법인 전환 후 회사 합병 시 취득세 감면 추징 여부 사건

개인사업자가 현물출자를 통해 법인(C)을 설립하며 취득세를 면제받았습니다. 그런데 C 법인이 설립 2년 이내에 다른 회사(원고 A)에 흡수합병되자, 피고 창원시 마산회원구청장은 합병을 취득세 감면 추징 사유인 '처분'으로 보아 원고에게 면제된 취득세 등을 추징했습니다. 원고 A는 합병이 '처분'에 해당하지 않거나, 다른 면제 규정이 적용되어야 한다며 취득세 등 경정청구 불승인처분을 취소해달라고 소송을 제기했습니다. 법원은 합병을 '처분'으로 보아 추징 사유가 발생했다고 판단하고, 원고 A의 다른 면제 규정 주장은 적용 대상이 다르다며 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고 주식회사 A: C 법인을 흡수합병한 회사이자 소송을 제기한 당사자입니다.
• 피고 창원시 마산회원구청장: 취득세 등 면제 결정을 했으나 이후 추징하고 원고의 경정청구를 불승인한 행정기관입니다.
• B: 개인사업 'C'를 운영하다가 현물출자를 통해 법인 '주식회사 C'를 설립한 사람입니다.
• 주식회사 C: B가 현물출자하여 설립한 법인으로, 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 면제받았으나 이후 원고 A에 흡수합병되어 해산되었습니다.

분쟁 상황

B는 'C'라는 상호의 개인사업체를 법인으로 전환하기 위해 2017년 9월 18일 자신의 공장용지와 건물을 현물출자하여 '주식회사 C'를 설립했습니다. C는 현물출자로 인한 취득세 면제 조항에 따라 2017년 10월 11일 취득세 등 190,111,130원을 면제받았습니다. 하지만 C는 현물출자일로부터 2년이 지나지 않은 2018년 10월 26일, 원고인 주식회사 A에 흡수합병되었고, 이에 원고는 2019년 1월 28일 면제받았던 취득세 등을 자진 신고하고 납부했습니다. 이후 원고는 2020년 5월 18일 피고에게 '합병은 취득세 추징 사유인 '처분'에 해당하지 않는다'는 이유로 납부했던 세금을 돌려달라는 경정청구를 했으나, 피고는 2020년 7월 12일 이를 불승인했습니다. 원고는 이 불승인 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자, 결국 이 사건 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 취득세 감면 후 2년 이내에 법인이 다른 법인에 '흡수합병'된 경우, 이 사건 추징조항에서 규정한 '처분'에 해당하여 면제되었던 취득세를 추징할 수 있는지 여부입니다. 둘째, 합병으로 부동산을 취득한 원고 A가 지방세특례제한법의 다른 취득세 면제 조항(중소기업 간 통합)의 적용을 받을 수 있는지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 원고의 청구를 기각하며, 피고 창원시 마산회원구청장이 원고에게 한 취득세 등 경정청구 불승인처분이 적법하다고 판단했습니다. 이에 따라 원고는 청구한 취득세 165,314,030원, 지방교육세 16,531,400원, 농어촌특별세 8,265,700원을 돌려받을 수 없게 되었습니다.

결론

법원은 흡수합병이 실질적으로 소멸 법인의 자산이 존속 법인으로 승계되는 법률적 행위이므로 취득세 추징 사유인 '처분'에 해당한다고 보았습니다. 또한, 합병 전후 지배주주가 동일하더라도 회사라는 별개의 법인격이 변경되는 것이므로, 개인사업의 법인 전환 시 취득세 면제 취지(실질적 사업주 동일)와는 다르다고 판단했습니다. 지방세특례제한법 시행령 개정 내용과 부칙의 적용 시점을 고려할 때, 개정 전 합병은 '처분'으로 보고 있었음이 분명하며, 조세 감면 요건은 엄격하게 해석해야 한다는 원칙에 따라 추징 사유의 예외를 확장할 수 없다고 보았습니다. 원고가 주장한 다른 면제 규정(중소기업 간 통합)에 대해서는, 원래 면제받은 과세 대상은 'C가 현물출자로 부동산을 취득한 것'이고, 원고가 주장하는 면제 대상은 '원고가 합병으로 부동산을 취득한 것'이므로 과세 대상이 다르다고 판단하여 적용할 수 없다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 구 지방세특례제한법 제57조의2 제4항 본문(면제조항)과 단서(추징조항) 및 그 시행령의 해석이 핵심입니다.

1. 취득세 면제 및 추징 규정:

• 구 지방세특례제한법 제57조의2 제4항 본문: 법인으로 전환하는 개인이 사업용 고정자산을 현물출자하여 법인이 취득하는 경우, 해당 법인은 취득세 등을 면제받을 수 있습니다. 이는 개인사업의 법인 전환을 장려하고, 사업주의 실질적인 동일성을 인정하여 재산이전에 따르는 세금 부담을 줄여주려는 취지입니다.
• 구 지방세특례제한법 제57조의2 제4항 단서 (추징조항): 다만, 위 면제를 받은 법인이 해당 사업용 재산을 '정당한 사유 없이 2년 이내에 처분'하는 경우에는 면제된 세액을 추징하도록 규정하고 있습니다.

2. '처분'의 해석:

• 법원은 '처분'의 사전적 의미와 지방세법상 '취득'의 정의를 종합하여 해석했습니다.
  • '처분'은 재산의 현상이나 성질을 변하게 하는 사실적 행위 및 재산 변동을 생기게 하는 법률적 행위를 포함합니다.
  • 지방세법에서 '취득'은 매매, 교환, 상속, 증여, 현물출자 등 다양하게 정의되며, 법인의 합병도 취득세 과세 대상으로 규정하고 있습니다.
• 법원은 흡수합병의 경우 존속회사가 소멸회사의 권리 의무를 포괄적으로 승계하는 것이므로, 합병 전후 회사 간에 법인격의 동일성이 유지되지 않고 기존 사업주에서 새로운 사업주로의 변경이 있다고 보아 '처분'에 해당한다고 판단했습니다.
• 비록 합병 전후 지배주주가 동일하더라도, 회사는 주주와 독립된 별개의 권리주체라는 점에서 법적 실체의 변동이 있으므로 이는 '처분'으로 보아야 합니다.

3. 조세법률주의 및 감면 요건의 엄격 해석:

• 조세법률주의 원칙에 따라 과세 요건이나 감면 요건은 법문의 통상적인 의미에 충실하게 해석해야 하며, 합리적인 이유 없이 확장하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않습니다.
• 특히 세금 감면 규정은 특혜 규정으로 볼 수 있으므로 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합합니다.
• 이 사건 추징 조항의 예외 사유인 '정당한 사유'는 법령에 의한 폐업, 수용 등 납세의무자가 임의로 할 수 없는 외부적 사유로 제한적으로 열거되어 있습니다.

4. 다른 면제 조항의 적용 여부:

• 원고는 지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제5호(조세특례제한법 제31조에 따른 중소기업 간 통합)에 따라 취득세 면제가 되어야 한다고 주장했습니다.
• 하지만 법원은 이 사건에서 C가 현물출자로 부동산을 취득한 것이 최초의 과세 대상이고, 원고가 합병으로 부동산을 취득한 것은 다른 과세 대상이므로 동일한 과세 대상에 대한 복수의 감면 규정으로 볼 수 없다고 판단했습니다.
• 즉, 원고가 C의 취득세 납세 의무를 승계한 것일 뿐, 원고 스스로가 중소기업 간 통합으로 새로운 면제 요건을 갖추었다고 볼 수 없다고 보았습니다.

참고 사항

회사를 설립하거나 사업 형태를 변경할 때 세금 감면 혜택을 받았다면, 해당 감면 요건과 추징 사유를 명확히 이해해야 합니다. 특히, 감면 요건 중 '2년 이내 처분 금지'와 같은 규정이 있다면, 합병이나 분할과 같은 기업 구조 변경도 '처분'으로 간주될 수 있음을 유의해야 합니다. 세법 해석은 법률 문언에 충실하며, 감면 규정은 엄격하게 해석되는 경향이 있으므로, 실질적인 지배 구조의 변화가 없다고 해도 법인격의 변동이 발생하면 추징 사유가 될 수 있습니다. 관련 법령이나 시행령이 개정될 경우, 부칙에 명시된 적용 시기를 반드시 확인하여 본인의 상황에 어떤 법률이 적용되는지 정확히 알아야 합니다. 세금 감면 후 기업 구조 변경을 계획하고 있다면, 변경 전 반드시 세무 전문가와 상담하여 예상치 못한 세금 추징이 발생하지 않도록 미리 확인해야 합니다.