세금 · 행정
대한지방행정공제회는 회원들에게 퇴직급여 및 한아름목돈예탁급여를 지급하면서 부담금에 더해 '부가금'을 지급해 왔습니다. 공제회는 이 부가금을 수익사업의 이자비용으로 보아 법인세 계산 시 손금(비용)으로 인정해달라고 용산세무서에 경정청구를 했으나 거부당했습니다. 공제회는 이에 불복하여 소송을 제기했고, 1심과 2심 법원은 부가금의 성격이 이자비용과 유사하므로 수익사업의 손금으로 인정해야 한다고 판단하여 세무서의 처분이 위법하다고 보았습니다. 그러나 대법원은 비영리법인의 고유목적사업(급여사업)에 지출된 부가금은 수익사업의 소득을 얻기 위해 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 수익사업의 손금으로 직접 산입할 수 없다고 판단했습니다. 대법원은 이러한 부가금은 고유목적사업준비금으로 계상하여 법이 정한 한도 내에서 손금으로 인정받아야 하며, 고유목적사업과 수익사업을 엄격히 구분해야 한다는 법리를 재확인하며 원심 판결을 파기하고 사건을 서울고등법원으로 돌려보냈습니다.
대한지방행정공제회는 회원들이 납부한 퇴직급여 부담금 및 한아름목돈예탁급여 부담금을 재원으로 투자 수익을 얻고, 회원들에게 부담금에 더해 약정된 '부가금'을 합산하여 급여로 지급했습니다. 2010 사업연도 법인세 신고 시, 공제회는 지급준비금 전입액 중 일부를 고유목적사업준비금으로 계상하고 한도액을 초과하는 1,211,891,270원을 손금불산입하여 신고했습니다. 이후 2014년 3월 27일, 공제회는 퇴직급여준비금 및 한아름목돈예탁급여준비금 명목의 '부가금' 합계 235,948,158,220원을 수익사업의 이자비용으로 보고, 손금으로 인정하여 당초 손금불산입했던 부분에 대한 법인세 374,972,628원을 환급해달라는 경정청구를 용산세무서장에게 제출했습니다. 용산세무서장은 2014년 5월 15일, 공제회의 공제사업은 수익사업에 해당하지 않으며, 고유목적사업 부문에서 지출한 비용인 부가금을 수익사업 부문의 손금으로 처리할 수 없다는 이유로 공제회의 경정청구를 거부했습니다. 공제회는 이 거부처분이 부당하다고 보고 소송을 제기하면서 법적 분쟁이 시작되었습니다.
비영리법인이 고유목적사업인 급여사업을 통해 회원들에게 지급하는 '부가금'을 법인세법상 수익사업의 이자비용으로 보아 손금으로 인정할 수 있는지 여부
대법원은 원심 판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하도록 서울고등법원에 돌려보냈습니다.
대법원은 비영리법인이 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업에 지출하는 경우, 특별한 사정이 없다면 이를 수익사업의 소득을 얻기 위해 지출한 비용으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 따라서 이러한 지출은 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액 범위 안에서만 손금에 산입할 수 있으며, 이와 별도로 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입하는 것은 허용되지 않는다고 보았습니다. 구체적으로, 대한지방행정공제회의 급여사업은 고유목적사업에 해당하며, 이 사건 부가금은 고유목적사업에 지출된 것이므로 수익사업과 관련된 비용으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 만약 부가금을 수익사업의 손금으로 모두 인정한다면, 법인세법상 고유목적사업준비금에 대한 손금산입 한도액 규정의 의미가 없어진다고 지적했습니다. 또한, 구분경리 원칙에 따라 고유목적사업의 비용은 비수익사업 회계에 기장되어야 하며, 회원들이 부가금을 이자소득으로 과세받는다 해도 법인이 수익사업의 손금으로 반드시 인정받는 것은 별개의 문제라고 보았습니다.
이 사건은 비영리법인의 법인세 신고와 관련된 중요한 법리를 다루고 있습니다.
구 법인세법 제3조 (법인세 납세의무): 비영리법인은 그 사업연도의 소득 중에서 '수익사업'에서 생기는 소득에 대해서만 법인세를 내도록 규정하고 있습니다. 이는 비영리법인의 고유목적사업과 수익사업을 명확히 구분하여, 수익사업에서 발생한 이익에 대해서만 과세하겠다는 법인세법의 기본적인 태도를 보여줍니다.
구 법인세법 제113조 제1항 (구분경리): 비영리법인이 수익사업을 운영하는 경우, 자산, 부채, 손익을 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(고유목적사업)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 장부를 기록하도록 하고 있습니다. 이 규정은 수익사업에서 발생한 소득이 고유목적사업의 손실을 보전하거나 고유목적사업의 비용을 줄이는 데 사용될 수 없다는 회계 처리의 기본 원칙을 세운 것입니다.
구 법인세법 제29조 제1항 (고유목적사업준비금의 손금산입): 비영리법인이 고유목적사업 등에 지출하기 위해 고유목적사업준비금을 설정하고 이를 회계상 손금으로 계상한 경우, 법이 정한 일정 한도액 범위 안에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금으로 인정해주는 규정입니다. 대법원은 이 규정의 취지를 비영리법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하되, 해당 준비금이 고유목적사업 등에 실제로 지출될 것을 전제로 과세를 일시적으로 미루는 (과세 이연) 것이라고 설명했습니다. 따라서 이 규정을 통해 고유목적사업 관련 지출에 대한 세제 혜택을 주지만, 동시에 한도를 두어 무분별한 손금 산입을 제한하고 있습니다.
대법원은 이러한 법규정들의 문언과 체계, 그리고 입법 취지를 종합적으로 고려하여, 비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업에 지출하더라도, 특별한 사정이 없는 한 이를 수익사업의 소득을 얻기 위해 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액 범위 안에서만 손금에 산입할 수 있을 뿐이며, 이를 별도로 수익사업의 비용으로 보아 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없다고 판단했습니다.
비영리법인은 고유목적사업과 수익사업의 회계를 명확히 구분하여 관리하는 것이 중요합니다. 법인세법상 고유목적사업을 위한 지출은 원칙적으로 수익사업의 비용으로 인정받기 어렵습니다. 고유목적사업에 지출되는 준비금은 법인세법에서 정한 '고유목적사업준비금'으로 설정하고, 그 법정 한도 내에서만 손금으로 인정받을 수 있습니다. 설령 회원들이 받는 이익이 이자소득으로 과세되더라도, 이를 지급하는 비영리법인의 수익사업 비용으로 자동적으로 인정되는 것은 아니므로, 지출의 성격과 법인세법 규정을 면밀히 검토해야 합니다.
