대표이사 특허권 매수 통한 가지급금 정리 세금 부과 사건

주식회사 A는 대표이사 B으로부터 특허권을 11억 1천만 원에 매수하고 해당 대금을 B에 대한 가지급금과 상계 처리한 후 이를 B의 기타소득으로 신고했습니다. 그러나 충주세무서장은 이 특허권 매수 행위가 실질적인 사업 목적이 아닌 가지급금 정리를 위한 '가장행위'에 해당한다고 보아 주식회사 A에 대해 법인세 부과처분 및 B에 대한 소득금액변동통지처분을 내렸습니다. 이에 주식회사 A는 세무서의 처분이 부당하다며 취소 소송을 제기했으나, 법원은 세무서의 처분이 정당하다고 판단하여 주식회사 A의 항소를 기각했습니다.

관련 당사자

• 주식회사 A (원고): 대표이사 B으로부터 특허권을 양수하여 가지급금을 상계한 법인
• 충주세무서장 (피고): 주식회사 A의 특허권 양수 행위를 가장행위로 보아 법인세 및 소득금액변동통지처분을 한 과세관청
• B (원고의 대표이사): 주식회사 A에 특허권을 양도하고 가지급금을 상계한 인물
• 주식회사 N: 특허권 자본화 컨설팅 기법을 개발하여 홍보하고, 이 사건 특허권 감정평가를 의뢰한 회사
• 주식회사 O: 이 사건 특허권의 사업가치를 11억 1천만 원으로 평가한 감정평가 회사

분쟁 상황

원고인 주식회사 A는 2016년에 대표이사 B으로부터 특허권을 11억 1천만 원에 매입하고 그 대금을 B에게 빌려준 가지급금(주주임원종업원단기대여금)과 상계 처리했습니다. 원고는 이 거래를 B의 기타소득으로 신고하고 세금을 납부했습니다. 그러나 피고인 충주세무서장은 정기감사 과정에서 이 특허권 매입이 실질적인 사업 목적이 아닌 B의 가지급금을 정리하기 위한 가장된 행위라고 판단했습니다. 이에 따라 세무서장은 2019년 8월 1일 원고에 대해 2017년 귀속 법인세 7,129,030원(가산세 포함)을 부과하고, B에게 2016년 귀속 소득금액 1,110,000,000원에 대한 소득금액변동통지처분을 했습니다. 이에 주식회사 A는 세무서의 처분이 위법하다고 주장하며 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지처분의 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

회사가 대표이사로부터 특허권을 매수하여 가지급금을 상계한 행위가 실제 사업 목적의 유효한 거래인지 아니면 가지급금 처리를 위한 가장행위(통정허위표시)로서 무효인지 여부가 쟁점이 되었습니다. 이는 실질과세의 원칙을 적용하여 과세할 수 있는지와 관련된 핵심 문제입니다.

법원의 판단

법원은 주식회사 A의 항소를 기각하고, 피고인 충주세무서장이 주식회사 A에 내린 법인세 부과처분 및 B에 대한 소득금액변동통지처분이 모두 적법하다고 판단했습니다. 즉, 원고가 대표이사 B으로부터 특허권을 양수한 행위는 가지급금 채권 처리만을 목적으로 한 사법상 가장행위로서 무효라고 보았습니다.

결론

법원은 주식회사 A가 대표이사 B으로부터 특허권을 양수한 것이 특허권 양수의 법률 효과를 의도한 것이 아니라 오로지 B에 대한 가지급금 채권의 처리만을 목적으로 이루어진 '가장행위'에 해당하여 무효라고 판단했습니다. 그 근거는 다음과 같습니다. 첫째, 특허권 연구보고서가 추상적인 아이디어 수준이었고 실제 연구 진행을 뒷받침할 증거가 부족했으며, 11억 원이 넘는 가치를 가진 특허권 개발 자료를 분실했다는 B의 진술은 납득하기 어려웠습니다. 둘째, 특허권 감정평가서의 신빙성이 매우 낮다고 보았습니다. 감정평가가 '특허권 자본화' 컨설팅 회사인 N의 의뢰로 이루어졌고, 객관적인 자료가 아닌 원고의 사업계획서 등을 참고하여 평가된 점, 평가금액이 원고 순이익의 91배에 달하는 등 비정상적으로 높았던 점, 그리고 감정평가 이전에 이미 매매금액과 동일한 액수로 계약서가 작성된 점 등을 이유로 감정평가 자체가 가장행위의 외관을 꾸미기 위한 것으로 보았습니다. 셋째, 원고가 특허권을 취득한 지 약 7년이 넘도록 이를 이용한 상품을 제작하는 등 사업을 진행한 정황이 전혀 확인되지 않았습니다. 넷째, B이 원고의 대표이사 겸 사실상 1인 주주로서 회사와 자신 사이의 계약 외관을 만들기 용이한 지위에 있었고, 특허 등록 10일 만에 감정평가 결과도 나오기 전에 거액으로 계약을 체결하는 등 특허권의 실제 가치를 전혀 고려하지 않았다고 판단했습니다. 이러한 사정들을 종합하여, 이 사건 계약은 통정허위표시에 해당하여 무효이므로 이를 전제로 한 피고의 세금 부과 처분은 적법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 주로 '실질과세의 원칙'과 '통정한 허위의 의사표시(가장행위)'에 대한 법리를 중심으로 판단되었습니다. 국세기본법 제14조(실질과세의 원칙)는 조세 회피를 목적으로 실질과 다른 형식이나 외관을 취하는 경우, 그 형식에 관계없이 실질에 따라 과세해야 한다는 원칙입니다. 이는 조세법률주의와 상호보완적인 관계를 가지며, 부당한 조세 회피를 규제하여 과세의 형평을 제고하는 데 목적이 있습니다. 법원은 이 사건 특허권 양수 행위가 외형상 유효한 거래였지만, 그 실질은 가지급금 채권 처리만을 위한 것이었기에 실질과세의 원칙을 적용하여 과세 처분이 적법하다고 보았습니다. 민법 제108조(통정한 허위의 의사표시)는 상대방과 짜고 한 거짓된 의사표시는 무효로 본다는 규정입니다. 이 사건에서 법원은 원고와 대표이사 B 사이의 특허권 양도 계약이 오로지 가지급금 처리를 목적으로 한 가장행위, 즉 민법상 통정허위표시에 해당하여 무효라고 판단했습니다. 이처럼 세법과 민법의 규정이 상호 보완적으로 적용되어 거래의 실질을 판단하는 근거가 되었습니다. 또한, 피고는 법인세법 제52조 제1항(부당행위계산의 부인)을 선택적 주장으로 제시했는데, 이는 법인이 특수관계인과의 거래를 통해 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우, 그 행위를 부인하고 소득금액을 다시 계산할 수 있도록 하는 규정입니다. 이 사건에서는 가장행위로 판단되어 이 규정까지 나아가 판단할 필요는 없었으나, 특수관계인 간의 거래에서는 부당행위계산 부인 규정의 적용 가능성도 항상 염두에 두어야 합니다.

참고 사항

회사가 특수관계인, 특히 대표이사나 대주주로부터 자산(특허권 등 무형자산 포함)을 취득하는 거래를 할 때는 과세당국으로부터 엄격한 심사를 받을 가능성이 매우 높습니다. 따라서 다음과 같은 사항들을 철저히 준비하고 유의해야 합니다. 첫째, 거래의 '실질'이 중요합니다. 거래의 외형뿐만 아니라 실제로 사업 목적이 분명하고 경제적 실질이 존재하는지 입증할 수 있어야 합니다. 가령, 특허권을 매수했다면 해당 특허권을 사업에 활용하려는 구체적인 계획과 실행이 동반되어야 합니다. 둘째, 자산의 가치 평가에 대한 객관적이고 신뢰할 수 있는 자료를 충분히 확보해야 합니다. 감정평가는 독립적이고 전문적인 기관에 의뢰하고, 평가 과정에서 제출되는 자료는 회사의 실제 재무 상태와 사업 현황을 정확히 반영해야 합니다. 특히, 가지급금 정리 등 특정 목적을 위한 컨설팅 회사를 통해 진행된 감정평가는 그 신뢰성을 의심받을 수 있습니다. 셋째, 거래 시점에 작성되는 모든 서류(계약서, 연구보고서, 감정평가서 등)는 그 내용과 작성일자가 상호 일치하고 합리적이어야 합니다. 감정평가 이전에 이미 평가액과 일치하는 매매금액으로 계약서를 작성하거나, 사후적으로 계약서 작성일자를 변경하는 행위는 거래의 진정성을 해치는 주요 증거가 될 수 있습니다. 넷째, 취득한 자산을 실제 사업에 활용한 증거를 지속적으로 확보해야 합니다. 고액을 들여 특허권을 매수했음에도 수년 동안 상품화나 사업 활용이 전혀 이루어지지 않는다면, 이는 해당 거래가 사업 목적이 아닌 다른 의도를 가졌다는 강력한 증거가 될 수 있습니다.