세금 · 행정
원고가 16년간 농지를 직접 경작하여 구 조세특례제한법에 따른 양도소득세 감면을 신청했으나, 피고 청주세무서장이 원고의 8년 이상 자경 요건 미충족을 이유로 감면을 불인정하고 1억 3천 1백만원의 양도소득세를 부과한 처분에 대해, 법원은 세무조사 절차에 중대한 하자가 없고 원고가 8년 이상 직접 경작했음을 입증하기 어렵다며 피고의 처분이 적법하다고 판단하여 원고의 청구를 기각한 사건입니다.
원고는 2001년 충북 청주시의 농지를 취득하여 소유하던 중, 2016년 해당 농지의 일부 지분을 6억 4백만원에 매도했습니다. 원고는 이 토지에서 16년간 직접 경작(자경)했다고 주장하며 구 조세특례제한법 제69조에 따라 양도소득세 감면을 신청했고, 감면 후 남은 금액인 2천 4백여만원을 신고·납부했습니다. 그러나 청주세무서장은 원고가 8년 이상 자경 요건을 충족하지 못했다고 판단하여, 2018년 원고에게 양도소득세 1억 3천 1백만원을 추가로 부과하는 처분을 내렸습니다. 원고는 이 처분에 불복하여 이의신청과 조세심판원 심판청구를 거쳤으나 모두 기각되자, 해당 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하여 법적 다툼이 시작되었습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 세무조사 과정에서 절차적 하자가 있었는지 여부와 원고가 구 조세특례제한법에서 정한 8년 이상 농지를 직접 경작(자경)했는지 여부였습니다. 특히 세무대리인의 조력을 받을 권리 침해 주장이 절차적 하자로 인정되는지, 그리고 자경 사실을 증명할 충분한 증거가 있는지에 대한 판단이 중요하게 다루어졌습니다.
법원은 원고의 청구를 기각하며 피고 청주세무서장의 양도소득세 부과 처분이 적법하다고 판단했습니다.
절차적 하자에 대한 판단: 법원은 세무조사 절차에 하자가 있다고 보기 어렵고, 설령 하자가 있더라도 과세처분의 취소 사유가 될 정도로 중대하지 않다고 보았습니다. 특히 국세청 조사사무처리규정은 행정기관 내부의 사무처리 준칙에 불과하므로 대외적 구속력이 없어, 세무대리인에게 의견 진술 기회를 부여하지 않았다는 이유만으로 절차적 하자가 있다고 볼 수 없다고 설명했습니다. 또한, 원고의 문답서에 본인의 무인(拇印)이 찍혀 있는 이상 진술 내용이 왜곡되었다고 보기 어렵고, 문답서 수정 주장에 대해서도 증거가 부족하다고 판단했습니다.
실체적 하자에 대한 판단(자경 여부): 법원은 원고가 8년 이상 이 사건 토지를 직접 경작했다는 주장을 받아들이지 않았습니다. 그 이유는 다음과 같습니다.
법원은 피고 청주세무서장이 원고에게 부과한 양도소득세 1억 3천 1백만원(가산세 포함)의 부과처분이 적법하다고 보아 원고의 청구를 최종적으로 기각했습니다. 원고가 주장한 세무조사 절차상 하자와 8년 이상 직접 경작했다는 실체적 주장이 모두 받아들여지지 않은 결과입니다.
이 사건과 관련하여 중요한 법령과 법리는 다음과 같습니다.
구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 일부 개정되기 전의 것) 제69조 제1항: 이 규정은 농지 소재지에 거주하는 자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 양도할 경우 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 하고 있습니다. 본 사건에서 원고는 이 조항에 따라 감면을 신청했으나, 법원은 원고가 8년 이상 직접 경작했다는 사실을 인정하기 어렵다고 판단하여 감면 대상이 아니라고 보았습니다.
조세특례제한법 시행령 제66조 제13항: 이 시행령은 법 제69조 제1항에서 말하는 '대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작'의 의미를 구체적으로 정의하고 있습니다. 이는 거주자가 그 소유 농지에서 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나, 농작업의 2분의 1 이상을 자기 노동력으로 경작 또는 재배하는 것을 의미합니다. 법원은 원고가 이 요건을 충족하지 못했다고 판단한 근거로 원고의 거주지, 농약 구입 내역, 다른 직업 활동 병행 등을 제시했습니다.
국세기본법 제81조의5: 이 조항은 납세자가 세무조사 시 세무대리인을 통하여 조력을 받을 권리를 규정하고 있습니다. 원고는 세무대리인의 조력을 제대로 받지 못해 절차적 하자가 있었다고 주장했으나, 법원은 이러한 사정만으로는 과세처분을 취소할 정도로 중대한 하자로 보지 않았습니다.
과세처분 취소 사유에 관한 법리: 대법원 판례(대법원 2009. 4. 23. 선고 2009두2580 판결 등)에 따르면, 과세처분은 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 따라 결정되며, 세무조사 절차에 하자가 있더라도 그것이 세무조사권 남용, 조사 결여, 사기나 강박 등의 중대한 것이 아닌 한 과세처분 취소 사유가 되지 않습니다. 본 사건에서 법원은 원고가 주장한 절차적 하자가 중대한 정도가 아니라고 보아 이를 받아들이지 않았습니다.
조사사무처리규정의 성격: 국세청 조사사무처리규정은 국세청 훈령으로서 행정기관 내부의 사무처리 준칙에 불과하며 대외적인 구속력이 있는 법규 명령으로 보기 어렵다는 법리(서울고등법원 2018. 6. 14. 선고 2017누66338 판결 등)가 적용되었습니다. 이로 인해 피고 소속 공무원이 세무대리인에게 의견 진술 기회를 부여하지 않았다는 점이 절차적 하자로 인정되지 않았습니다.
자경 사실 증명책임에 관한 법리: 대법원 판례(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결)에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면 요건으로서 양도한 토지를 직접 경작한 사실에 대한 증명 책임은 양도소득세 감면을 주장하는 납세의무자에게 있습니다. 원고는 이 증명 책임을 다하지 못했다고 법원은 판단했습니다.
유사한 상황에서 농지 양도소득세 감면을 계획하고 있다면 다음 사항들을 주의 깊게 준비해야 합니다.
