주택도시공사 집단에너지사업 부가가치세 과세 다툼

서울주택도시공사가 서울특별시로부터 집단에너지 공급사업 관리 업무를 위탁받아 수행하면서 발생한 부가가치세 과세와 매입세액 공제에 대한 판결입니다. 서울주택도시공사는 위탁수수료만 과세표준으로 신고했으나, 세무당국은 사업비 전체를 과세표준에 포함하여 부가가치세를 부과했습니다. 또한 사업자등록 정정 이력으로 인해 매입세액 공제가 거부되었습니다. 대법원은 사업비가 과세표준에 포함되는 것은 맞지만, 과세사업자가 면세사업자로 등록을 정정했더라도 기존 과세사업자 등록의 효력이 사라지는 것은 아니므로 매입세액 공제를 부인한 원심 판단은 잘못되었다고 보아 해당 부분을 다시 심리하도록 파기 환송했습니다. 서울지방국세청장의 통지는 행정소송의 대상이 되지 않는다고 판단하여 관련 상고는 기각되었습니다.

관련 당사자

• 서울주택도시공사 (원고, 상고인): 서울특별시가 전액 출자하여 설립된 지방공사로 서울 강서구 및 노원구 등에서 다수의 사용자에게 열 또는 열과 전기를 생산·공급하는 집단에너지 공급사업 관련 업무를 위탁받아 수행했습니다.
• 서울특별시 (원고보조참가인): 서울주택도시공사를 전액 출자하여 설립했으며 서울주택도시공사에 집단에너지 공급사업 업무를 위탁했습니다.
• 양천세무서장, 서울지방국세청장 (피고, 피상고인): 서울주택도시공사에 부가가치세를 부과하고 관련 세무조사를 실시한 과세관청입니다.

분쟁 상황

서울주택도시공사는 1988년 서울특별시가 전액 출자하여 설립된 지방공사입니다. 2002년 1월 1일 서울특별시와 '집단에너지 공급사업 업무 위·수탁 협약'을 체결하고 서울 강서구 및 노원구 등에서 집단에너지 공급사업 관리 업무를 수행하기 시작했습니다. 2006년부터 2012년까지 서울주택도시공사는 서울특별시로부터 사업비(재료비, 인건비, 경비, 지역난방 건설비)와 위탁수수료(인건비와 경비의 3%)를 받았습니다. 그러나 서울주택도시공사의 본점은 위탁수수료 부분만을 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고했고, 서울 양천구에 설치된 사업단은 위 사업을 면세사업으로 보아 부가가치세를 신고하지 않았습니다. 사업자등록 과정에서도 혼선이 있었습니다. 사업단은 2002년 1월 4일 면세사업자로 등록했다가, 2002년 4월 18일 과세사업자로 정정 등록했습니다. 이후 2003년 6월 9일 피고 양천세무서장이 부가가치세를 환급해주자 2003년 6월 12일 다시 면세사업자로 정정 등록했습니다. 2013년 6월 및 10월, 피고 양천세무서장은 서울지방국세청장의 세무조사 결과를 토대로 서울주택도시공사가 사업비를 부가가치세 과세표준에서 누락했다고 보아 2006년 제1기부터 2012년 제2기까지의 부가가치세(가산세 포함)를 부과했습니다. 서울주택도시공사는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 했고 2017년 12월 7일 재조사결정을 받았습니다. 하지만 서울지방국세청장은 2018년 1월 10일 재조사 결과 기존 과세가 정당하다는 통지를 했습니다. 이에 서울주택도시공사는 다시 심판청구를 제기했고 2018년 12월 21일 조세심판원은 가산세 부분을 취소하고 본세 부분은 유지하는 일부 인용결정을 내렸습니다. 이후 서울주택도시공사는 법원에 소송을 제기하여 상고심까지 진행하게 되었습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음 네 가지입니다.

1. 서울지방국세청장의 재조사 결과 통지가 행정소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는지 여부.
2. 조세심판원의 재조사결정에도 불구하고 과세처분이 그대로 유지된 것이 재조사결정의 기속력을 위반한 것인지 여부.
3. 서울주택도시공사가 서울특별시로부터 받은 집단에너지 사업비(재료비, 인건비, 경비, 지역난방 건설비)가 부가가치세 과세표준에 포함되어야 하는지 여부.
4. 서울주택도시공사가 과세사업자에서 면세사업자로 사업자등록을 정정(변경)한 이후 발생한 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부 즉 기존 과세사업자 등록의 효력이 정정신고로 인해 소멸하는지 여부.

법원의 판단

대법원은 다음과 같이 판결했습니다.

1. 원고가 서울지방국세청장을 상대로 제기한 상고를 기각했습니다. 서울지방국세청장의 '재조사 결과 통지'는 기존 과세처분을 유지하겠다는 뜻을 알려주는 것에 불과하여 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로 이 부분 소송은 부적법하다고 보았습니다.
2. 원심판결 중 피고 양천세무서장에 관한 부분을 파기하고 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송했습니다. 가. 조세심판원의 재조사결정 이후에도 최초 부과처분이 유지되었더라도 재조사결정의 기속력을 위반했다고 볼 수 없다고 판단한 원심판결은 정당합니다. 나. 서울주택도시공사가 서울특별시로부터 지급받은 집단에너지 사업비가 용역의 공급대가로서 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다고 판단한 원심판결은 정당합니다. 다. 원심은 서울주택도시공사가 2003년 6월 12일 면세사업자로 사업자등록정정신고를 함으로써 기존 과세사업자 사업자등록의 효력이 소멸하였다는 잘못된 전제 아래 이 사건 용역 관련 매입세액 공제를 거부했습니다. 그러나 대법원은 과세사업자가 면세사업자로 변경하는 내용의 사업자등록정정신고를 수리했더라도 사업자가 계속 과세사업을 영위하고 있다면 기존 과세사업자 등록의 효력이 소멸하지 않는다고 보았습니다. 따라서 그 이후 발생한 매입세액도 '사업자등록 전 매입세액'에 해당하지 않아 공제가 가능하다고 보아 관련 법리를 오해한 원심판결을 파기했습니다.

결론

대법원은 서울주택도시공사가 서울지방국세청장을 상대로 제기한 소송은 부적법하다고 최종 결정했습니다. 반면 양천세무서장의 부가가치세 부과처분 중 사업비의 과세표준 포함과 재조사결정 기속력 위반 여부에 대한 판단은 정당하다고 보았습니다. 하지만 과세사업자가 면세사업자로 등록을 정정했더라도 기존 과세사업자 등록의 효력은 유지되므로 그 이후 발생한 매입세액을 공제해야 한다는 새로운 법적 해석을 내놓으며 매입세액 공제 부분에 대한 원심판결을 파기하고 서울고등법원으로 돌려보냈습니다. 이로써 서울주택도시공사는 매입세액 공제와 관련하여 다시 심리받을 기회를 얻게 되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련된 주요 법령 및 법리는 다음과 같습니다.

1. 부가가치세법상 사업자등록 의무 및 정정신고:
   • 구 부가가치세법 제5조 제1항은 부가가치세 납세의무 있는 과세사업자에게 사업자등록 의무를 부과하며 면세사업자는 등록 의무가 없습니다.
   • 구 부가가치세법 제5조 제4항 및 구 부가가치세법 시행령 제11조 제1항은 사업자등록정정신고 의무에 대해 규정하고 있습니다.
   • 대법원은 사업자등록정정신고 사유 중 '사업의 종류에 변동이 있는 때'는 사업자가 영위하는 과세사업의 종류가 변경되는 경우로 한정되며, 과세사업자가 면세사업으로 변경되는 경우까지 포함한다고 보지 않습니다.
   • 또한 구 부가가치세법 시행령 제7조 제8항은 면세사업자가 추가로 과세사업을 영위하고자 할 때 사업자등록정정신고를 제출하면 등록신청을 한 것으로 본다고 규정하지만, 과세사업자가 면세사업을 영위하기 위해 정정신고를 제출한 경우의 법적 효과에 대해서는 별도의 규정이 없습니다.
2. 사업자등록의 법적 성격:
   • 부가가치세법상의 사업자등록은 단순히 사업 사실을 신고하는 것에 해당합니다. 관할세무서장이 사업자등록증을 교부하거나 말소하는 것은 등록 사실을 증명하거나 폐업 사실을 기재하는 행위에 불과하며 그 자체로 사업자로서의 법적 지위에 변동이 생기는 것은 아닙니다.
   • 따라서 과세관청이 과세사업자에서 면세사업자로 변경하는 내용의 사업자등록정정신고를 수리하고 면세사업자 등록증을 발급했더라도, 만약 해당 사업자가 계속하여 과세사업을 영위하고 있었다면 기존 과세사업자 등록의 효력이 소멸된다고 볼 수 없습니다.
3. 매입세액 불공제 규정 (구 부가가치세법 제17조 제2항 제5호/제7호)​:
   • 이 조항은 '사업자등록을 하기 전의 매입세액'을 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정합니다. 대법원은 여기서 '등록을 하기 전의 매입세액'은 적법한 사업자등록 신청을 하기 전의 매입세액을 의미한다고 해석합니다.
   • 그러므로 이미 적법하게 과세사업자로 등록하고 부가가치세 과세사업을 계속 영위하고 있는 사업자가 과세관청의 잘못된 사무 처리로 인해 면세사업자로 변경하는 내용의 사업자등록정정신고가 수리되었다 하더라도, 그 이후에 발생한 매입세액을 '등록 전 매입세액'에 해당한다고 보아 공제를 거부할 수는 없습니다. 이는 명확한 법적 근거 없이 사업자에게 불이익을 주는 것이기 때문입니다.
4. 행정소송의 대상 (항고소송)​:
   • 행정소송법상 '행정처분'은 국민의 권리 의무에 직접적인 영향을 미치는 행정기관의 구체적인 행위를 의미합니다.
   • 단순히 세무조사 결과에 따라 기존 과세처분을 유지하겠다는 취지의 통지는 국민의 법적 지위에 직접적인 변동을 가져오는 행정처분으로 볼 수 없으므로, 이러한 통지에 대한 취소 청구는 항고소송의 대상이 될 수 없어 부적법합니다.
5. 재조사결정의 기속력:
   • 조세심판원의 재조사결정은 과세관청으로 하여금 해당 사항에 대해 다시 조사하여 그 결과를 반영하라는 취지입니다. 재조사 결과 기존 과세처분이 그대로 유지되었다고 해서 반드시 재조사결정의 기속력을 위반했다고 단정할 수는 없습니다. 중요한 것은 재조사가 충실히 이루어졌는지 여부입니다.

참고 사항

유사한 문제 상황에 처했을 경우 다음 사항들을 참고할 수 있습니다.

• 공기업이나 지방공사가 다른 기관으로부터 업무를 위탁받아 수행하는 경우 수수료뿐만 아니라 총 사업비 전체가 부가가치세 과세표준이 될 수 있으므로 계약 체결 시 과세 여부를 명확히 확인하고 세무 처리에 주의를 기울여야 합니다.
• 사업자등록의 종류(과세사업자, 면세사업자)를 변경할 때는 신중해야 합니다. 과세사업자가 면세사업자로 등록을 정정하더라도 해당 사업자가 실제로 계속 과세사업을 영위하고 있다면 기존 과세사업자 등록의 효력은 유지될 수 있습니다.
• 사업자등록 정정 이후에도 해당 사업이 계속 과세사업에 해당한다면 그와 관련된 매입세액은 공제받을 수 있습니다. 세무당국이 사업자등록 정정 사실만을 이유로 매입세액 공제를 거부한다면 해당 처분의 적법성을 다툴 여지가 있습니다.
• 과세관청의 세무조사 결과 통지나 재조사 결과 통지 등은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아닐 수 있습니다. 행정소송을 제기하기 전 소송의 대상이 되는 적법한 행정처분인지 여부를 반드시 확인해야 합니다.
• 조세심판원의 재조사결정은 과세관청에게 재조사를 명령하는 것이지 반드시 과세처분을 취소하라는 의미는 아닙니다. 재조사 결과 기존 과세처분이 정당하다고 판단될 수도 있습니다.