산업단지 조성 사업 법인세 경정청구 거부 취소 판결

원고 A 주식회사가 산업단지 조성을 위해 토지를 취득하고 공사를 완료한 후, 2015년 및 2016년 사업연도 법인세 신고시 산업단지 내 분양완료토지에 대한 업무무관비용 및 지급이자를 법인세법 시행규칙에 따라 추가 납부했습니다. 이후 원고는 해당 토지들이 업무무관자산에 해당하지 않거나 업무무관자산 유예기간의 기산일이 조성공사 완료일로 보아야 한다는 이유로 법인세 환급 경정청구를 하였으나, 피고 동화성세무서장이 이를 일부 거부했습니다. 이에 원고가 제기한 경정청구 거부처분 취소 소송에서 법원은 원고의 주장을 받아들여 피고의 거부처분을 모두 취소하는 판결을 내렸습니다.

관련 당사자

• A 주식회사 (원고): 비철금속 제조 및 판매업 등을 주 목적으로 하는 법인으로, 충청남도 C 산업단지 조성사업의 시행자입니다.
• 동화성세무서장 (피고): A 주식회사의 2015, 2016 사업연도 법인세 경정청구를 일부 거부한 처분청입니다.

분쟁 상황

원고 A 주식회사는 2008년 비철금속 제조 및 판매업을 목적으로 설립된 회사입니다. 2010년 홍성군과 충청남도 C 산업단지 부지 약 416억 원에 양여계약을 체결하고 2011년 시행자 지위를 승계하여 산업단지 조성공사를 시작했으며, 2014년 8월 13일 C 조성공사를 완료했습니다.

원고는 2015년 및 2016년 사업연도 법인세 신고 시 산업단지 내 분양완료토지(이 사건 분양완료토지)에 대해 2011년부터 2015년까지 발생한 업무무관비용 및 지급이자를 법인세법 시행규칙 제27조에 따라 추가로 신고·납부했습니다.

2020년 6월 18일, 원고는 이 사건 직접사용토지 및 이 사건 분양완료토지에 대하여 업무무관자산의 유예기간 기산일이 토지 취득일(2011년 2월)이 아닌 산업단지 조성공사 완료일(2014년 8월)이 되어야 한다는 이유로, 2015년 사업연도 386,042,829원, 2016년 사업연도 561,914,034원, 2017년 사업연도 277,050,215원의 법인세 환급 경정청구를 하였습니다.

피고는 2020년 9월 7일, 이 사건 직접사용토지에 한하여 유예기간 기산일을 산업단지 완공일로 보는 것이 타당하다는 이유로 일부 금액(2015 사업연도 112,078,030원, 2016 사업연도 281,026,710원, 2017 사업연도 277,050,210원)만 환급하고 나머지 환급을 거부하는 처분(이 사건 거부처분)을 내렸습니다. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기했으나 기각되자 본 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

1. C 조성공사가 진행된 2011년부터 2013년까지의 기간 동안 이 사건 분양완료토지를 원고의 업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부
2. 이 사건 분양완료토지가 법인세법 시행규칙에서 정한 '부득이한 사유로 업무에 사용하지 아니한 부동산'에 해당하는지 여부
3. 이 사건 분양토지에 대한 업무무관자산의 유예기간 기산일을 C 조성공사가 완료된 2014년 8월경으로 볼 수 있는지 여부

법원의 판단

피고가 2020년 9월 7일 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 273,964,791원, 2016 사업연도 법인세 280,887,314원의 각 경정청구 거부처분을 모두 취소한다. 소송비용은 피고가 부담한다.

결론

법원은 원고 A 주식회사가 제기한 경정청구 거부처분 취소 소송에서 원고의 청구가 이유 있다고 판단하여, 피고 동화성세무서장의 법인세 경정청구 거부 처분이 위법하다고 보아 이를 취소하였습니다.

연관 법령 및 법리

1. 구 법인세법 제27조 (손금불산입) 및 제28조 (지급이자의 손금불산입): 이 조항들은 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용이나 해당 자산을 취득하거나 보유하고 있는 법인이 지급한 차입금 이자는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니하도록 규정하고 있습니다. 이는 기업의 본업과 무관한 투기적 자산 취득을 통한 세금 회피를 방지하려는 목적을 가집니다.

2. 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목 (업무무관자산의 정의): 이 조항은 '법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산'을 업무무관자산으로 정의합니다. 다만, '기획재정부령이 정하는 기간(유예기간)'이 경과하기 전까지의 기간에 있는 부동산이나 '기획재정부령이 정하는 부득이한 사유'가 있는 부동산은 업무무관자산에서 제외됩니다.

3. 법인세법 시행규칙 제26조 제1항 제3호 및 제2항 (유예기간 및 법인의 업무 정의): 시행규칙은 건축물 또는 시설물 신축용 토지의 유예기간을 취득일부터 5년으로 정하고 있습니다. 또한, '법인의 업무'는 '법령에서 업무를 정한 경우 그 법령에 규정된 업무' 또는 '법인등기부상의 목적사업으로 정하여진 업무'를 의미한다고 규정합니다. 이 사건에서는 원고가 산업입지법에 따라 산업단지 개발을 수행했으므로, 법령에 규정된 업무에 해당하는지 여부가 쟁점이 되었습니다. 법원은 특별법에 따라 설립된 법인 등에게 적용되는 조항을 일반 법인에 그대로 적용하기는 어렵다고 보았습니다.

4. 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제22호 (부득이한 사유의 범위): 이 조항은 행정청이 아닌 도시개발사업 시행자가 도시개발법에 따라 실시계획인가를 받아 분양을 조건으로 조성하고 있는 토지 등을 '업무와 관련이 없는 부동산에서 제외되는 부득이한 사유가 있는 부동산'으로 규정합니다. 본 사건에서는 원고가 산업입지법에 따라 사업시행자로 지정되어 산업단지를 조성한 것이 도시개발법상 도시개발사업으로 의제될 수 있다는 점이 중요한 판단 근거가 되었습니다. 즉, 인허가 절차와 개발사업의 특수성을 고려하여 원고가 토지를 취득했음에도 즉시 업무에 사용할 수 없었던 것은 부득이한 사유로 인정된 것입니다.

5. 법인세법 시행규칙 제26조 제6항 및 구 소득세법 시행령 제162조 (취득시기 및 유예기간 기산일): 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호를 적용할 때 부동산의 취득시기는 구 소득세법 시행령 제162조를 준용하도록 합니다. 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제8호는 완성 또는 확정되지 않은 자산을 취득한 경우, 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 않았다면 '목적물이 완성 또는 확정된 날'을 취득시기로 보도록 규정합니다. 본 사건에서 법원은 원고가 미완성의 산업시설용지를 취득하여 조성공사를 진행했으므로, C 조성공사가 완료된 2014년 8월경부터 유예기간이 시작된다고 판단했습니다.

6. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제21조 제1항 제1호 (인허가 의제): 이 조항은 일반산업단지의 사업시행자가 산업입지법 제18조에 따라 일반산업단지개발 실시계획 승인을 받는 경우, 도시개발법에 따른 사업시행자의 지정 및 실시계획 인가가 있는 것으로 의제된다고 규정합니다. 이러한 법적 의제 조항은 원고의 산업단지 조성사업이 법인세법상 '부득이한 사유'에 해당하는 중요한 근거가 되었습니다.

참고 사항

1. 산업단지 조성과 같이 대규모 개발사업을 진행하는 법인은 토지 취득 시점과 실제 사용 가능 시점의 차이로 인해 발생하는 법인세법상 업무무관자산 판단 기준에 유의해야 합니다.
2. 특히, '업무무관자산 유예기간 기산일'을 언제로 볼 것인지가 중요한 쟁점이 될 수 있으므로, 관련 법령 및 기존 판례를 면밀히 검토하고 유사 사례를 참고해야 합니다.
3. 법령상 '부득이한 사유'로 업무에 직접 사용하지 못한 부동산에 해당하는지 여부가 법인세 손금 산입 여부에 결정적인 영향을 미칠 수 있습니다. 이 경우 사업의 특성과 법령에 따른 인허가 및 개발 절차를 상세히 소명할 준비가 필요합니다.
4. 동일한 산업단지 내 토지라도 직접사용 토지와 분양 토지의 세무상 취급이 일관성을 가져야 한다는 점이 이번 판결에서 강조되었습니다. 세무서가 일부 토지에 대해서만 특정 기준을 적용하고 다른 토지에 대해서는 달리 판단하는 경우, 이러한 불합리성을 지적하고 이의를 제기할 수 있습니다.