법인 분할 적격성 인정으로 세금 부과 취소된 사례

00홀딩스가 자회사 00도시가스의 사업부문을 매각하는 과정에서 인적분할을 단행하고 전환사채를 발행하였습니다. 피고인 00세무서장은 이 분할을 법인세법상 '비적격분할'로 판단하여 00홀딩스에 약 32억 원의 법인세(의제배당액에 대한 과세)를 부과했습니다. 그러나 00홀딩스는 해당 분할이 적격분할 요건을 충족하여 과세이연 대상이라고 주장하며 소송을 제기했습니다. 법원은 00도시가스의 임대 및 투자사업부문이 '독립된 사업부문'에 해당하며, 자산 및 부채가 '포괄적으로 승계'되었다고 판단하여 적격분할 요건을 충족한다고 보았습니다. 이에 따라 세무서장의 법인세 부과 처분을 취소하는 판결을 내렸습니다.

관련 당사자

• 원고: 00홀딩스 - 00그룹의 지주회사로, 00도시가스의 투자 및 경영자문을 담당했습니다.
• 피고: 00세무서장 - 00홀딩스에 법인세를 부과한 세무 당국입니다.
• 00도시가스 주식회사 - 원고가 100% 소유하던 자회사로, 도시가스사업과 임대 및 투자사업을 영위하다가 분할되었습니다.
• CCC 주식회사 - 00도시가스 주식 35%를 원고에게 매도한 회사입니다.
• AAAAAAAAAA운용 유한회사 (AAA) - 00도시가스 사업부문 양수를 제안하고 거래 구조를 설계한 투자운용사입니다.
• 00그린에너지 유한회사 - AAA의 자회사로, 분할존속법인 00도시가스의 주식 100%를 양수한 회사입니다.
• 주식회사 0000인베스트 - 00도시가스의 임대 및 투자사업부문이 인적분할되어 신설된 법인입니다.

분쟁 상황

00홀딩스는 00도시가스 주식의 65%를 소유하고 있었는데, AAAAAAAAAA운용 유한회사(AAA)로부터 00도시가스의 도시가스사업부문을 양수하고 싶다는 제안을 받았습니다. 이 제안에 따라 00홀딩스는 00도시가스의 나머지 주식 35%를 추가 매수하여 100% 주주가 된 후, AAA가 지정한 자에게 00도시가스의 도시가스사업부문을 양도하는 복잡한 구조조정 절차를 진행했습니다.

구체적으로, 00도시가스는 400억 원의 전환사채를 발행하고, 임대 및 투자사업부문을 인적분할하여 주식회사 0000인베스트(0000)를 신설했습니다. 이때 전환사채는 분할존속법인인 00도시가스에 귀속되었으나, 전환사채 발행으로 조달된 400억 원의 금융자산은 분할신설법인인 0000에 귀속되었습니다. 이후 원고는 분할존속법인인 00도시가스의 주식 100%를 AAA의 자회사인 00그린에너지에 583억 원에 양도했습니다.

00홀딩스는 이러한 거래에 대해 관련 법인세 및 증권거래세를 신고 및 납부했으나, 서울지방국세청은 전환사채 발행을 통한 양도가액 변칙 감소와 분할이 적격분할 요건을 충족하지 못한다고 판단하여 총 12,513,015,980원의 법인세와 264,490,000원의 증권거래세를 부과했습니다. 조세심판원 단계에서 일부 취소되었으나, '독립된 사업부문 분할' 및 '자산 및 부채의 포괄적 승계' 요건 미충족을 이유로 한 의제배당액에 대한 법인세 3,283,904,550원(가산세 포함)의 부과처분은 유지되었습니다. 이에 불복하여 00홀딩스는 해당 법인세 부과처분 취소를 구하는 행정소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

기업의 인적분할 시 법인세법상 '분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문'으로 인정되는지 여부와 '자산 및 부채의 포괄적 승계' 요건을 충족하여 '적격분할'에 해당함으로써 과세이연 혜택을 받을 수 있는지 여부가 핵심 쟁점이었습니다.

법원의 판단

피고가 2015년 4월 13일 원고에게 한 2012 사업연도 법인세 3,283,904,550원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다. 소송비용은 피고가 부담한다.

결론

법원은 00홀딩스의 인적분할이 구 법인세법상 적격분할 요건을 모두 충족한다고 판단하여 원고의 손을 들어주었습니다.

먼저 '독립된 사업부문 분할' 요건에 대해, 법원은 00도시가스가 종래부터 부동산 임대업 및 투자업을 목적사업으로 하였고, 실제 수익을 발생시켰으며, 분할 신설법인이 독립적으로 사업을 운영하는 점 등을 고려하여 임대 및 투자사업부문이 독립적인 사업 활동이 가능한 사업부문이라고 보았습니다. 특히 2014년 법인세법 시행령 개정 이전에 이루어진 분할이므로, 부동산과 주식 등 자산만으로 구성된 사업부문도 독립된 사업부문으로 인정될 수 있다는 해석을 적용했습니다.

다음으로 '자산 및 부채의 포괄적 승계' 요건에 대해, 법원은 분할하는 사업부문의 필수적인 자산과 부채가 각 사업부문별로 승계되었다면 포괄승계로 인정된다고 보았습니다. 전환사채 400억 원은 분할존속법인에 귀속되고 그 조달 자금으로 취득한 금융자산은 분할신설법인에 귀속된 상황이었으나, 법원은 현금이 특정 사업부문의 필수 자산으로 보기 어렵고, 전환사채는 발행계약상 채무자 변경이 제한되어 분할존속법인에 승계된 것이 합리적인 거래의 결과라고 판단했습니다. 또한 이 분할이 기업 지배구조나 이해관계의 실질적 변동 없이 단순히 법적 형식의 변화에 불과하여, 적격분할에 대한 과세이연 제도의 입법 취지에도 부합한다고 강조했습니다.

결론적으로 법원은 이 사건 분할이 적격분할 요건을 충족했으므로, 의제배당액에 대한 법인세 부과 처분은 위법하다고 판결했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에 적용된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

1. 구 법인세법 (2014년 1월 1일 법률 제12166호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항 제6호 (배당으로 보는 금액)​:

   • 법인이 분할하는 경우, 분할법인의 주주가 분할신설법인으로부터 분할로 인해 취득하는 주식의 가액과 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액이 분할법인 주식의 취득가액을 초과하면, 그 초과금액을 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보아 과세합니다. 이를 의제배당이라고 합니다.

2. 구 법인세법 제16조 제2항 및 구 법인세법 시행령 제14조 제1항 제1호 나목 (과세이연)​:

   • 구 법인세법 제46조 제2항 제1호 및 제2호의 요건을 모두 갖춘 '적격분할'의 경우, 의제배당에 대한 과세를 하지 않고 종전 장부가액을 분할로 취득한 주식의 가액으로 인정하여 과세를 이연하는 특례를 부여합니다. 이는 기업 구조조정을 지원하려는 취지입니다.

3. 구 법인세법 제46조 제2항 제1호 가목 (독립된 사업부문 분할)​:

   • 적격분할 요건 중 하나로, '분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것'을 요구합니다. 이는 기능적 관점에서 분할 이후 기존의 사업 활동을 독립적으로 영위할 수 있는 사업부문이 분할되어야 함을 의미합니다. 단순히 개별 자산만을 이전하여 양도차익을 실현한 것과 구별하기 위함입니다.

4. 구 법인세법 제46조 제2항 제1호 나목 (자산 및 부채의 포괄적 승계)​:

   • 적격분할 요건 중 또 다른 하나로, '분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것'을 요구합니다. 이는 해당 사업 활동에 필요한 자산 및 부채가 분할신설법인에 한꺼번에 이전되어야 함을 뜻합니다. 다만, 다른 사업부문에 공동으로 사용되는 자산 및 부채 등 분할하기 어려운 것은 승계되지 않더라도 기업의 실질적 동일성을 해치지 않는다고 해석됩니다.

5. 적격분할 과세이연의 취지: 적격분할에 대한 과세이연 규정은 회사가 기존 사업의 일부를 별도의 회사로 분리하는 조직 형태의 변화가 있었으나 기업의 실질적인 이해관계에 변동이 없는 때에는 이를 과세의 계기로 삼지 않음으로써 회사 분할을 통한 기업 구조조정을 지원하기 위한 목적을 가지고 있습니다. 법원은 이 사건 분할이 이러한 입법 취지에 부합한다고 판단했습니다.

참고 사항

기업 분할을 통해 법인세 과세이연 혜택을 받고자 할 때에는 다음과 같은 사항들을 유의해야 합니다.

1. 독립된 사업부문 요건 충족: 분할하려는 사업부문이 분할 전부터 실제로 수익을 창출하며 계속성과 반복성을 가지고 운영되었는지, 그리고 분할 후에도 독립적으로 사업 활동을 영위할 수 있는 기능적 능력이 있는지가 중요합니다. 단순히 법인 등기부상 목적사업으로 등재된 것을 넘어, 독립된 부서나 자금 관리, 고유한 인적 물적 자원의 운용 등 실질적인 사업 운영 현황을 입증할 수 있는 자료를 충분히 확보해야 합니다.

2. 포괄적 승계 요건의 이해: 분할되는 사업부문의 모든 자산과 부채가 반드시 그대로 이전되어야 하는 것은 아닙니다. 그러나 해당 사업 활동에 필수적인 자산과 부채는 한꺼번에 이전되어야 합니다. 특히 전환사채와 같은 금융 부채나 그 조달 자금의 귀속 방식은 포괄승계 여부 판단에 중요한 쟁점이 될 수 있으므로, 거래 구조 설계 시 법적 요건 충족 여부를 면밀히 검토하고 합리적인 이유를 제시할 수 있도록 준비해야 합니다.

3. 법령 개정 사항 확인: 법인세법 시행령 등 관련 법령이 개정되면서 '독립된 사업부문'에 대한 해석 기준이 달라질 수 있습니다. 이 사례의 경우 2014년 시행령 개정 전 상황이 적용되어 부동산 및 주식 자산만으로 구성된 사업부문도 독립된 사업부문으로 인정될 수 있었지만, 개정 후에는 제한이 있을 수 있으므로 분할 당시의 최신 법령과 예규를 반드시 확인해야 합니다.

4. 조세 회피 목적이 아님을 입증: 기업 구조조정의 전체 과정(주식 양수, 전환사채 발행, 분할, 주식 양도 등)이 합리적인 경영 판단에 의한 것이며 조세 회피 목적이 아니었음을 입증할 수 있는 객관적인 자료와 타당한 이유를 확보하는 것이 매우 중요합니다.