지방공사의 에너지사업 관리용역 부가가치세 부과 취소 사건

서울특별시가 전액 출자한 지방공사 A공사가 서울특별시로부터 위탁받은 집단에너지사업 관리 업무(D사업)에 대해 양천세무서장이 약 2,258억 원의 부가가치세를 부과하자 A공사가 이에 불복하여 소송을 제기한 사건입니다. 법원은 A공사의 집단에너지사업 관리 업무가 부가가치세 면제 대상이 아니며 사업비 전체가 과세표준에 포함된다고 보았습니다. 다만 법원은 A공사가 적법하게 과세사업자로 등록한 이후의 매입세액임에도 불구하고 양천세무서장이 이를 공제하지 않고 부가가치세를 부과한 것은 위법하다고 판단했습니다. 결과적으로 양천세무서장의 부가가치세 부과 처분 전체를 취소하라는 판결이 내려졌고 서울지방국세청장에 대한 소는 제소기간 도과로 각하되었습니다.

관련 당사자

• 원고 A공사 (변경 전 상호: B공사): 서울특별시가 전액 출자한 지방공사로 택지개발, 주택건설·공급·관리 및 집단에너지사업 관리 업무를 수행함
• 피고 양천세무서장: A공사에 부가가치세 부과 처분을 한 세무서의 장
• 피고 서울지방국세청장: A공사에 대한 세무조사를 실시하고 재조사 결과를 통지한 기관의 장
• 서울특별시: 집단에너지사업의 시행 주체로 A공사에 관련 업무를 위탁하고 사업비를 지급함

분쟁 상황

서울특별시가 전액 출자한 지방공사 A공사는 2002년 1월 1일부터 서울 강서구 및 노원구 등에서 집단에너지사업(D사업) 관리 업무를 서울특별시로부터 위탁받아 수행했습니다. A공사는 이 업무를 면세사업으로 보고 위탁수수료 부분만 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고해왔습니다. 그러나 2013년 서울지방국세청장은 A공사가 2006년 제1기부터 2012년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 위탁수수료를 제외한 사업비 약 1조 2천8백억 원 상당을 부가가치세 과세표준에서 누락했다고 보았습니다. 이에 따라 양천세무서장은 A공사에게 2006년부터 2012년까지의 부가가치세 합계 225,880,034,450원을 부과 고지했고 A공사는 이에 불복하여 조세심판을 거쳐 최종적으로 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

집단에너지사업 관리 용역에 대한 사업비 전체가 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부, 해당 용역이 부가가치세 면제 대상인 공익 목적 단체의 사업에 해당하는지 여부, 용역 관련 매입세액이 사업자등록 전 매입세액에 해당하여 공제 대상에서 제외되는지 여부, 과세관청의 과거 처분 및 면세사업자 등록증 교부가 신의성실의 원칙 위반에 해당하는지 여부, 세무조사 결과통지 취소 소송의 제소기간 준수 여부

법원의 판단

피고 서울지방국세청장에 대한 소는 제소기간 90일이 지났으므로 각하한다. 피고 양천세무서장이 2013년 6월 10일 및 2013년 10월 21일 원고 A공사에 대하여 한 총 225,880,034,450원의 부가가치세 부과 처분을 모두 취소한다. 소송비용 중 원고와 피고 양천세무서장 사이에 발생한 부분은 피고 양천세무서장이 부담하고 원고와 피고 서울지방국세청장 사이에 발생한 부분은 원고가 부담한다.

결론

법원은 A공사가 서울특별시로부터 위탁받은 집단에너지사업 관리 용역의 사업비 전체가 부가가치세 과세 대상이 되는 용역의 대가에 해당하고 A공사가 부가가치세 면제 대상인 '비영리법인' 또는 '고유 사업 목적을 위한 실비/무상 공급'에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 또한 과거의 환급 결정이나 면세사업자 등록증 교부가 신의성실의 원칙 위반에 해당하지 않는다고 보았습니다. 그러나 이 사건 용역과 관련된 매입세액은 A공사가 적법하게 사업자등록을 한 이후의 매입세액에 해당하므로 매출세액에서 공제되어야 함에도 불구하고 양천세무서장이 이를 공제하지 않고 부가가치세를 부과한 것은 위법하다고 판단했습니다. 제출된 자료만으로는 정당한 세액을 산출할 수 없어 부과 처분 전부를 취소하는 것으로 결론 내렸습니다. 서울지방국세청장에 대한 소는 법정 제소기간 도과로 각하되었습니다.

연관 법령 및 법리

국세기본법 제80조, 제81조 (재조사 결정의 기속력 및 처분): 조세심판원의 재조사 결정이 있는 경우 관계 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 해야 합니다. 이 사건에서는 과세관청이 재조사 결정의 취지에 따라 추가 조사를 했으므로 기속력에 반하지 않는다고 판단되었습니다. 국세기본법 제56조 제4항 제1호 (행정소송 제소기간): 재조사 후 행한 처분청의 처분 결과 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 행정소송을 제기해야 합니다. 서울지방국세청장에 대한 소는 이 기간을 넘겨 각하되었습니다. 부가가치세법 제13조 제1항 및 시행령 제48조 제1항 (부가가치세 과세표준): 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가는 명목에 상관없이 부가가치세의 과세표준에 포함됩니다. 법원은 A공사가 서울특별시로부터 받은 사업비 전체가 위탁 용역의 대가 관계에 있다고 보았습니다. 부가가치세법 제12조 제1항 제17호 및 시행령 제37조 제1호, 시행규칙 제11조의5 제1항 (부가가치세 면세 대상): 종교, 자선, 학술, 구호 등 공익을 목적으로 하는 단체가 고유 사업 목적을 위해 일시적, 실비 또는 무상으로 공급하는 재화나 용역에 한하여 면세됩니다. A공사의 D사업은 수익사업에 해당하며 고유 목적 사업으로 보기 어렵고 실비 또는 무상 공급이 아니므로 면세 대상이 아니라고 판단되었습니다. 부가가치세법 제17조 제2항 제7호 (매입세액 불공제 대상): 사업자등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않습니다. 그러나 이 사건에서는 A공사가 이미 적법하게 과세사업자로 등록한 상태였으므로 이후 면세사업자로 정정 신고하고 면세사업자 등록증을 교부받았더라도 이는 기존 사업자 지위 변동을 가져오지 않아 해당 매입세액은 공제 대상이라고 판단되었습니다. 사업장별 과세원칙 (부가가치세법): 부가가치세는 사업장별로 과세되는 것이 원칙입니다. A공사의 위탁수수료는 사업단이 용역을 공급하는 대가로 발생한 매출이므로 사업단 관할 세무서(양천세무서)에서 과세하는 것이 타당하다고 보았습니다. 신의성실의 원칙 (조세법률관계): 과세관청의 공적인 견해표명 납세자의 정당한 신뢰 신뢰에 따른 행위 과세관청의 반대 처분으로 인한 이익 침해가 있어야 인정됩니다. 과거의 환급 결정이나 면세 등록증 교부만으로는 공적인 견해표명으로 볼 수 없고 납세자에게 귀책사유가 없었다고 보기 어려워 신의성실의 원칙 위반이 아니라고 판단되었습니다.

참고 사항

공공기관이나 지방공사가 지방자치단체로부터 업무를 위탁받아 수행하는 경우에도 해당 업무의 성격(수익성 여부, 비용 처리 방식, 대가 관계 등)에 따라 부가가치세 과세 대상이 될 수 있습니다. 단순히 공익 목적의 사업이라는 이유만으로 면세 혜택을 받을 수 있는 것은 아닙니다. 부가가치세 면세는 비영리법인이 고유의 사업 목적을 위해 일시적이거나 실비 또는 무상으로 재화나 용역을 공급하는 경우에 한정됩니다. 이익을 추구하는 성격이 있거나 고유 목적과 관련 없는 수익사업의 경우 면세 대상이 아님을 유의해야 합니다. 사업자등록은 세법상 중요한 절차입니다. 과세사업자로 적법하게 등록한 후의 매입세액은 원칙적으로 공제 대상이 되며 과세관청의 사무 처리 오류(예: 면세사업자용 사업자등록증 교부)만으로 기존 사업자 지위가 변경되거나 매입세액 공제 요건이 달라지는 것은 아닙니다. 과세관청의 과거 행위(환급 결정, 사업자등록증 교부, 면세 신고 수리 등)가 납세자에게 신뢰를 준 것으로 보이더라도 이것이 세금을 부과하지 않겠다는 공적인 견해 표명으로 인정되기는 어렵습니다. 특히 명백한 법적 판단이나 질의 회신 등 공식적인 유권해석이 있을 경우 그 이후의 거래에 대해서는 과거 행위에 대한 신뢰를 주장하기 어렵습니다. 세금 부과 처분에 대한 소송을 제기할 때는 정해진 제소기간(보통 처분 통지일로부터 90일)을 반드시 지켜야 합니다. 이 기간을 놓치면 본안 판단 없이 소송 자체가 각하될 수 있습니다.