사업 양수도 시 영업권의 취득세 과세표준 포함 여부 사건

주식회사 A는 C 유한회사로부터 골프장 운영 사업을 양수하면서 관련 부동산과 영업권을 취득하고, 총 금액을 기준으로 취득세를 신고 납부했습니다. 그러나 이후 영업권 가액은 부동산 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하며 세금 환급을 요청했으나 연수구청장이 이를 거부했습니다. 이에 주식회사 A는 거부 처분의 취소를 구하는 소송을 제기했고, 법원은 영업권이 부동산과는 별개의 권리이므로 취득세 과세표준에 포함되지 않는다고 판단하여 주식회사 A의 손을 들어주었습니다.

관련 당사자

• 원고: 주식회사 A (종전 주식회사 B) - 골프장 운영 사업을 양수한 회사
• 피고: 연수구청장 - 영업권에 대한 취득세 과세표준 제외 요청을 거부한 세무 당국
• 이 사건 양도인: C 유한회사 - 주식회사 A에게 골프장 운영 사업을 양도한 회사

분쟁 상황

주식회사 A는 2022년 7월 14일 C 유한회사로부터 인천 연수구 소재 E의 운영사업을 70,000,000,001원(부가가치세 별도)에 양수하는 계약을 체결했습니다. 이 사업 양수에는 관련 부동산과 함께 영업권이 포함되었습니다. 주식회사 A는 이 사업과 관련하여 부동산과 영업권 가액을 합한 305,032,780,801원을 과세표준으로 취득세 등을 신고 납부했습니다. 그러나 2023년 7월 19일, 주식회사 A는 영업권 가액 35,728,280,299원은 부동산과 별개의 권리이므로 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하며 총 1,643,500,890원의 환급을 요청하는 경정청구를 했습니다. 연수구청장은 영업권이 부동산 취득과 관련성이 높은 간접비용이라고 보아 2023년 8월 24일 이 청구를 거부했고, 주식회사 A는 이에 불복하여 조세심판원을 거쳐 행정소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

사업 양수도 과정에서 부동산과 함께 취득한 ‘영업권’의 가액을 부동산의 취득세 과세표준에 포함해야 하는지 여부가 핵심 쟁점입니다. 원고는 영업권이 부동산과 별개의 자산이므로 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하는 반면, 피고는 영업권 가액이 부동산 취득과 관련된 간접비용에 해당하여 포함되어야 한다고 주장했습니다.

법원의 판단

법원은 피고(연수구청장)가 2023년 8월 24일 원고(주식회사 A)에게 내린 취득세 1,429,131,210원, 지방교육세 142,913,120원, 농어촌특별세 71,456,560원의 경정거부처분을 모두 취소하라고 판결했습니다. 이는 영업권이 부동산 취득세 과세표준에 포함되지 않는다고 본 것입니다.

결론

법원은 영업권이 부동산과는 별개의 권리로서 부동산 자체의 취득가격으로 볼 수 없으므로, 해당 영업권 가액을 부동산 취득세 과세표준에 포함하는 것은 위법하다고 판단했습니다. 따라서 원고의 취득세 등 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건 판결에는 다음과 같은 법령과 법리들이 적용되었습니다:

1. 구 지방세법 제111조 제5항 (2005. 12. 31. 개정 전)​: 취득세 과세 대상 물건의 '취득가격'에 대한 법리를 규정하고 있습니다. 대법원은 이 규정과 관련하여, 취득가격에는 직접비용은 물론 그에 준하는 취득절차 비용도 간접비용으로 포함될 수 있지만, 취득의 대상이 아닌 별개의 물건이나 권리에 관한 것이어서 해당 물건 자체의 가격으로 볼 수 없는 것은 취득가격에 포함되지 않는다고 보고 있습니다. 이 판결은 영업권이 부동산과는 별개의 권리에 해당하므로 부동산 취득가격에 포함될 수 없다는 판단의 중요한 근거가 되었습니다.

2. 구 지방세법 제7조 제1항: 취득세 부과 대상인 유형 자산 또는 권리를 제한적으로 열거하고 있습니다. 이 규정은 취득세 과세 대상이 법률에 명확히 규정되어야 한다는 조세법률주의 원칙을 반영하며, 열거되지 않은 영업권이 부동산 취득세의 과세표준에 포함되기 어렵다는 해석의 바탕이 됩니다.

3. 감정평가에 관한 규칙 제23조 제3항, 상속세 및 증여세법 시행령 제59조 제2항 등: 이 법규들은 영업권이 독립적인 무형자산으로서 합리적인 가치 평가 방법이 존재하며, 다른 조세 관련 법령에서도 독립적인 과세 객체 또는 과세표준 산정의 기초가 됨을 보여줍니다. 이는 영업권이 부동산과 별개의 자산이라는 원고 주장을 뒷받침하는 근거로 활용되었습니다.

4. 조세법률주의 원칙: 과세 요건 및 과세표준은 법률로 엄격하게 규정되어야 하며, 납세자의 예측 가능성을 해치거나 법률에 명확한 근거 없이 과세 대상을 확장 해석해서는 안 된다는 원칙입니다. 법원은 피고의 '취득과의 상당한 관련성' 주장처럼 간접비용의 범위를 지나치게 넓게 해석하는 것이 이 원칙에 반할 우려가 있다고 지적했습니다.

결론적으로, 법원은 영업권이 영업자가 초과 수익을 창출하는 일체의 무형자산으로서 법적으로 독립된 거래 객체가 될 수 있고, 합리적인 가치 평가가 가능하며, 반드시 부동산 취득을 전제로 하지 않는다는 점 등을 종합하여 부동산과 별개의 권리로 판단했습니다. 따라서 영업권 가액은 부동산 취득세 과세표준에 포함될 수 없다는 법리가 적용되었습니다.

참고 사항

사업의 전부 또는 일부를 양수하면서 부동산과 함께 영업권 같은 무형자산을 취득하는 경우, 취득세 신고 시 영업권 가액을 부동산 취득세 과세표준에 포함할지 여부를 신중하게 판단해야 합니다. 일반적으로 영업권은 독립적인 가치를 가지는 무형자산이며 부동산 취득세의 과세 대상인 부동산 자체의 가격 또는 그에 준하는 직접, 간접비용으로 보기 어렵습니다. 따라서 사업 양수도 계약 시 부동산과 영업권 등 각 자산의 가액을 명확히 구분하여 계약서에 명시하는 것이 중요하며, 영업권에 대한 합리적인 평가 보고서 등을 준비하여 추후 세금 관련 분쟁 발생 시 근거 자료로 활용하는 것이 좋습니다. 세무 당국이 영업권 가액을 부동산 취득세 과세표준에 포함하려 할 경우, 영업권이 부동산과는 별개로 거래될 수 있는 독립된 자산임을 주장하고 관련 법령 및 대법원 판례를 근거로 다툴 수 있습니다.