세금 · 행정
이 사건은 환경관리공단(이후 한국환경공단으로 승계된 원고)이 환경오염방지사업을 수행하며 공급한 재화나 용역이 부가가치세 면세 대상인지를 두고 벌어진 분쟁입니다. 원고는 자신들이 수행한 사업이 고유의 목적을 위해 실비로 공급된 것이므로 부가가치세를 면제받아야 한다고 주장했습니다. 반면, 피고인 세무서는 원고가 공급한 재화나 용역이 실비로 공급된 것이 아니라고 보아 부가가치세를 경정·고지했습니다. 또한, 피고는 원고가 정부로부터 받은 업무대행사업비에서 발생한 이자소득에 대한 익금 및 손금 산입, 기납부세액 공제를 부인하고, 정부출연금을 수익사업의 익금에 산입해야 한다고 주장했습니다.
판사는 부가가치세 면제 여부를 개별 재화나 용역의 공급을 기준으로 판단해야 한다고 보았습니다. 원심은 사업 분야별로 실비 공급 여부를 판단했지만, 이는 개별 계약 내용과 사업의 기간, 내용 등이 다르기 때문에 합리적이지 않다고 판단했습니다. 따라서 원심의 이러한 판단은 잘못되었다고 보고, 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 파기하고 원심법원에 환송했습니다. 법인세와 관련해서는 원고의 상고이유를 받아들이지 않았습니다. 결론적으로, 부가가치세 부과처분에 관한 부분은 파기하고 환송하며, 나머지 상고는 기각했습니다.
