세금 · 행정
발전설비 및 제철업을 영위하는 A 주식회사는 1979년부터 특정 토지를 사옥, 골프연습장, 신축 건물 부지 등으로 점유·사용하고 있었습니다. A 주식회사는 이 토지를 비업무용 부동산에서 제외하여 법인세와 농어촌특별세를 신고·납부했으나, 창원세무서장은 일부 토지를 비업무용 부동산으로 보아 추가 세금을 부과했습니다. 이후 심판청구를 통해 세액 일부가 감액되었으나, A 주식회사는 이 토지에 대한 소유권이전등기가 상법상 이사회 승인 없는 계약으로 인해 원인 무효였고, 이는 대법원 판결로 확정되었으므로, 이 토지는 애초부터 A 주식회사의 비업무용 부동산이 될 수 없어 세금 부과 자체가 위법하다고 주장하며 취소 소송을 제기했습니다.
법원은 A 주식회사가 원인 무효인 계약에 의해 토지 명의를 등기하고 점유·사용했을 뿐, 해당 토지에 대한 정당한 권리가 없었으므로, 이를 법인세법상 '비업무용 부동산을 취득하거나 보유한 것'으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 이에 따라 창원세무서장이 A 주식회사에 부과한 법인세 및 농어촌특별세 중 비업무용 부동산 관련 손금불산입액을 반영하여 산정된 초과 부분을 취소하고, 나머지 청구는 기각했습니다.
A 주식회사는 1979년경부터 특정 토지(사옥, 골프연습장, 정보센터 및 기숙사 신축 부지)를 점유·사용해왔습니다. 1993년과 1994년 사업연도 법인세 등을 신고하면서 이 토지를 비업무용 부동산에서 제외하여 관련 지급이자를 손금(비용)으로 인정받고 세금을 납부했습니다.
그러나 창원세무서장은 A 주식회사가 점유·사용하던 일부 토지(골프연습장 기준면적 초과 부분, 신축 공사 착공 전 및 공사 중단 기간의 토지)를 비업무용 부동산으로 판단하여, 관련 지급이자와 공과금을 손금으로 인정하지 않고 A 주식회사에 추가 법인세 및 농어촌특별세를 부과했습니다. A 주식회사는 이 처분에 불복하여 심판청구를 제기했고, 국세심판소에서 일부 세액이 감액되었습니다.
하지만 A 주식회사는 해당 토지에 대한 소유권이전등기가 상법상 이사회 승인 없는 계약으로 인해 '원인 무효'이며, 이는 대법원 판결로 최종 확정되었으므로, 자신은 해당 토지를 법적으로 취득하거나 보유한 적이 없다고 주장하며, 비업무용 부동산임을 전제로 한 세금 부과 처분이 위법하다고 소송을 제기했습니다. 반면 창원세무서장은 등기가 무효라도 A 주식회사가 해당 사업연도에 토지를 현실적으로 점유·사용했으므로 세금 부과가 적법하다고 맞섰습니다.
원인 무효인 소유권이전등기가 되어 있는 토지를 법인이 실제로 점유·사용했더라도, 해당 토지를 법인세법상 '비업무용 부동산'으로 보아 관련 비용(지급이자, 공과금)을 손금(비용)으로 인정하지 않고 법인세를 부과하는 것이 적법한지 여부입니다.
법원은 창원세무서장이 1995년 7월 1일 A 주식회사에 부과한 세금 중 다음의 초과 부분을 취소한다고 판결했습니다.
A 주식회사의 나머지 청구는 모두 기각되었으며, 소송비용은 원고와 피고가 각각 절반씩 부담하도록 했습니다.
법원은 법인세법상 '내국법인이 비업무용 부동산을 취득하거나 보유한 때'란 소유권이전등기 여부와 관계없이 법인이 해당 부동산을 실질적으로 사용 가능하게 된 때(원칙적으로 인도 시)를 기준으로 판단해야 하지만, 이는 어디까지나 그 부동산을 인도받은 법인에게 이를 인도받아 사용할 '정당한 권원'이 있는 경우에 적용된다고 보았습니다.
이 사건에서 A 주식회사는 이 사건 토지에 대해 원인 무효인 계약에 의해 등기 명의를 가지고 점유·사용했을 뿐, 정당한 소유권 등 아무런 권리가 없었으므로, 이를 비업무용 부동산으로 '취득 또는 보유'했다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 따라서 A 주식회사가 해당 토지를 비업무용 부동산으로 취득 또는 보유한 것으로 보고 지급이자 및 공과금을 손금 불산입하여 과세표준을 산정한 세금 부과 처분은 위법하다고 결론 내렸습니다.
