세금 · 행정
서울주택도시공사가 공공주택 사업을 진행하며 서초구 내곡동 일대 사업부지 중 일부 토지(이 사건 토지)를 국가 등으로부터 무상으로 취득했습니다. 공사는 이 토지에 대한 취득세를 신고 납부한 후, 해당 토지가 지방세특례제한법에 따라 취득세가 면제되어야 한다며 서초구청장에게 경정청구를 했습니다. 서초구청장은 이를 거부했고, 공사는 이에 불복하여 조세심판원을 거쳐 최종적으로 취득세 등 경정청구 거부처분 취소 소송을 제기했습니다. 법원은 서울주택도시공사의 주장을 모두 기각하며 취득세 부과 처분이 적법하다고 판단했습니다.
서울주택도시공사는 서울 서초구 일대에 공공주택지구를 조성하는 사업을 시행했습니다. 사업 과정에서 공공시설 설치 후 국가 등에 귀속되는 시설과 기존 공공시설의 용도 폐지로 인해 공사에게 무상 귀속되는 토지들이 발생했습니다. 서울주택도시공사는 이 중 서울 서초구 내곡동 일대 89필지 토지 37,716.72㎡를 국가 등으로부터 무상으로 취득했습니다. 공사는 이 토지에 대해 지방세법에 따라 취득세 등 총 3,961,140,350원을 신고·납부했으나, 곧바로 이 토지가 지방세특례제한법 제73조의2 제1항에 따라 취득세가 면제되어야 한다고 주장하며 경정청구를 제기했습니다. 피고인 서초구청장은 이 경정청구를 거부했고, 이에 공사는 조세심판청구를 거쳐 행정소송을 제기하게 되었습니다. 조세심판원은 일부 토지의 과세표준을 재조사하여 취득세 등을 경정하도록 결정했으나, 취득세 면제 주장은 받아들이지 않았습니다. 이에 공사는 최종적으로 경정청구 거부처분을 취소해달라는 소송을 제기했습니다.
이 사건의 핵심 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 서울주택도시공사가 공공시설을 국가 등에 귀속시키는 반대급부로 취득한 토지가 지방세특례제한법 제73조의2 제1항에 따른 취득세 면제 대상에 해당하는지 여부. 둘째, 이 사건 토지가 취득 당시 국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정되어 지방세법상 비과세 대상에 해당하는지 여부. 셋째, 구 서울특별시 시세 감면 조례에 따른 신뢰보호 원칙이 적용되어 취득세가 면제되어야 하는지 여부. 넷째, 취득세 과세표준 산정 시점을 준공일(2020년 8월 5일)로 하는 것이 적법한지 여부입니다.
원고의 청구를 기각합니다. 소송 비용은 원고가 부담합니다.
법원은 서울주택도시공사의 모든 주장을 받아들이지 않았습니다.
첫째, 지방세특례제한법 제73조의2 제1항은 '국가 등에 귀속 등을 조건으로 취득하는 부동산'에 대한 면세 규정이며, 이는 '국가 등에 귀속 등을 조건으로 취득한 부동산'이 반대급부를 받은 경우 과세되는 취득세를 일정 기한까지 면제해주는 특례 조항으로 해석했습니다. 법원은 원고가 취득한 이 사건 토지는 '반대급부로 취득한 부동산'이지, '국가 등에 귀속 등을 조건으로 취득하는 부동산'이 아니므로, 해당 면세 규정이 적용될 수 없다고 판단했습니다. 조세 법률주의 원칙상 법률 규정을 확장 해석하는 것은 허용되지 않는다는 점을 강조했습니다.
둘째, 원고가 제출한 자료만으로는 이 사건 토지를 취득할 당시 해당 토지가 국가 등에 귀속되는 것이 사실상 확정되었다고 인정하기 어렵다고 보았습니다. 지구계획 승인 고시 내용만으로도 국가 등 귀속이 예정되었다고 보기 어렵고, 지번의 복잡한 변화 등으로 볼 때 처음부터 국가 등에 귀속이 예정되었다고 단정하기 어렵다고 판단했습니다. 비과세 요건에 대한 증명 책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다고 명시했습니다.
셋째, 원고의 신뢰보호 원칙 주장에 대해서는 이 사건 토지의 실제 취득일(2020년 8월 6일)과 10년 이상 차이가 나는 관련 협의 등을 취득과 밀접한 원인 행위로 보기 어렵다고 판단했습니다. 또한, 구 서울특별시 시세 감면 조례는 2012년 12월 31일까지 한시적으로 효력을 가졌으므로, 원고의 취득세 면제에 대한 신뢰는 단순한 기대에 불과하다고 보아 신뢰보호 원칙을 적용할 수 없다고 판단했습니다.
넷째, 취득세 과세표준 산정 시점에 대해서는 공공주택 특별법 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 규정에 따라 공공시설의 준공검사를 마치고 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지한 날(2020년 8월 6일)이 취득일이므로, 취득 당시의 가액인 준공일 기준으로 과세표준을 산정하는 것이 적법하다고 판단했습니다.
이 사건에서는 주로 지방세 관련 법령과 조세법의 기본 원칙들이 적용되었습니다.
1. 지방세법 제9조 제2항 (구 지방세법 제106조 제2항): 국가 등에 귀속 등을 조건으로 취득하는 부동산의 비과세
이 조항은 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 '국가 등')에 귀속되거나 기부채납될 것을 조건으로 부동산을 취득하는 경우 취득세를 부과하지 않는다고 규정하고 있습니다. 이는 해당 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치로 보아, 국가 등이 직접 취득하는 것과 동일하게 평가하여 취득세를 비과세하겠다는 취지입니다. 그러나 이 조항의 단서에서는 '국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유한 부동산을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우'에는 그 해당 부분에 대해 취득세를 부과할 수 있다고 규정합니다. 법원은 이 규정이 사업시행자가 반대급부로서 취득하는 기존 공공시설에 대한 취득세 과세를 면제하는 의미로 해석될 수는 없다고 보았습니다.
2. 지방세특례제한법 제73조의2 제1항 (구 지방세특례제한법 제73조의2 제1항): 국가 등에 귀속·기부채납하는 부동산의 반대급부로 취득하는 부동산의 취득세 면제
이 조항은 위 지방세법 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 '국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건'으로 취득하는 부동산에 대해 일정 기간(2020년 12월 31일까지) 취득세를 면제한다고 규정합니다. 법원은 이 조항을 지방세법 제9조 제2항 단서가 적용되어 '국가 등에 귀속 등을 조건으로 취득하는 부동산'에 대해 취득세가 부과되는 경우, 해당 부동산에 대한 취득세를 일정 시한까지 감면하는 특례 규정으로 해석했습니다. 즉, '국가 등에 귀속 등을 조건으로 취득한 부동산'이 반대급부를 받은 경우 취득세를 감면해주는 규정이지, 반대급부로 취득한 토지 자체에 대한 면제 규정은 아니라고 판단했습니다.
3. 조세법률주의와 신뢰보호 원칙
조세법률주의 원칙에 따라 조세에 관한 법률 규정은 과세요건, 비과세요건, 조세감면요건을 막론하고 법문대로 해석해야 하며, 합리적인 이유 없이 확장하거나 유추하여 해석하는 것은 허용되지 않습니다. 또한, 신뢰보호 원칙은 국가의 일정한 언동에 대한 국민의 신뢰가 보호할 가치가 있을 때 적용되지만, 한시적으로 효력을 가지는 조례나 규정에 대한 단순한 기대는 보호받기 어렵다고 보았습니다.
4. 취득세 과세표준 산정 시점
지방세법 제10조 제1항은 취득세 과세표준을 취득 당시의 가액으로 한다고 규정합니다. 공공주택 특별법 제29조와 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제65조 제5항은 공공주택사업자가 공공시설을 새로 설치하거나 대체 시설을 설치한 경우, 개발행위가 끝나 준공검사를 마치고 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지한 날에 해당 시설이 관리청과 개발행위허가를 받은 자에게 각각 귀속된 것으로 본다고 명시하고 있습니다. 따라서 이 사건에서는 준공검사 후 통지일인 2020년 8월 6일을 기준으로 취득세 과세표준을 산정하는 것이 적법하다고 판단되었습니다.
비슷한 상황에서 공공사업을 수행하는 기관이나 사업자가 부동산을 취득할 때는 세금 감면 규정의 적용 요건을 매우 면밀하게 검토해야 합니다. 특히 세법 규정은 과세요건뿐만 아니라 비과세 및 감면 요건도 엄격하게 해석되므로, 법문의 취지나 적용 대상에 대한 정확한 이해가 필수적입니다.
'국가 등에 귀속 등을 조건으로 취득하는 부동산'과 '그 반대급부로 취득하는 부동산'은 법률적으로 다른 개념이며, 세금 감면 적용 여부가 달라질 수 있음을 유의해야 합니다. 자신이 취득한 부동산이 어떤 법조항의 적용 대상인지 명확히 파악해야 합니다.
또한, 세금 감면 조항이 한시적으로 운영될 경우, 해당 조항의 효력 기간과 실제 부동산 취득 시점을 반드시 확인해야 합니다. 과거의 조례나 규정에 대한 단순한 기대만으로는 법적인 신뢰보호 주장이 받아들여지기 어려울 수 있습니다.
취득세의 과세표준 산정 시점은 부동산의 취득 시점과 관련 법률(예: 공공주택 특별법, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률)에서 정하는 바에 따라 결정되므로, 사업의 진행 단계별 법적 취득 시점을 명확히 인지하고 있어야 합니다.
