여 이루어진 직무발명보상금 지급이나 현물출자를 세무상 부당행위로 보아 법인세 부과 및 소득금액변동통지를 하는 근거가 되었습니다.
직무발명의 귀속과 보상에 있어서 발명자가 누구인지, 발명 과정에 회사의 자원(시설, 인력, 연구비 등)이 얼마나 투입되었는지, 발명자의 역할이 기술적 사상의 창작에 실질적으로 기여했는지가 매우 중요합니다. 회사의 대표이사 등 특수관계인에게 특허권 지분을 이전하거나 직무발명보상금을 지급할 경우, 해당 특허권의 실질적인 귀속 주체를 명확히 입증할 수 있는 자료(예: 구체적인 연구노트, 개발비 지출 내역, 특허 출원 당시의 상황 등)를 충분히 갖추어야 합니다. 특허권 등록 명의가 반드시 실질적인 귀속 주체를 의미하는 것은 아니므로, 명의와 실제 상황이 다를 경우 세무상 문제가 발생할 수 있음을 인지해야 합니다. 특허권 관련 거래 시 세무 당국은 법인 자금의 부당 유출 여부를 엄격하게 심사하므로, 법인세 및 소득금액변동통지 등 세무상 불이익을 받지 않도록 유의해야 합니다. 특히, 대표이사 등 특수관계인과의 거래는 더욱 주의 깊게 접근해야 합니다.
