유전 광업권 감가상각 방식 관련 법인세 부과 취소 사건

주식회사 마주코통상은 리비아 유전 광업권에 대한 법인세 감가상각 방식을 두고 성동세무서장과 법적 분쟁을 겪었습니다. 원고는 광업권 취득가액 증가 및 지분율 감소로 인한 총채굴예정량 감소 시 감가상각액 산정 방법의 오류를 주장하며 법인세 부과처분 취소를 요청했습니다. 법원은 취득가액 증가 시 감가상각 계산 방식과 총채굴예정량 변경을 회계추정의 변경으로 보아 전진적으로 반영해야 한다고 판단하여 2006년과 2007년 법인세 일부를 취소하고 2008년 법인세 및 원고와 피고의 나머지 항소를 기각했습니다.

관련 당사자

• 주식회사 마주코통상: 리비아 유전 광업권을 보유한 회사로 법인세 감가상각액 산정 방식에 이의를 제기하며 법인세 부과처분 취소를 요구한 당사자입니다.
• 성동세무서장: 주식회사 마주코통상에 법인세를 부과한 행정청으로 부과처분의 정당성을 주장한 당사자입니다.

분쟁 상황

주식회사 마주코통상은 리비아의 NC-174 광구 유전 개발에 참여하며 광업권을 보유하고 있었습니다. 이 과정에서 광업권의 취득가액은 매년 추가 개발원가 및 복구비용 분담액으로 인해 증가했으며 리비아 정부의 강압적인 조치로 인해 원고의 유전 지분율이 1990년 11.67%에서 4%로 크게 감소하여 총채굴예정량 또한 줄어들었습니다. 원고는 이러한 상황에서 생산량비례법에 따른 감가상각범위액을 산정할 때 기존 과세당국의 계산 방식에 오류가 있어 과도한 법인세가 부과되었다고 주장하며 총 3,560,262,640원에 달하는 법인세 부과처분 취소를 요구했습니다. 특히 원고는 지분율 감소를 '자산의 진부화 등으로 인한 감액손실'로 보아 해당 연도에 손실 처리해야 한다고 주장했고 과거 세무당국이 자신들의 계산 방식을 인정한 전례가 있으므로 신뢰보호 원칙이 적용되어야 한다고 주장했습니다. 반면 성동세무서장은 자신들의 부과처분이 적법하다고 맞섰습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 광업권 감가상각액을 계산할 때 발생하는 두 가지 상황에 대한 적절한 회계처리 및 세무 처리 방식이었습니다. 첫째 매년 추가 투자로 광업권 취득가액이 증가할 경우 감가상각액을 어떻게 계산할 것인지. 둘째 리비아 유전 광업권에 대한 원고의 지분율 감소로 총채굴예정량이 줄어들었을 때 이를 '회계추정의 변경'으로 보아 전진적으로 상각할 것인지 아니면 '자산의 진부화 및 시장가치 하락'으로 인한 '감액손실'로 보아 해당 연도에 모두 비용 처리할 것인지 여부였습니다. 또한 세무당국의 과거 견해 표명에 따른 신뢰보호 원칙 적용 가능성도 쟁점이 되었습니다.

법원의 판단

법원은 주식회사 마주코통상과 성동세무서장의 항소를 모두 기각했습니다. 구체적으로는 2006 사업연도 법인세 33,109,410원 중 7,095,314원을 초과하는 부분과 2007 사업연도 법인세 378,826,830원 중 359,890,605원을 초과하는 부분에 대한 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다고 판시했습니다. 그러나 2008 사업연도 법인세는 정당한 세액이 당초 고지세액을 상회하므로 취소될 부분이 없으며 총채굴예정량 감소는 회계추정의 변경으로 보아 전진적으로 상각해야 하고 신뢰보호 원칙도 적용되기 어렵다고 판단하여 원고의 나머지 주장은 받아들이지 않았습니다. 항소비용은 각자 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 광업권의 감가상각 방법에서 취득가액 증가 시에는 증가분에 대해 별도 계산하고 총채굴예정량 변경은 회계추정의 변경으로 보아 전진적으로 반영해야 한다고 판단했습니다. 이에 따라 원고가 주장한 법인세 부과처분 취소 범위 중 일부(2006년 및 2007년 법인세의 일부)만 인정하고 나머지는 기각하였습니다. 결과적으로 원고와 피고의 항소가 모두 기각되어 1심 판결의 주요 내용은 유지되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에서는 법인세법상 감가상각 범위액의 산정 방법과 기업회계기준의 적용이 주요 법적 쟁점이었습니다.

• 법인세법 제43조 (기업회계기준의 적용) 및 국세기본법 제20조 (기업회계의 존중)​: 이 조항들은 내국법인의 소득금액 계산 시 일반적으로 공정하고 타당하다고 인정되는 기업회계기준이나 관행을 세법에서 달리 규정하지 않는 한 존중하도록 하고 있습니다. 이는 세법상 감가상각 제도가 기업회계의 감가상각 제도를 기본으로 한다는 원칙을 확립합니다. 따라서 감가상각 방법 변경 시에도 기업회계기준을 토대로 판단해야 합니다.
• 구 법인세법 제23조 제1항: 감가상각비는 각 사업연도에 계상한 감가상각비 중 일정 범위액을 한도로 손금에 산입하도록 하는 일반 규정입니다. 이 사건 시행령 조항이 이 법률의 위임범위를 일탈했는지 여부가 쟁점이 되었으나 법원은 정당한 계산 방식을 적용하면 잔존가치가 남지 않으므로 위임 한계를 일탈하지 않았다고 판단했습니다.
• 기업회계기준서 '제1호 회계변경과 오류수정': 회계추정의 변경에 대해 규정하며 이는 기업 환경 변화 새로운 정보 획득 경험 축적에 따라 기존 추정치의 근거를 바꾸는 것을 의미하고 그 효과는 당기와 그 이후 기간에 전진적으로 반영해야 한다고 명시합니다. 총채굴예정량의 변경은 감가상각 자산의 내용연수 또는 잔존가액 추정과 유사하게 '회계추정의 변경'으로 보아야 한다고 법원은 해석했습니다.
• 기업회계기준서 '제3호 무형자산': 무형자산의 상각기간 및 상각방법의 변경은 '제1호 회계변경과 오류수정'을 적용하도록 규정하고 있습니다. 또한 '자산의 진부화 및 시장가치의 급격한 하락 등으로 인한 감액손실' 처리에 대해 규정하고 있으나 법원은 리비아 정부의 강제적인 지분 몰수로 인한 총채굴예정량 감소는 해당 기준의 '감액손실'보다는 '회계추정의 변경'에 해당한다고 보았습니다.
• 신뢰보호의 원칙: 행정법의 일반원칙 중 하나로 행정청의 공적인 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떤 행위를 한 국민의 이익은 보호되어야 한다는 원칙입니다. 그러나 이 원칙이 적용되려면 행정청의 공적 견해표명이 있어야 하고 그 신뢰에 귀책사유가 없어야 하며 신뢰에 기해 '경제적 거래행위'와 같은 특정 행위를 했어야 합니다. 법원은 단순히 기업회계 업무를 내부적으로 수행하거나 세무신고를 한 행위는 보호할 만한 가치가 있는 신뢰행위로 보지 않았습니다. 다만 과세관청의 언동을 신뢰하여 감가상각방법 적용에 오류가 발생한 경우 신고불성실·납부불성실 가산세는 부과하지 않는 것이 타당하다고 보았습니다.

참고 사항

기업이 광업권이나 이와 유사한 무형자산에 대해 생산량비례법으로 감가상각을 하는 경우 자산의 취득가액이나 총생산(채굴)예정량이 변동될 때 그 처리 방식에 유의해야 합니다. 첫째 감가상각 대상 자산의 취득가액이 추가적인 투자 등으로 증가하는 경우 증가된 부분에 대해서는 해당 사업연도를 기준으로 잔여 총생산예정량을 산정하여 감가상각을 진행해야 합니다. 단순히 누적 취득가액에 채굴량 비율을 곱하는 방식은 감가상각이 덜 되고 잔존가치가 남을 수 있습니다. 둘째 총생산예정량이 예상치 못하게 변경(증가 또는 감소)되는 상황이 발생하면 이는 '회계추정의 변경'으로 간주될 가능성이 높습니다. 이 경우 이미 상각된 금액을 제외한 미상각잔액을 변경된 총생산예정량과 당기 생산량의 비율로 해당 사업연도부터 전진적으로 상각해야 합니다. 이를 '감액손실'로 보아 한꺼번에 처리하는 것은 기업회계기준에 부합하지 않을 수 있습니다. 셋째 과거 세무당국의 특정 계산 방식에 대한 인정이 있었다 하더라도 이는 기업의 내부 회계 처리나 단순 세무 신고 행위에 대해 신뢰보호 원칙을 주장하기에는 부족할 수 있습니다. 신뢰보호 원칙은 주로 과세관청의 공적 견해표명을 믿고 납세자가 경제적 거래 행위까지 나아간 경우에 적용될 가능성이 높습니다. 다만 정당한 사유가 인정되는 경우 신고불성실·납부불성실 가산세는 면제될 수 있습니다. 감가상각 방식은 기업의 이익에 큰 영향을 미치므로 회계기준과 세법 규정을 면밀히 검토하고 전문가의 도움을 받는 것이 중요합니다.