행정
재건축조합이 조합원으로부터 신탁받거나 외부에서 매입한 토지로 아파트를 건설하여 일반 분양한 후, 해당 토지에 대한 취득세와 농어촌특별세를 납부했습니다. 이후 대법원 판결로 일반 분양 토지 중 일부가 취득세 비과세 대상임이 명확해지자, 조합은 수정신고 및 세금 환부를 청구했으나 구청은 이를 반려했습니다. 이에 조합은 구청의 반려 처분을 취소하고, 부산광역시 및 대한민국을 상대로 과오납된 세금의 반환을 요구하는 소송을 제기했습니다. 법원은 구청의 수정신고 반려 처분은 적법하다고 판단했으나, 일반 분양분 토지 중 이미 취득세가 납부된 외부 매입 토지 부분과 국민주택 규모에 해당하는 농어촌특별세에 대해서는 과세가 명백히 잘못되었다고 보아 부산광역시와 대한민국이 해당 세금을 부당이득으로 조합에 반환할 것을 명령했습니다.
원고인 사직주공아파트재건축조합은 아파트 신축을 위해 조합원으로부터 토지를 신탁받고, 일부 토지는 외부에서 추가 매입했습니다. 사업 완료 후 일반 분양된 아파트의 대지에 대해 동래구청 공무원의 안내에 따라 취득세 535,462,030원과 농어촌특별세 53,546,200원을 신고·납부했습니다. 이후 2008년 대법원 판결을 통해 재건축조합이 조합원으로부터 신탁받은 일반분양 토지는 취득세 과세 대상이 아니라는 법리가 확립되자, 조합은 과오납된 세액의 환부를 청구하며 수정신고서를 제출했습니다. 그러나 동래구청은 지방세법상 수정신고 사유에 해당하지 않는다며 이를 반려했고, 조합은 이에 불복하여 이 소송을 제기하게 되었습니다. 소송 과정에서 조합은 구청의 반려 처분이 위법하다고 주장하는 한편, 이미 납부한 취득세 및 농어촌특별세가 중대하고 명백한 하자로 인해 당연무효이므로 부산광역시와 대한민국은 부당이득으로 이를 반환해야 한다고 주장했습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 세법상 '확정판결'이 동일 사례의 대법원 판결까지 포함하는지 여부, 그리고 재건축조합이 일반분양 토지에 대해 납부한 취득세 및 농어촌특별세가 조세채무의 확정력을 인정할 수 없는 '중대하고 명백한 하자'로 인해 당연무효에 해당하는지 여부였습니다. 특히, 조합원으로부터 신탁받은 일반분양 토지, 외부에서 매입하여 이중과세된 일반분양 토지, 그리고 국민주택 규모에 해당하여 농어촌특별세가 면제되어야 할 토지에 대한 과세가 문제되었습니다.
법원은 재건축조합의 수정신고 반려 처분은 법률상 적법하다고 보아 구청의 손을 들어주었습니다. 그러나 일반 분양 토지 중 조합이 이미 취득세를 납부했던 외부 매입 토지 부분과 법률상 농어촌특별세가 면제되는 국민주택 규모 토지에 대한 세금 납부는 '중대하고 명백한 하자'로 인해 당연무효라고 판단했습니다. 이에 따라 부산광역시에 취득세 110,679,660원, 대한민국에 농어촌특별세 31,181,400원(외부 매입 토지분 및 국민주택 규모 토지분 합계)과 이에 대한 이자를 반환하도록 판결했습니다. 결과적으로 재건축조합은 일부 승소했습니다.
