신주인수권부사채 이자소득 종합소득세 부과 취소 사건

원고 A는 자신이 대표이사이자 대주주로 있는 회사의 신주인수권부사채와 신주인수권을 취득한 후, 사채를 조기 상환받고 이자소득을 신고하였습니다. 이후 세무조사 과정에서 신주인수권의 취득가액이 조정되면서 사채의 취득가액도 변경되었고, 피고인 강남세무서장은 조기 상환 금액 중 특정 부분을 추가적인 이자소득으로 보아 원고에게 종합소득세를 부과했습니다. 그러나 법원은 피고가 세금 부과 전 납세자에게 의무적으로 통지해야 하는 과세예고통지를 누락한 절차적 하자가 있다고 판단하여 해당 종합소득세 부과처분을 취소하였습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 주식회사 C과 B의 대표이사이며, C 발행 주식의 35%를 보유한 대주주입니다.
• 피고 강남세무서장: 원고에게 2017년 귀속 종합소득세 1,653,453,720원(가산세 포함)을 부과한 세무 당국입니다.
• 주식회사 C: 원고가 대표이사이자 대주주로 있는 지주회사이며, 본 사건의 신주인수권부사채를 발행한 회사입니다.
• 주식회사 B: C의 자회사로, 건축내장재 제조 및 판매업을 하는 회사입니다.
• D: C이 발행한 신주인수권부사채를 최초로 인수한 회사입니다.
• E: 원고로부터 이 사건 신주인수권을 양수한 회사입니다.

분쟁 상황

원고 A는 2017년 3월 2일, D로부터 주식회사 C이 발행한 권면액 총 150억 원의 사채와 신주인수권을 160억 5천만원에 일괄 취득했습니다. 이후 원고는 2017년 5월부터 9월까지 C에 사채의 조기상환을 청구하여 원금 150억 원과 보장수익 2억 7천여만원을 포함한 총 152억 7천여만원을 수령하였고, 2018년 5월 31일 2017년 귀속 종합소득세 신고 시 이 이자소득을 2억 7천여만원으로 신고했습니다. 한편, 2017년 12월 27일 원고는 신주인수권을 E에 양도하며 양도소득세를 신고했습니다.

2019년 서울지방국세청은 원고에 대한 세무조사를 실시하여 신주인수권의 취득가액을 37억 2천여만원으로 경정하였고, 이에 따라 이 사건 사채의 취득가액은 123억 2천여만원으로 산정되었습니다. 이후 피고 강남세무서장은 2023년 3월 원고에 대한 서면확인을 실시했고, 원고가 조기상환으로 받은 금액 중 이 사건 사채의 취득가액과 권면액의 차액인 26억 7천여만원을 이자소득으로 보아, 부과제척기간 만료일 약 50여일 전인 2023년 4월 6일 원고에게 2017년 귀속 종합소득세 16억 5천여만원을 경정·고지하였습니다. 원고는 이 과정에서 피고가 세금 부과 전 의무적으로 보내야 할 과세예고통지를 받지 못했다며 과세처분의 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

피고 강남세무서장이 원고에게 종합소득세를 부과하면서 국세기본법에 따른 과세예고통지를 누락한 절차적 위법이 있는지 여부가 이 사건의 핵심 쟁점입니다.

법원의 판단

서울행정법원은 2026년 1월 15일, 피고 강남세무서장이 2023년 4월 6일 원고 A에게 한 2017년 귀속 종합소득세 1,653,453,720원(가산세 포함) 부과처분을 취소한다고 판결하였습니다. 소송비용은 피고가 부담하도록 결정되었습니다.

결론

법원은 과세관청이 납세자의 예측 가능성과 방어권을 보장하기 위해 세금 부과 전에 과세예고통지를 해야 하는 절차를 준수하지 않았다고 보았습니다. 이로 인해 부과처분 자체에 절차적 하자가 발생하여, 실제 세금 부과 내용의 정당성 여부와 관계없이 위법한 처분으로 판단되어 취소되었습니다. 이는 세금 부과 과정에서의 적법한 절차 준수가 매우 중요함을 보여주는 사례입니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 과세관청이 세금을 부과하는 과정에서 지켜야 할 절차적 의무에 대한 중요성을 강조합니다.

• 국세기본법 제81조의15 제1항(과세예고 통지)​: 이 조항은 세무서장이 납세자에게 세금을 부과하기 전에 그 내용을 미리 통지하고 소명을 요구해야 한다고 명시하고 있습니다. 즉, 과세관청은 납세자에게 예상되는 세금 부과 내용과 그 근거를 알리고, 납세자가 이에 대해 의견을 제시하거나 필요한 자료를 제출할 기회를 주어야 합니다. 이는 납세자의 예측 가능성과 방어권을 보장하기 위한 핵심적인 절차입니다.
• 국세기본법 제81조의15 제3항(과세예고 통지 생략 예외)​: 이 조항은 과세예고 통지를 생략할 수 있는 특정한 예외 사유들을 규정하고 있습니다. 그러나 이 사건에서는 해당 예외 사유에 해당하지 않는다고 판단되었습니다. 즉, 법원은 세금 부과 과정에서 특별한 사유가 없는 한 과세예고통지를 생략할 수 없으며, 이를 어긴 과세처분은 절차적 위법이 있다고 보았습니다.

법원은 과세예고통지 제도가 납세자가 부과처분 이전에 그 내용을 미리 알고 과세관청에 의견을 진술하고 필요한 자료를 제출하여 자신의 권익을 보호하고 불필요한 불복을 방지하기 위한 것이라고 보았습니다. 따라서 이러한 절차를 지키지 않은 과세처분은 원칙적으로 위법하여 취소되어야 한다고 판시하였습니다. 본 판결은 세금 부과 처분에서 실체적 정당성 외에 절차적 적법성 역시 중요한 요건임을 다시 한번 확인시켜 줍니다.

참고 사항

세금 부과 처분과 관련하여 다음 사항들을 유의해야 합니다.

1. 과세예고통지 확인: 국세청으로부터 세금 부과 처분을 받기 전에는 반드시 과세예고통지를 받아 자신이 소명할 기회를 가질 수 있는지 확인해야 합니다. 만약 이러한 통지 없이 최종 과세 처분이 이루어졌다면, 이는 절차적 하자에 해당할 수 있습니다.
2. 증빙 자료 철저히 보관: 금융 거래 내역, 계약서, 세금 신고 서류 등 모든 관련 증빙 자료를 정확하게 보관하여 향후 세무조사나 분쟁 발생 시 자신의 주장을 뒷받침할 수 있도록 해야 합니다.
3. 세무조사 대응: 세무조사 또는 과세예고통지를 받게 되면, 해당 내용을 면밀히 검토하고 필요한 소명 자료를 기한 내에 제출하여 자신의 입장을 명확히 전달하는 것이 중요합니다.
4. 법률 전문가와 상담: 복잡한 세금 문제는 법률 전문가나 세무 전문가의 도움을 받아 정확한 법적 판단과 대응 전략을 수립하는 것이 유리합니다.