세금 · 행정
원고는 1999년 취득한 부동산을 2013년 부산광역시에 공공사업 협의취득으로 양도하고 보상금을 받았습니다. 이후 2020년에 보상금을 반환하여 '토지등소유자의 지위'를 회복하였고, 이 지위를 곧바로 다른 사람에게 8억 4천만 원에 양도했습니다. 원고는 원래 부동산을 취득했던 1999년부터의 보유 기간을 적용하여 양도소득세를 신고했으나, 피고인 부산진세무서장은 원고가 2020년 보상금을 반환함으로써 '부동산을 취득할 수 있는 권리'를 새롭게 취득한 후 단기간(1년 미만)에 이를 양도한 것으로 보아 50%의 중과세율을 적용하여 1억 8천여만 원의 양도소득세를 추가 부과했습니다. 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했으나, 법원은 원고의 청구를 기각하며 피고의 세금 부과 처분이 적법하다고 판단했습니다.
원고는 오랫동안 보유했던 부동산이 도시재정비 사업에 편입되어 공공사업 협의취득 방식으로 부산광역시에 소유권을 넘겨주면서 보상금 252,636,980원을 받았습니다. 당시 원고는 양도소득세를 신고하고 납부했습니다. 시간이 흘러 2020년, 원고는 재개발 사업의 진행 과정에서 다시 '토지등소유자의 지위'를 얻고자 부산광역시에 기존 보상금과 이자 16,482,170원을 포함한 269,119,150원을 반환했습니다. 이로 인해 원고는 도시재정비법에 따라 토지등소유자로 간주되는 지위를 회복했습니다. 불과 이틀 후, 원고는 이 회복된 '토지등소유자의 지위 및 조합원입주권'을 J 등에게 840,000,000원에 양도하는 계약을 체결했습니다. 원고는 자신의 부동산 취득일이 1999년이므로, 2020년 양도시점까지 장기간 보유한 것으로 보고 장기보유 특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고 및 납부했습니다. 그러나 피고인 부산진세무서장은 원고가 2020년에 보상금을 반환한 시점에 '부동산을 취득할 수 있는 권리'를 새로 취득한 것으로 보았습니다. 그리고 이 권리를 취득한 지 불과 며칠 만에 양도했으므로 보유 기간이 1년 미만에 해당한다고 판단하여 양도소득세에 50%의 중과세율을 적용, 기존 신고액보다 1억 8천여만 원이 많은 총 186,832,150원을 부과했습니다. 이에 원고는 자신이 공공사업에 협력했음에도 불이익을 받았고, 실질적으로 이전의 소유자 지위를 회복한 것이므로 중과세율 적용이 부당하다며 세금 부과 취소 소송을 제기했습니다.
공공사업으로 부동산이 협의취득된 후, 원 소유주가 보상금을 반환하고 '토지등소유자의 지위'(부동산을 취득할 수 있는 권리)를 회복하여 이를 다시 양도하는 경우, 양도소득세 계산 시 자산의 취득 시점을 언제로 보아야 하는지입니다. 특히, 원 소유 부동산의 취득 시점(장기 보유)으로 보아 장기보유 특별공제를 적용할 수 있는지, 아니면 '부동산을 취득할 수 있는 권리'를 재취득한 시점부터 보유 기간을 새롭게 계산하여 단기 양도에 따른 중과세율을 적용해야 하는지가 핵심 쟁점입니다.
법원은 원고의 청구를 기각하며 피고인 부산진세무서장의 양도소득세 부과 처분이 적법하다고 판결했습니다. 법원은 이 사건 협의취득(2013년)과 이후 '부동산을 취득할 수 있는 권리' 양도(2020년)를 각각 다른 양도소득세 과세 요건 사실로 보아야 한다고 판단했습니다. 원고가 보상금을 반환한 것을 협의취득 계약의 법적 해제로 볼 근거가 부족하며, 도시재정비법 조항도 장기보유 특별공제를 위한 보유기간 통산의 근거가 될 수 없다고 보았습니다. 따라서 원고가 2020년 10월 14일 반환금을 반환하여 '부동산을 취득할 수 있는 권리'를 취득했고, 2020년 10월 16일 이를 양도했으므로, 1년 미만의 보유 기간에 해당하는 50%의 중과세율을 적용한 피고의 처분은 정당하다고 판시했습니다.
법원은 이 사건 협의취득을 통해 부동산을 양도한 행위와 보상금을 반환하여 '부동산을 취득할 수 있는 권리'를 취득한 후 이를 다시 양도한 행위를 세법상 별개의 거래로 판단했습니다. 즉, 2013년의 부동산 양도는 완료된 거래이며, 2020년의 보상금 반환은 기존 협의취득 계약을 법적으로 해제하는 효과가 없어 원고가 원래의 부동산 소유자 지위로 소급하여 복귀하는 것이 아니라고 보았습니다. 도시재정비법 제11조 제4항이 보상금 반환 시 토지등소유자로 간주한다고 규정하지만, 이는 양도소득세의 장기보유 특별공제를 위한 보유기간 통산을 허용하는 법적 근거가 될 수 없다고 판단했습니다. 결론적으로, 원고는 2020년에 '부동산을 취득할 수 있는 권리'를 취득한 후 단기간 내에 양도했으므로, 이에 대한 중과세율 적용이 정당하다고 보아 원고의 청구를 기각했습니다.
이 사건 판결은 다음과 같은 법령 및 법리를 바탕으로 합니다.
1. 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목 ('부동산을 취득할 수 있는 권리') 및 대법원 판례: 재건축조합의 조합원이 기존 주택이나 대지를 제공하고 사업계획에 따라 분양받을 주택을 취득할 권리, 즉 '입주자로 선정된 지위'는 '부동산을 취득할 수 있는 권리'에 해당합니다. 이 경우 권리의 취득 시기는 사업계획승인일로 봅니다. 이 사건에서 원고가 반환금을 지급하여 얻은 '토지등소유자의 지위'는 재개발 사업의 관리처분계획 인가 전이었으므로 '조합원입주권'이 아닌 '부동산을 취득할 수 있는 권리'로 판단되었습니다.
2. 소득세법 제88조 제9호 ('조합원입주권'): 소득세법은 '조합원입주권'을 도시 및 주거환경정비법에 따른 관리처분계획 인가 또는 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 사업시행계획 인가로 인해 취득한 입주자로 선정된 지위로 명확히 규정하고 있습니다. 따라서 기존의 주택이나 대지가 조합원입주권으로 전환되는 시기는 관리처분계획 인가일 또는 사업시행계획 인가일로 보아야 합니다. 이 사건 재개발 사업은 아직 관리처분계획 인가가 이루어지지 않았으므로, 원고가 양도한 것은 '조합원입주권'이 아닌 '부동산을 취득할 수 있는 권리'로 보아 그 보유 기간을 달리 계산했습니다.
3. 매매계약 해제와 양도소득세 과세 (대법원 2015두12652 판결 등): 양도소득세는 자산의 양도로 인한 소득에 대해 과세합니다. 매매계약이 해제되면 양도가 이루어지지 않은 것이므로 양도소득세 과세 요건이 충족되지 않습니다. 그러나 유효한 매매계약을 통해 자산 양도가 이루어진 후, 환매 약정 등에 따라 다시 자산이 되돌아오는 것은 원칙적으로 새로운 매매에 해당하며, 이는 이미 양도소득세 과세요건을 충족한 당초 매매계약에 따른 자산의 양도에 영향을 미치지 않습니다. 이 사건에서 2013년의 협의취득은 원고의 부동산이 부산광역시에 양도된 유효한 매매였고, 2020년의 보상금 반환은 이 협의취득 계약을 법적으로 해제하여 원고가 소급적으로 소유권을 회복하는 것이 아니라고 보았습니다.
4. 장기보유 특별공제에서의 보유기간 통산 (대법원 2014두28025 판결 등): 장기보유 특별공제를 적용하기 위해 자산의 보유기간을 통산하려면 이에 대한 명확한 법률적 근거가 있어야 합니다. 원고는 도시재정비 촉진을 위한 특별법(이하 '도시재정비법') 제11조 제4항(보상금 등을 반환하는 자를 토지등소유자로 간주하는 조항)을 그 근거로 주장했습니다. 하지만 법원은 위 조항에 보상금 반환이 기존 계약의 해제 효과를 가져오거나 양도소득세 산정 시 보유기간을 통산할 수 있다는 규정이 없으므로, 이를 보유기간 통산의 법적 근거로 볼 수 없다고 판단했습니다.
공공사업으로 부동산이 수용되거나 협의취득된 후, 보상금을 반환하여 다시 '토지등소유자의 지위'나 '입주권'을 취득하게 되는 경우에는 양도소득세 산정 시 주의해야 합니다. 원래의 부동산 양도와 이후 '권리'의 양도는 별개의 거래로 간주될 가능성이 큽니다. 이는 자산의 종류가 '부동산'에서 '부동산을 취득할 수 있는 권리'로 바뀌었다고 판단될 수 있기 때문입니다. '부동산을 취득할 수 있는 권리'의 취득 시점은 보상금을 반환한 날 등 해당 권리가 새롭게 발생한 시점으로 보게 되어, 기존 부동산의 보유 기간이 소급하여 적용되지 않을 수 있습니다. 따라서 '권리'를 취득한 후 단기간 내에 양도하면 1년 미만 단기 양도에 해당하는 50%의 높은 양도소득세율이 적용될 수 있음을 인지해야 합니다. 특히 재건축·재개발 등 정비사업 과정에서 '조합원입주권'이나 '토지등소유자의 지위'를 양도할 때는, 관리처분계획 인가 여부 등 사업 단계에 따라 '조합원입주권' 또는 '부동산을 취득할 수 있는 권리' 중 어느 자산에 해당하는지가 달라지고, 그에 따른 취득 시점과 세법 적용이 달라질 수 있으므로 면밀히 검토해야 합니다.