미등기 주택 소유 논란으로 인한 양도세 부과 사건

원고는 서울의 빌라를 고가주택으로 양도하고 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 양도소득세를 신고 납부했습니다. 그러나 세무당국은 원고가 전남 신안군에 미등기 주택을 추가로 소유하고 있어 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 못한다고 판단, 약 2억 8천만원의 양도소득세를 부과했습니다. 이에 원고는 미등기 주택은 자신의 소유가 아니라고 주장하며 세금 부과 처분 취소를 요구했으나, 법원은 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 서울 용산 빌라를 10억 3천만원에 양도하고 1세대 1주택 비과세를 주장한 사람.
• 피고 목포세무서장: 원고의 1세대 1주택 비과세 요건 미충족을 이유로 2019년 귀속 양도소득세 285,131,030원(가산세 포함)을 부과한 기관.
• 망 G 및 그의 상속인(K 등): 원고가 소유권을 부인한 전남 신안군 미등기 주택 부지의 소유자들.

분쟁 상황

원고는 2019년 9월 서울 용산의 빌라를 10억 3천만원에 양도한 후, 해당 빌라가 1세대 1주택에 해당한다고 보아 고가주택 양도차익 계산 규정을 적용하여 2,122,464원의 양도소득세를 신고·납부했습니다. 그러나 광주지방국세청의 감사 결과, 원고가 전남 신안군에 미등기 주택을 추가로 소유하고 있음이 확인되었고, 이에 목포세무서장은 2021년 2월 원고에게 2억 8천만원이 넘는 양도소득세를 부과했습니다. 원고는 미등기 주택이 자신의 소유가 아니라 망 G의 소유이며 자신은 단지 무상으로 사용했을 뿐이라고 주장하며 이의신청과 심판청구를 제기했지만 모두 기각되자, 결국 법원에 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

원고가 서울 용산 빌라 외에 전남 신안군에 미등기 주택을 추가로 소유하고 있어 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 못하는지 여부입니다. 특히 해당 미등기 주택의 실제 소유주가 원고인지 아니면 원고가 무상으로 사용한 망 G의 소유인지가 핵심 쟁점이었습니다.

법원의 판단

법원은 원고가 전남 신안군에 미등기 주택을 소유하고 있었다고 판단하여 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 못하므로, 피고인 목포세무서장의 양도소득세 부과 처분은 정당하다고 보아 원고의 청구를 기각했습니다. 소송비용은 원고가 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 미등기 주택의 건축물대장에 원고가 건축주로 기재되어 있고 원고가 해당 주택을 직접 개량 및 증축한 사실 등을 근거로 원고가 주택의 실질적 소유자라고 판단했습니다. 1세대 1주택 비과세 요건 충족에 대한 입증 책임이 납세의무자에게 있다는 법리에 따라 원고의 주장이 입증되지 않아 청구가 기각되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 양도소득세 중 1세대 1주택 비과세 요건 충족 여부가 핵심이었습니다.

1. 1세대 1주택 비과세 원칙 (구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항): 원칙적으로 1세대가 1주택을 2년 이상 보유하다 양도하는 경우 양도소득세가 비과세됩니다. 다만, 구 소득세법(2019. 12. 31. 개정 전) 제95조 제3항 및 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 개정 전) 제160조 제1항에 따르면, 실지거래가액이 9억원을 초과하는 고가주택의 경우 9억원을 초과하는 양도차익에 대해서는 양도소득세가 부과됩니다. 이 사건 원고는 서울 빌라를 10억 3천만원에 양도하여 고가주택에 해당하므로, 1세대 1주택이 인정될 경우 9억원을 초과하는 부분에 대해서만 세금이 부과됩니다.

2. '주택'의 정의 (소득세법 제88조 제7호, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항): 소득세법에서 '주택'이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분에 관계없이 '사실상 주거용으로 사용하는 건물'을 의미합니다. 따라서 건축물대장이 없거나 미등기 상태인 주택이라도 실제로 주거용으로 사용되고 있다면 세법상 주택으로 간주됩니다. 이 사건에서도 원고가 소유권을 부인한 전남 신안군의 미등기 주택이 실제로 주거용으로 사용되고 있었으므로, 이 주택의 소유권자가 누구인지가 중요한 쟁점이 되었습니다.

3. 양도소득세 경정 (소득세법 제114조): 세무당국은 납세자가 신고한 양도소득세액이 사실과 다를 경우 세액을 다시 계산하여 고지(경정)할 수 있습니다.

4. 입증 책임의 원칙: '1세대 1주택과 이에 부수되는 토지'에 해당하여 양도소득세 비과세 요건을 충족한다는 사실에 대한 입증 책임은 특별한 사정이 없는 한 '납세의무자에게' 있습니다. 즉, 원고가 자신이 1세대 1주택 요건을 충족했음을 객관적인 자료로 증명해야 합니다. 법원은 원고가 제출한 증거만으로는 미등기 주택이 원고의 소유가 아니라는 점을 입증하기 어렵다고 판단했습니다.

참고 사항

유사한 상황에 처한 경우, 다음과 같은 점들을 참고해야 합니다.

1. 소유권 입증 자료 확보: 미등기 주택이라 하더라도 건축물대장, 사용 승낙서, 건축 당시의 계약서, 비용 지불 내역 등 소유권을 증명할 수 있는 객관적인 자료를 명확히 갖추어야 합니다.
2. 주택의 정의: 소득세법상 '주택'은 허가 여부나 공부(공적 장부)상의 용도 구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 의미합니다. 따라서 미등기 주택이거나 건축물대장이 말소된 주택이더라도 실제로 주거용으로 사용된다면 주택으로 간주되어 양도소득세 부과 시 주택 수에 포함될 수 있습니다.
3. 개량 및 증축 시 유의: 타인의 소유라고 주장하는 주택에 대해 본인이 직접 상당한 비용을 들여 개량하거나 증축하는 행위는 실제 소유자로 인정될 수 있는 중요한 근거가 될 수 있습니다. 무상 사용을 주장하는 경우, 이러한 행위에 대한 명확한 동의나 합의 기록이 없다면 소유권 주장의 신뢰도를 낮출 수 있습니다.
4. 주민등록 주소지 정확성: 주민등록 등본상의 주소 변경 내역이나 실제 거주지와의 불일치는 세무 당국이 실질 과세를 판단하는 데 중요한 근거가 될 수 있습니다. 주소지 변경 시 실제 현황을 정확히 반영하는 것이 중요합니다.