세금 · 행정
민간투자법에 따라 C고속도로를 건설하고 운영하는 A 주식회사는 사업자금 재조달 과정에서 주주들로부터 후순위 차입금 2,144억 원을 연 13.5%의 이자율로 빌렸습니다. 또한 노후화된 교통관리 및 통행료 징수 시스템, 교량계측관리 시스템 등을 대체하면서 해당 비용을 법인세 신고 시 손금산입했습니다. 그러나 서인천세무서장은 후순위 차입금 이자율 13.5%가 특수관계자 간의 거래로서 경제적 합리성을 결여한 부당행위에 해당한다고 보고, 시가인 당좌대출이자율 4.6%를 초과하는 지급이자를 손금불산입했습니다. 또한 시스템 대체 비용은 임차자산 개량권으로 보아 내용연수를 달리 적용하여 감가상각비를 재계산, 한도 초과액을 손금불산입했습니다. 이에 A 주식회사는 세무서의 법인세 부과 처분이 부당하다며 취소 소송을 제기했고, 법원은 원고의 주장을 받아들여 피고 서인천세무서장의 법인세 부과 처분(가산세 포함)을 모두 취소했습니다.
이 사건 분쟁은 민자고속도로 사업을 수행하는 법인이 자금을 재조달하면서 주주들에게 지급한 후순위 대출 이자와 노후화된 도로 시스템을 교체하며 발생한 비용의 세금 처리 방식을 두고 과세관청과 견해차이가 발생하여 불거졌습니다. 과세관청은 고금리 대출 이자와 시스템 교체 비용의 감가상각 처리 방식이 부당하다고 보아 추가 법인세를 부과했으며, 이에 대해 사업 법인은 자신들의 회계 처리가 합리적이고 정당하다고 주장하며 법적 다툼을 벌였습니다.
첫째, A 주식회사가 특수관계인인 주주들로부터 차입한 후순위차입금의 이자율(연 13.5%)이 경제적 합리성을 결여한 부당행위계산에 해당하여 시가를 초과하는 지급이자를 손금불산입해야 하는지 여부. 둘째, 고속도로 시스템 대체 비용을 감가상각할 때, 세무서가 이를 '임차자산 개량권'으로 보아 잔여 사용수익기간에 균등 상각하고 대체 완료 시 미상각 잔액을 일괄 상각하는 방식이 적법한지 여부.
결과적으로, 법원은 피고 서인천세무서장이 A 주식회사에 부과한 법인세(가산세 포함) 중 후순위차입금 지급이자 손금불산입분과 시스템 대체비용 감가상각비 손금불산입분과 관련된 부분을 모두 취소하는 판결을 내렸습니다.
