회사 감사 급여와 접대비는 인정, 직무발명 보상금은 불인정 법인세 사건

주식회사 A는 세무서로부터 가공거래, 감사 급여 및 접대비, 직무발명 보상금, 매출누락 등 4가지 사유로 법인세를 부과받았습니다. 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했고, 법원은 감사 C에게 지급된 급여와 접대비는 적법하게 손금에 산입될 수 있는 비용으로 판단하여 관련 법인세 부과처분을 취소했습니다. 그러나 대표이사 D에게 지급된 직무발명보상금은 발명진흥법에서 정한 절차를 제대로 준수하지 않았다고 보아 손금불산입 및 세액공제 배제 처분이 정당하다고 판단했습니다.

관련 당사자

• 원고 주식회사 A: 선박용품제조업 등을 목적으로 설립된 법인으로 세무서로부터 법인세를 부과받았음
• 피고 부산강서세무서장: 원고에 대한 법인세 부과처분을 내린 세무서의 장 (원래 북부산세무서장이었으나 항소심 중 권한 승계로 변경됨)
• 감사 C: 원고 법인의 감사로, 지급된 급여와 접대비의 손금 인정 여부가 쟁점이 됨
• 대표이사 D: 원고 법인의 대표이사로, 지급받은 직무발명보상금의 적법성 여부가 쟁점이 됨
• 주식회사 B: 원고가 가공거래를 한 것으로 지목된 위장업체
• Y 주식회사: 원고에게 직무발명보상제도 관련 자문을 제공한 컨설팅 회사

분쟁 상황

북부산세무서장은 2018년 원고 주식회사 A에 대한 세무조사를 실시한 후 2013년부터 2017년까지의 사업연도에 대해 법인세 부과처분(총 약 59억 6천만 원)을 내렸습니다. 세무서가 법인세를 부과한 주요 사유는 다음과 같습니다.

1. 주식회사 B와의 약 477억 원 규모의 업무대행계약이 실제 재화나 용역 공급 없이 이루어진 가공거래로, 관련 매입세액 불공제 및 약 56억 원의 이익금을 업무무관경비로 보아 손금불산입
2. 감사 C에게 지급된 5년간의 급여 합계 607,654,067원과 법인카드로 지출된 접대비 합계 44,240,311원이 실제 감사업무 수행 없이 지급되어 손금불산입
3. 대표이사 D에게 2016년 지급된 직무발명보상금 1,036,599,000원이 발명진흥법상 절차를 준수하지 않아 손금불산입 및 연구·인력개발비 세액공제 배제
4. 2013년부터 2017년까지 5년간 합계 16,665,989,894원의 매출 누락으로 익금산입 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기했으나, 직무발명보상금 관련 쟁점은 기각되었고 매출누락 관련해서만 재조사 결정이 내려졌습니다. 이후 피고 세무서는 가공거래와 접대비 중 일부에 대한 부과처분을 직권으로 취소했습니다. 결국 원고는 감사 C의 급여와 직무발명보상금 관련 법인세 부과처분의 위법성을 주장하며 소송을 이어갔습니다.

핵심 쟁점

세무서가 원고에게 법인세를 부과한 4가지 주요 사유의 적법성 여부입니다.

1. 주식회사 B와의 거래가 실체가 없는 가공거래에 해당하는지 여부
2. 감사 C에게 지급된 급여와 법인카드로 사용된 접대비가 법인세법상 손금으로 인정되는지 여부
3. 대표이사 D에게 지급된 직무발명보상금이 발명진흥법상 정당한 보상금으로 인정되어 손금산입 및 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는지 여부
4. 매출누락 금액이 익금에 산입되어야 하는지 여부 (항소심에서는 감사 급여 및 접대비, 직무발명보상금 관련 부분이 주로 다루어졌습니다.)

법원의 판단

법원은 다음과 같이 판결했습니다.

1. 감사 C의 급여: C은 약 20년간 감사로 재직하며 주주총회 결정에 따라 급여를 받았고 업무 관련 서류 결재 및 외부 행사 참여 등 실제 감사업무를 수행한 것으로 보이며 다른 임원과의 급여 격차나 회사의 영업이익에서 차지하는 비율 등을 고려할 때 부당하게 과다하다고 보기 어렵다고 판단하여 손금산입을 인정했습니다.
2. 접대비: 지출 항목이 선주사 식사, 해외대리점 선물 등 원고의 사업과 밀접한 관련이 있는 사람들과의 친목 및 거래관계 원활화를 위한 것으로 인정되어 접대비에 해당하며 사용 주체보다는 사용 용도가 중요하다고 판단하여 손금산입을 인정했습니다.
3. 직무발명보상금: 직무발명심의위원회 운영 절차, 보상규정 제정 및 변경 절차, 종업원 위원 선출 절차 등 발명진흥법상 정해진 절차를 준수했음을 인정할 자료가 부족하고 관련 서류가 소급하여 작성된 것으로 보여 정당한 보상으로 보기 어렵다고 판단하여 손금불산입 및 세액공제 배제 처분이 정당하다고 보았습니다. 결론적으로, 2013 사업연도 법인세 40,695,731원, 2014 사업연도 법인세 66,138,841원, 2015 사업연도 법인세 68,590,606원, 2016 사업연도 법인세 492,494,825원, 2017 사업연도 법인세 35,519,409원 등 총 5개 사업연도의 법인세 부과처분 중 일부를 취소하였습니다.

결론

원고 주식회사 A는 세무서의 법인세 부과처분 중 감사 C의 급여 및 접대비와 관련된 부분에 대해서는 승소하여 해당 법인세 부과처분이 취소되었으나 대표이사 D의 직무발명보상금에 대한 손금불산입 처분은 유지되었습니다. 최종적으로 피고인 세무서가 소송비용을 부담하게 되었습니다.

연관 법령 및 법리

이번 판결에서 주로 적용된 법령과 법리는 다음과 같습니다.

1. 법인세법 시행령 제43조 (임원 보수의 손금불산입)​: 법인이 임원에게 지급한 보수가 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 이익처분에 해당한다고 판단되면 손금으로 인정되지 않습니다. 그러나 대법원은 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중, 다른 임원 보수와의 격차, 보수 증감 추이, 주주의 배당 여부 등을 종합적으로 고려하여 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가인지, 아니면 유보 이익 분여를 위한 것인지를 판단해야 한다고 보았습니다. 이 사건에서 법원은 감사 C의 보수가 이익 분여 목적이라고 단정하기 어렵다고 판단하여 손금산입을 인정했습니다.
2. 법인세법 제25조 제1항 (접대비의 정의)​: 접대비는 '접대, 교제, 사례 또는 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 목적으로 지출한 비용으로서 내국법인이 직접 또는 간접적으로 업무와 관련이 있는 자와 업무를 원활하게 진행하기 위하여 지출한 금액'을 의미합니다. 법원은 접대비 해당 여부는 사용 주체보다 지출 용도에 따라 결정되어야 하며, 사업 관련자들과의 친목 도모를 위한 지출이라면 접대비로 인정될 수 있다고 보았습니다. 이 사건 접대비는 사업 관련자들과의 친목을 도모하기 위한 것으로 판단되어 손금산입이 인정되었습니다.
3. 발명진흥법 제15조 및 제17조 (직무발명보상금의 정당한 보상 및 심의 절차)​: 발명진흥법은 종업원 등의 직무발명에 대한 '정당한 보상'을 규정하며, 이를 위해 직무발명심의위원회 구성, 보상규정의 작성 및 개정 절차, 종업원의 과반수 동의, 보상액 및 지급 방법 명시, 통지 방법 등을 상세히 정하고 있습니다. 이 법에 따른 절차적 요건과 보상액 산정의 합리성을 모두 충족해야만 정당한 보상으로 인정되어 세법상 손금산입 및 연구·인력개발비 세액공제 대상이 될 수 있습니다. 이 사건에서 법원은 원고가 발명진흥법이 정한 절차(위원회 구성 및 운영, 보상규정 동의 절차 등)를 제대로 준수하지 않았고, 관련 서류도 소급 작성된 것으로 보아 직무발명보상금을 정당한 보상으로 인정하지 않았습니다.

참고 사항

회사의 임원에게 지급하는 보수나 접대비, 직무발명보상금 등은 세무조사 시 주요 쟁점이 될 수 있으므로 다음 사항들을 유의해야 합니다.

1. 임원 보수의 적정성: 임원의 급여는 단순히 명목상 지급되어서는 안 되며 실제 직무 수행 여부가 중요합니다. 회사의 정관이나 주주총회 결의 등 적법한 절차에 따라 보수가 결정되었는지 확인하고 다른 임원 또는 동종업계 임원들의 보수와 비교하여 현저히 과다하지 않도록 합리적인 수준에서 책정해야 합니다. 임원이 실제 수행한 업무 내용, 근속기간, 회사 기여도 등을 객관적으로 증명할 수 있는 자료를 잘 보관해야 합니다.
2. 접대비의 업무 관련성: 접대비는 업무와 관련 있는 자와 거래관계 원활화를 위해 지출된 것임을 명확히 증명해야 합니다. 누가 사용했는지보다는 지출의 목적과 상대방이 누구인지가 중요하므로 접대 상대방, 지출 목적 등이 구체적으로 명시된 증빙 자료를 철저히 관리해야 합니다.
3. 직무발명보상금의 절차 준수: 직무발명보상금을 지급하고 세액공제 등의 혜택을 받으려면 발명진흥법에서 정하는 절차를 철저히 준수해야 합니다. 직무발명심의위원회 구성 및 운영, 보상규정의 제정 및 개정 절차, 종업원 등의 과반수 동의, 보상액 산정 기준 및 지급 방법 명시, 보상에 대한 통지 방법 등을 형식적으로만 갖추지 않고 실질적으로 이행해야 합니다. 관련 회의록, 통지서 등 모든 문서는 사실에 기반하여 정확하게 작성하고 보관해야 하며 소급하여 문서를 작성하는 행위는 피해야 합니다.