중소기업 기술개발 지원사업 참여 제한 및 출연금 환수 취소 사건

원고 A 주식회사는 정부 지원을 받아 기술개발 과제를 수행하던 중, 과제 관리기관으로부터 사업비 일부가 부당하게 집행되었다는 이유로 정산금을 납부하라는 통보를 받았습니다. 이후 원고가 정산금을 납부하지 않자 피고 중소기업기술정보진흥원장은 원고에게 중소기업 기술개발 지원사업 참여를 2년간 제한하고 정부 출연금 198,005,000원을 환수하라는 처분을 내렸습니다. 원고는 이러한 처분이 부당하다며 행정심판을 거쳐 소송을 제기했고, 법원은 관리기관이 부당 집행으로 본 사업비 중 상당 부분(191,000,000원)이 실제로는 정당하게 사용되었음을 인정하여, 피고의 참여 제한 및 환수 처분이 위법하다고 판단하고 이를 모두 취소했습니다.

관련 당사자

• 원고 A 주식회사: '천연펄프 습강지를 사용한 천연멀칭 필름과 멀칭필름 코터 개발' 과제를 수행한 중소기업
• 피고 중소기업기술정보진흥원장: 중소기업 기술개발 지원사업의 전문기관장으로 원고에게 사업 참여 제한 및 출연금 환수 처분을 내린 기관장
• 대구·경북지방중소벤처기업청(관리기관): 원고의 기술개발 과제 사업비 정산을 담당한 기관

분쟁 상황

원고 A 주식회사는 2015년 중소기업 기술혁신개발사업에 선정되어 2015. 11. 19. 피고 중소기업기술정보진흥원장과 '천연펄프 습강지를 사용한 천연멀칭 필름과 멀칭필름 코터 개발' 과제 수행 협약을 체결하고 정부출연금 4억 2천만 원을 지원받았습니다. 과제 관리기관인 대구·경북지방중소벤처기업청은 2019. 3. 현장점검을 실시하여 사업비 238,599,596원을 불인정하는 1차 정산 결과를 통보했고, 원고의 이의신청 후 2019. 6. 24. 최종적으로 사업비 213,599,596원을 불인정하며 정산금 납부를 안내했습니다. 과제 최종평가는 2019. 10. 11. 실패 판정을 받았으나, 원고의 이의신청으로 2021. 10. 7. 최종 성공 판정을 받았습니다. 원고가 이 정산금을 납부하지 않자 피고는 제재조치위원회의 심의를 거쳐 2023. 7. 13. 구 중소기업 기술혁신 촉진법 등에 따라 원고에게 2년(2023. 8. 7. ~ 2025. 8. 6.)간 중소기업기술개발 지원사업 참여 제한 및 출연금 198,005,000원 환수 처분을 통지했습니다. 원고가 이에 이의신청을 했으나 피고는 2023. 9. 1. 이를 기각하고 참여 제한 기간을 2년(2023. 10. 2. ~ 2025. 10. 1.)으로 변경하여 환수금 198,005,000원을 즉시 납부하라는 처분(재처분)을 다시 통지했습니다. 원고는 2023. 12. 1. 이 재처분에 대해 행정심판을 청구했으나 기각되었고, 2024. 4. 30. 법원에 이 재처분 취소 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 과제 관리기관이 사업비 불인정 및 정산금 납부를 통보한 행위가 행정처분으로 간주되어 원고가 더 이상 그 타당성을 다툴 수 없는지 여부입니다. 둘째, 원고가 집행한 사업비 중 관리기관이 불인정한 부분이 실제로 부당하게 사용된 것인지, 즉 참여 제한 및 환수 처분의 원인이 되는 사실이 존재하는지 여부입니다. 셋째, 만약 처분 사유가 일부 인정되더라도, 사업 참여 제한과 거액의 출연금 환수 처분이 행정청의 재량권을 일탈하거나 남용한 것으로 볼 수 있는지 여부입니다.

법원의 판단

피고가 2023. 9. 1. 원고에게 한 중소기업기술개발 지원사업 참여 제한 및 출연금 198,005,000원의 환수 처분을 모두 취소한다. 소송비용은 피고가 부담한다.

결론

법원은 관리기관의 정산금 통보가 행정청의 우월적 지위에서 행해진 공권력의 행사가 아닌 공법상 계약에 근거한 반환 최고에 불과하므로, 행정처분에 해당하지 않아 원고가 이 사건 소송에서 정산금 자체의 타당성을 다툴 수 있다고 판단했습니다. 또한 피고가 부당 집행으로 본 사업비 213,599,596원 중 191,000,000원에 해당하는 부분이 사실은 정당하게 사용된 것으로 인정되어, 원고가 정당한 사유 없이 정산금을 납부하지 않은 경우에 해당한다고 볼 수 없어 처분 사유가 존재하지 않는다고 보았습니다. 따라서 처분 사유를 오인한 상태에서 이루어진 이 사건 각 처분은 재량권을 일탈·남용한 것으로 위법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 구 중소기업 기술혁신 촉진법(2017. 3. 21. 법률 제14683호로 개정되기 전의 것)과 그 시행령 및 관련 운영요령, 관리지침에 근거하여 판단되었습니다. 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다. 첫째, 구 중소기업기술혁신법 제31조 제1항 제9호는 중소기업청장이 체결한 협약을 위반한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 5년 이내의 범위에서 기술혁신 지원사업 참여를 제한할 수 있도록 합니다. 같은 법 시행령 제20조 제1항 제2호는 '사업비 정산금이나 환수명령을 받은 출연금을 정당한 사유 없이 납부하지 아니하는 경우'를 협약 위반의 한 유형으로 규정합니다. 또한, 구 중소기업기술혁신법 제32조 제1항은 이러한 경우 출연한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있도록 합니다. 둘째, '중소기업기술개발 지원사업 운영요령' 제26조는 사업비 사용 실적 보고 및 정산에 대해 규정하며, 제30조 제1항 제10호는 정당한 사유 없이 정산금 등을 납부하지 않는 경우 참여 제한 및 출연금 환수가 가능하다고 명시합니다. 셋째, 행정법상 '불가쟁력'의 원칙과 관련하여, 법원은 관리기관의 정산금 통보가 행정청이 우월적 지위에서 일방적으로 행하는 공권력의 행사가 아닌 '공법상 계약'에 근거한 정산금 반환 최고에 불과하므로, 행정처분으로 볼 수 없고 불가쟁력도 발생하지 않는다고 판단했습니다. 이는 원고가 정산금 자체의 타당성을 다툴 수 있는 근거가 됩니다(대법원 2024. 11. 14. 선고 2024두39516 판결 참조). 넷째, 행정청의 처분이 재량권 일탈·남용에 해당하는지 판단함에 있어, 처분 사유가 되는 중요한 사실을 오인하여 처분을 내린 경우 해당 처분은 위법하다고 보는 법리가 적용되었습니다. 이 사건에서는 피고가 실제로는 정당하게 집행된 사업비를 부당 집행으로 오인했으므로, 처분의 위법성이 인정되었습니다.

참고 사항

정부 지원을 받는 기술개발 사업의 경우, 사업비 집행의 투명성을 확보하고 모든 지출에 대한 증빙 서류를 철저히 갖추는 것이 매우 중요합니다. 사업계획서와 실제 집행 내용에 차이가 발생하더라도, 그 지출이 과제 목표 달성에 필수적이며 최종적으로 과제가 성공했다면, 관계 규정(예: 사업비 이월 또는 비목 간 전용)에 따라 탄력적인 운용이 인정될 여지가 있습니다. 관리기관의 정산금 납부 통보가 반드시 행정처분으로 간주되는 것은 아니며, 협약에 근거한 반환 최고일 경우 나중에 내려지는 제재 처분(참여 제한, 환수)에 대한 소송에서 정산금 자체의 타당성을 다툴 수 있습니다. 또한, 행정기관의 처분이 중요한 사실을 오인하여 이루어졌다면, 이는 재량권 일탈·남용에 해당하여 위법한 처분으로 취소될 수 있으므로, 부당하다고 판단되는 정산금 산정에 대해서는 적극적으로 증거를 제시하며 다투고, 이의신청 절차를 포함한 행정심판 및 행정소송을 통해 권리를 구제받을 수 있습니다.