지방세법 개정 후 법인세 이월공제 지방소득세 적용 여부 사건

법인세 세액공제 또는 이월공제 대상인 연구인력개발비 등 세액공제를 최저한세 미달 등으로 사용하지 못한 법인이 지방세법 개정으로 과세체계가 독립세 방식으로 변경된 후, 이전 사업연도의 법인세 이월공제 효과가 법인지방소득세에도 미친다고 주장하며 경정청구를 하였으나 지방자치단체가 이를 거부한 사안입니다. 대법원은 개정된 지방세법의 경과규정에서 말하는 '종전의 규정'은 개정 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 의미하므로, 구 조세특례제한법에 따른 법인세 이월공제를 법인지방소득세에 적용할 수 없다고 판단했습니다.

관련 당사자

• A 주식회사: 연구인력개발비 등 지출 후 법인세 이월공제 대상이었던 법인으로, 지방세법 개정 후 법인지방소득세 경정청구를 한 원고
• 이천시장, 성남시 분당구청장: A 주식회사의 법인지방소득세 경정청구를 거부한 지방자치단체이자 피고
• 행정안전부장관: 피고 측에 소송참가인으로 참여하여 상고한 주체

분쟁 상황

원고 A 주식회사는 2009년부터 2013년 사업연도에 연구인력개발비 등 이 사건 연구비 등을 지출하여 구 조세특례제한법 제144조 제1항 등에 따른 법인세 세액공제 또는 이월공제 대상이었습니다. 그러나 최저한세 미달 등으로 이 세액공제액을 해당 사업연도 법인세에서 모두 공제받지 못했습니다. 2014년 1월 1일 지방세법이 개정되면서 내국법인의 소득에 대한 지방세 과세체계가 법인세액을 과세표준으로 하는 부가세 방식에서 법인세의 과세표준을 과세표준으로 하는 독립세 방식으로 변경되었습니다. 원고는 2014년부터 2017년 사업연도에 법인세는 이월공제를 적용하여 신고납부했지만, 법인지방소득세는 독립세 방식으로 변경된 과세체계로 인해 이월공제를 적용하지 않았습니다. 이후 원고는 개정 지방세법 부칙 제15조의 경과규정을 근거로, 이 사건 연구비 등 관련 법인세 이월공제의 효과가 같은 기간 법인지방소득세에도 미쳐야 한다고 주장하며 2018년 10월 8일 당초 신고납부한 법인지방소득세액의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였습니다. 하지만 이천시장과 성남시 분당구청장은 2018년 10월 30일과 11월 2일에 각각 이를 거부하는 처분을 내렸습니다.

핵심 쟁점

구 지방세법에서 '법인세액'을 과세표준으로 하던 지방소득세 법인세분이 개정 지방세법에서 '법인세의 과세표준'을 과세표준으로 하는 독립세 방식의 법인지방소득세로 변경된 후, 개정 지방세법 부칙 제15조의 '종전의 규정'이 구 조세특례제한법상 법인세 이월공제 규정까지 포함하는지 여부 및 이를 근거로 법인세 이월공제를 법인지방소득세에 적용할 수 있는지 여부가 핵심 쟁점입니다.

법원의 판단

대법원은 원심판결을 파기하고 사건을 수원고등법원에 환송했습니다. 대법원은 개정 지방세법 부칙의 '종전의 규정'은 개정 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 의미하며, 구 조세특례제한법상 법인세 이월공제 규정은 해당하지 않는다고 보았습니다. 따라서 2014년부터 2017년 사업연도 법인지방소득세에 대하여 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수 없다고 판단했습니다.

결론

대법원은 지방세법 개정에 따른 경과규정의 해석에 있어 원심이 법리를 오해하여 판결에 영향을 미쳤다고 보아, 원심판결을 파기하고 사건을 수원고등법원으로 돌려보내 다시 심리하도록 했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건의 주요 쟁점은 세법 개정 시 부칙에 포함된 경과규정의 해석과 기득권 보호 또는 신뢰보호 원칙의 적용 여부였습니다.

1. 지방세법 부칙 제15조 (이 사건 경과규정) 해석: 이 규정은 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'고 되어 있습니다. 대법원은 여기서 '종전의 규정'은 이 사건 개정의 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 의미한다고 보았습니다. 즉, 개정되지 않은 다른 법률(예: 조세특례제한법)의 규정이나 지방세가 아닌 다른 세목(예: 법인세)에 대한 규정은 포함되지 않는다는 것입니다. 따라서 구 조세특례제한법 제144조 제1항 등 법인세 세액공제 규정은 '종전의 규정'에 해당하지 않는다고 판단했습니다.

2. 조세감면의 기득권 내지 신뢰보호 원칙: 대법원은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위해 종전 규정을 적용할 경우가 있더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효했던 종전 규정에서 '장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우까지 특별히 비과세나 면제 또는 과세를 유예한다'는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않다면, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면을 신뢰했더라도 이는 단순한 기대에 불과하며 보호되어야 할 기득권으로 볼 수 없다고 보았습니다. 구 조세특례제한법 제144조 제1항 등은 법인세에 대한 세액공제·이월공제 규정일 뿐, 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면을 직접 정한 규정이 아니었으므로, 이월공제 혜택이 지방소득세에까지 확대 적용될 것으로 기대하는 것은 법적으로 보호받을 신뢰가 아니라는 것이 대법원의 판단입니다.

3. 지방소득세 과세체계의 변화: 지방세법 개정으로 지방소득세가 '법인세액의 10%'를 과세표준으로 하던 부가세 방식에서 '법인세의 과세표준에 세율 10%'를 적용하는 독립세 방식으로 변경되었습니다. 이러한 과세체계의 근본적인 변화는 법인세와 지방소득세의 연관성을 약화시키며, 법인세 감면규정이 지방소득세에 자동으로 적용되지 않음을 시사합니다. 구 지방세법 제89조 제1항, 제94조 제1항은 지방소득세 법인세분의 산출방법만을 규정했을 뿐, 직접적인 조세감면을 명시하지 않았습니다.

참고 사항

세법 개정 시 부칙에 포함된 경과규정의 적용 범위와 해석은 매우 중요합니다. '종전의 규정'이라고 명시된 부분이 모든 관련 법령이나 기존에 존재하던 모든 세액공제 제도를 포괄하는 것이 아닐 수 있습니다. 특히 과세체계가 부가세 방식에서 독립세 방식으로 바뀌는 등 근본적인 변화가 있는 경우에는 기존의 세액공제가 자동으로 새로운 세금에 적용되지 않을 가능성이 큽니다. 납세자는 세법 개정으로 인한 세제혜택의 변화를 면밀히 검토하고, 경과규정이 기존 혜택에 미치는 영향을 정확히 파악해야 합니다. 과거에 발생한 세액공제 이월액이 새로운 세목에 적용될지에 대해서는 해당 세법의 명확한 규정이 없으면 쉽게 인정되지 않을 수 있음을 유의해야 합니다.