세금 · 행정
경기주택도시공사가 산업단지 개발 사업을 진행하며 취득한 토지에 대해 취득세 감면을 신청했지만, 평택시장은 공사 측이 주장하는 면제 시점이 아닌 다른 감면율을 적용하여 취득세를 부과했습니다. 공사는 개정 전 지방세특례제한법에 따라 취득세가 면제되어야 한다고 주장했으나, 법원은 납세의무 성립 당시의 법령을 적용해야 한다는 원칙에 따라 이를 받아들이지 않았습니다.
경기주택도시공사는 2008년 평택 고덕 국제화계획지구 일반산업단지 개발 사업을 시작하여 2016년 12월 2일 준공했습니다. 준공과 동시에 산업입지법에 따라 기존 공공시설용 토지 131,461㎡를 무상으로 취득했습니다. 공사는 2013년 지방세특례제한법 제78조 제1항(종전 감면규정)을 적용받아 취득세가 면제된다고 판단하여 취득세 등을 신고 및 납부하지 않았습니다. 그러나 평택시장은 공사의 토지 취득 시점인 2016년 12월 2일에 적용되는 구 지방세특례제한법 제85조의2 제1항에 따라 취득세 50% 감면 대상에만 해당한다고 보아, 2021년 6월 16일에 취득세 1,028,669,370원, 지방교육세 82,417,830원, 농어촌특별세 55,025,770원 합계 1,166,112,970원(가산세 포함)을 부과했습니다. 이에 불복한 공사는 조세심판원에 심판청구를 제기했으나 기각되었고, 결국 취득세 등 부과처분 취소 소송을 제기하게 되었습니다.
산업단지 개발 사업시행자가 토지를 취득할 당시, 개정된 지방세특례제한법 부칙의 일반적 경과조항이 적용되어 개정 전 법률에 따른 취득세 면제를 받을 수 있는지 여부입니다. 이는 납세의무자가 종전 법규를 신뢰하여 행위를 하였을 때, 법규 개정 이후에도 종전 법규가 적용되어야 하는지, 즉 신뢰보호의 원칙이 적용될 수 있는지가 핵심 쟁점입니다.
법원은 원고(경기주택도시공사)의 청구를 기각했습니다. 법률이 개정될 때 납세의무자에게 불리하더라도, 원칙적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 적용되어야 하며, 특별한 경과규정이 있더라도 납세의무자가 보호가치 있는 신뢰를 형성했다고 볼 수 없는 경우에는 종전 법령을 적용할 수 없다고 판단했습니다. 이 사건 토지 취득은 개정된 법률 시행 이후이자 종전 감면규정의 일몰기한이 지난 시점인 2016년 12월 2일에 이루어졌으므로, 종전 감면규정이 적용되지 않는다고 보았습니다. 오히려 피고가 적용한 50%의 감면율이 종전 감면규정의 35%보다 원고에게 더 유리한 것이었습니다.
법원은 경기주택도시공사가 산업단지 조성 과정에서 취득한 토지에 대한 취득세 면제를 주장했으나, 납세의무 성립 시점의 법령 적용 원칙과 신뢰보호의 원칙 적용 불가를 이유로 원고의 청구를 기각하고 피고 평택시장의 취득세 부과 처분이 적법하다고 판결했습니다.
이 사건은 주로 지방세특례제한법의 개정과 그 부칙의 경과규정 해석이 쟁점이 되었습니다.
지방세특례제한법 제78조 제1항 (종전 감면규정): 산업단지 개발 사업 시행자가 산업단지를 조성하기 위해 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면 내용을 담고 있었습니다. 이 사건에서는 2013년 법률 개정 당시 2014년 12월 31일까지 취득세가 면제된다는 조항이 문제 되었으며, 이 조항은 이후 개정을 거치며 감면율이 35%로 줄고 2016년 12월 31일까지 연장되었다가, 원고가 토지를 취득한 시점인 2016년 12월 2일에는 구 지방세특례제한법 제85조의2 제1항에 따라 50% 감면으로 규정되어 있었습니다.
지방세기본법 제34조 제1항 제1호: 과세물건을 취득하는 때에 지방세를 납부할 의무가 성립한다고 규정하고 있어, 세금 부과 시점의 법령 적용 원칙의 근거가 됩니다. 원고의 경우 2016년 12월 2일 토지 취득 시점에 납세의무가 성립했다고 판단되었습니다.
지방세특례제한법 부칙(2014. 12. 31. 개정) 제14조 (일반적 경과조치): '이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다'는 조항이 있습니다. 원고는 이 조항을 근거로 개정 전 법률에 따른 면제를 주장했으나, 법원은 과세요건이 발생한 이후에나 적용될 여지가 있는 조항이며, 납세의무자의 신뢰 보호 정도에 이르지 않았다고 판단하여 적용하지 않았습니다.
조세법령 개정 시 적용 법리 및 신뢰보호의 원칙: 법원은 조세법령이 개정된 경우, 원칙적으로 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용해야 한다고 설명했습니다. 다만, 납세의무자에게 불리하게 개정된 법령에 특별 경과규정이 있고, 납세의무자가 종전 규정에 따라 조세 감면 등을 신뢰하여 과세요건 충족과 밀접한 원인행위를 함으로써 보호가치 있는 신뢰가 형성된 경우에만 예외적으로 종전 규정을 적용할 수 있다고 보았습니다(대법원 2015두42152 판결 참조). 이 사건에서는 원고가 사업을 착공한 시점이 종전 감면규정 시행 당시였으나, 토지 취득 시점이 일몰기한 이후였고, 공사 착공만으로는 보호가치 있는 신뢰를 형성했다고 보기 어렵다고 판단하여 신뢰보호의 원칙을 적용하지 않았습니다.
조세법률주의 원칙: 조세 감면 요건은 법문대로 엄격하게 해석해야 하며, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않는다는 원칙입니다(대법원 2008두11372 판결 등 참조). 법원은 이 원칙에 따라 원고의 주장을 기각했습니다.
세금 감면 규정은 법 개정 여부와 그 적용 시점을 면밀히 확인해야 합니다. 특히 일몰기한이 정해진 한시적 감면은 기한 내에 취득이 완료되어야 혜택을 받을 수 있습니다. 법이 납세자에게 불리하게 개정되더라도, 원칙적으로 세금 납부 의무가 발생하는 시점의 법령이 적용됩니다. 종전 법령이 적용되려면 납세자가 과거 법령을 믿고 보호가치 있는 신뢰를 형성했다고 볼 만한 특별한 사정이 있어야 합니다. 단순히 사업을 착공하거나 진행하는 것만으로는 세금 감면 규정에 대한 보호가치 있는 신뢰가 형성되었다고 인정되기 어려울 수 있습니다. 과세요건 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위, 즉 실제 취득 행위의 시점이 중요하게 고려됩니다. 사업 계획 변경 가능성, 공사의 진척도, 그리고 부동산 취득 방식(예: 공공시설 무상 귀속) 등 구체적인 상황에 따라 법 적용 여부가 달라질 수 있으므로, 관련 절차 진행 전에 세법 전문가의 조언을 구하는 것이 현명합니다.
