건물 신축 후 시행사 운영비 취득세 부과 취소 판결

N 주식회사가 건물을 신축하고 취득세를 신고·납부했으나, 서울특별시 금천구청장이 시행사 운영비 28억 5,000만 원을 취득세 과세표준에서 누락했다며 추가 세금을 부과했습니다. N 주식회사는 이 운영비가 건물의 취득과 무관하거나 일부만 관련되어 과세표준에 포함될 수 없다고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기했고, 법원은 과세관청이 시행사 운영비가 건물의 취득과 관련된 비용임을 충분히 증명하지 못했다는 이유로 N 주식회사의 손을 들어주며 부과처분을 취소했습니다.

관련 당사자

• N 주식회사 (원고): 신탁회사로서, E 주식회사로부터 토지를 신탁받아 공동주택, 오피스텔, 상업시설이 갖추어진 건물을 신축하고 분양하는 사업을 진행했습니다.
• 서울특별시 금천구청장 (피고): N 주식회사에 대해 취득세 등 부과처분을 한 과세관청입니다.
• E 주식회사: 부동산 개발 및 시행을 목적으로 하는 회사이자, N 주식회사에 토지를 신탁한 위탁자 및 이 사건 사업의 시행사입니다.

분쟁 상황

1. E 주식회사는 부동산 개발 사업을 위해 2016년 4월 28일 N 주식회사에 토지를 신탁하는 관리형 토지신탁계약을 체결했습니다. 이 계약에 따라 N 주식회사는 대외적으로 사업 주체가 되었고, E 주식회사는 인허가, 자금 조달, 민원 처리, 분양 업무 등 사업 관련 일체의 업무를 맡았습니다.
2. N 주식회사는 2019년 11월 28일 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받았고, 같은 해 12월 9일 소유권보존등기를 마친 후 원시취득을 원인으로 취득세 등 168,516,850,727원을 신고·납부했습니다.
3. 이후 N 주식회사는 2021년 2월 15일 취득세 등이 과다 신고되었다며 신탁보수료 등 일부 비용을 과세표준에서 제외해달라고 감액 경정을 청구했고, 금천구청장은 이를 일부 인용하여 세금을 환급해 주었습니다.
4. 그러나 금천구청장은 2021년 6월 2일, N 주식회사가 E 주식회사에 2016년 4월부터 2019년 12월까지 운영비 명목으로 지급한 28억 5,000만 원이 취득세 과세표준에 포함되어야 하는데 누락되었다며, 이에 대한 취득세 등을 추가로 부과했습니다(이 사건 처분).
5. N 주식회사는 이 추가 부과 처분이 부당하다고 주장하며 취소 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

신탁회사가 시행사에 지급한 '시행사 운영비'가 신축 건물의 취득세 과세표준에 포함되는지 여부와, 이에 대한 증명책임이 누구에게 있는지 여부입니다.

법원의 판단

서울특별시 금천구청장이 2021년 6월 2일 N 주식회사에 부과한 취득세 등 처분을 모두 취소한다. 소송비용은 피고가 부담한다.

결론

법원은 피고인 금천구청장이 제출한 증거만으로는 시행사 운영비 총액 28억 5,000만 원이 신축 건물의 취득세 과세표준에 포함된다고 단정하기 어렵다고 판단했습니다. 취득세 과세표준에 포함되는 비용은 해당 물건의 취득과 직접 또는 간접적으로 관련된 비용이어야 하는데, 시행사 운영비는 건물의 건축뿐 아니라 분양 등 다른 사업 활동에도 사용될 수 있으므로, 과세관청이 구체적인 사용내역을 통해 해당 비용이 건물의 취득과 관련되어 있음을 증명해야 한다고 보았습니다. 피고가 이를 충분히 증명하지 못했기에, 부과처분은 위법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

1. 취득세 과세표준 (구 지방세법 제10조 제5항 제3호 및 제7항, 구 지방세법 시행령 제18조 제1항)​: 법인 장부에 의해 취득가격이 증명되는 경우 '사실상의 취득가액'에 따르며, 이는 취득시기를 기준으로 해당 물건을 취득하기 위해 거래 상대방이나 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 '직접비용'과 '간접비용'의 합계액을 말합니다.
2. 취득가격의 범위: 과세대상 물건 자체의 가격(직접비용)뿐만 아니라, 취득자금 이자, 설계비와 같이 해당 물건 자체의 가격으로 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차 비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로 포함됩니다. 그러나 취득 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 비용은 과세표준에 포함되지 않습니다. 예를 들어, 건축물 건축 비용은 취득가격에 포함되지만, 건축물의 분양 비용은 포함되지 않습니다. 건축물의 신축 인허가, 자금 대출 자문, 사업성 검토 등 신축에 필요불가결한 준비 행위의 대가로 지급된 컨설팅 용역비는 건축물의 취득가격에 포함될 수 있습니다.
3. 증명책임: 과세처분의 위법을 이유로 취소를 구하는 행정소송에서, 과세원인이나 과세표준 등 과세요건이 되는 사실의 존재에 대해서는 원칙적으로 과세관청(세금 부과 주체)이 증명할 책임이 있습니다. 본 사건에서 금천구청장은 N 주식회사가 지급한 시행사 운영비가 건물 취득과 관련된 비용임을 구체적으로 증명하지 못했기 때문에, 법원은 과세관청의 증명책임을 다하지 못했다고 판단했습니다.

참고 사항

부동산 개발 사업에서 시행사에게 지급하는 운영비는 그 용도를 명확히 구분하여 기록해야 합니다. 건물의 취득과 관련된 비용과 분양 등 다른 사업 활동과 관련된 비용을 정확히 분류해야 취득세 과세표준 산정 시 불필요한 분쟁을 피할 수 있습니다. 과세관청은 납세의무자가 신고한 취득세 과세표준에 누락된 부분이 있다고 주장할 경우, 해당 비용이 과세대상 물건의 취득에 관련된 비용임을 구체적으로 증명할 책임이 있습니다. 납세자는 취득세 관련 비용 지출 시 상세한 증빙 자료(계약서, 지출 내역, 용역 보고서 등)를 철저히 보관하여, 향후 과세관청의 문제 제기에 대비해야 합니다. 특히 시행사 운영비와 같이 포괄적인 명목의 비용은 그 사용처를 구체적으로 입증할 수 있는 자료가 중요합니다.