종중의 수용 토지 대체취득세 면제 불인정 사건

A종친회는 한국수력원자력의 건설사업으로 인해 토지가 수용된 후 대체 토지를 취득하고 취득세 등을 납부했습니다. 이후 해당 취득이 지방세특례제한법에 따른 취득세 면제 대상이라고 주장하며 납부한 세금의 환급을 울주군수에 요청했으나, 울주군수는 종친회를 '부재부동산 소유자'로 판단하여 환급을 거부했습니다. 이에 A종친회는 거부 처분 취소 소송을 제기했으나 법원은 종중을 사업자로 보고 부재부동산 소유자에 해당한다고 판단하여 종친회의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고 A종친회: 토지를 수용당한 후 대체 토지를 취득하고 취득세 등 감면을 주장한 단체
• 피고 울주군수: A종친회에 대해 취득세 등 경정 거부 처분을 내린 지방자치단체장

분쟁 상황

A종친회는 울산 울주군에 소유했던 약 9,924㎡의 토지가 D 건설사업용으로 수용되어 2019년 6월 19일 보상금을 수령했습니다. 이후 2019년 8월 23일, A종친회는 새로운 임야 약 52,893㎡를 대체 취득하고, 같은 날 취득세 등 총 7,360만 원을 신고·납부했습니다. 그러나 2019년 12월 10일, A종친회는 이 대체취득이 지방세특례제한법 제73조에 따른 취득세 면제 대상이므로 납부한 세금의 환급(경정 청구)을 요청했습니다. 피고 울주군수는 2019년 12월 24일, A종친회가 지방세특례제한법 시행령 제34조 제2항에서 정하는 '부재부동산 소유자'에 해당한다는 이유로 환급을 거부했습니다. 그 이유는 종중이 사업인정고시일(2014년 1월 29일) 이후인 2019년 5월 28일에야 사업자등록(고유번호증)을 했기 때문이었습니다. A종친회는 이 거부 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 했지만 2020년 11월 12일 기각 결정이 내려지자, 법원에 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

토지수용에 따른 대체취득 시 취득세 면제 요건 중 '부재부동산 소유자' 판단 기준에 대한 다툼이었습니다. 특히 종중과 같은 비법인 사단의 경우 '거주자' 요건(대표자의 주민등록 및 거주)과 '사업자' 요건(사업자등록 및 사업수행) 중 어느 것을 적용할 것인지가 쟁점이 되었고, 기존 조세심판원 결정과의 형평성 및 행정의 신뢰보호 원칙 위배 여부도 함께 다루어졌습니다.

법원의 판단

법원은 원고 A종친회의 청구를 기각하며 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다. 즉, 울주군수가 A종친회에 내린 취득세 등 경정 거부 처분은 적법하다고 보았습니다.

결론

법원은 지방세특례제한법 시행령 제34조 제2항의 '부재부동산 소유자' 규정에서 자연인 이외의 부동산 취득 주체는 목적 범위 내에서 사업자등록을 하고 사업을 수행할 수 있는 '사업자'에 해당한다고 해석했습니다. 따라서 종중인 원고 A종친회는 '사업자'로 보아 사업자등록 및 실질적인 사업수행 여부에 따라 부재부동산 소유자 해당 여부가 결정되어야 한다고 판시했습니다. 원고 A종친회가 이 사건 수용토지 위에 사업인정고시일 1년 전부터 사업자등록을 하지 않았고 실제 사업을 수행한 사실도 없으므로, '부재부동산 소유자'에 해당한다고 판단했습니다. 또한, 기존 조세심판원의 일부 결정이 있었더라도 이는 과세관청의 공적인 견해표명으로 볼 수 없고 신뢰보호 원칙이나 자기구속의 법리를 적용하기 어렵다고 보아 원고의 주장을 모두 기각했습니다.

연관 법령 및 법리

지방세특례제한법 제73조 제1항 (토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면)​: 관계 법령에 따라 토지 등이 수용된 자가 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 대체할 부동산을 취득하는 경우 취득세를 면제한다는 규정입니다. 이 조항은 공익사업으로 재산권이 상실된 자에게 세제 혜택을 제공하여 재산권 보상적 성격을 가집니다. 지방세특례제한법 제73조 제2항 및 지방세특례제한법 시행령 제34조 제2항 (감면 예외: 부재부동산 소유자)​: 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 '부재부동산 소유자'가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과하도록 예외를 두고 있습니다. 시행령 제34조 제2항에서는 '부재부동산 소유자'를 사업고시지구 내에 매수·수용되는 부동산을 소유하는 자로서, 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 않거나, 1년 전부터 계속하였더라도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 '거주자 또는 사업자(법인 포함)'로 정의하고 있습니다. 본 사건에서 법원은 종중과 같은 비법인 사단도 목적 범위 내에서 사업자등록을 하고 사업을 수행할 수 있는 '사업자'에 해당한다고 해석하여, 사업자등록 및 실질적인 사업수행 여부가 부재부동산 소유자 판단의 핵심 기준이 되었습니다. 신뢰보호의 원칙 및 행정의 자기구속의 법리: 조세법률관계에서 과세관청의 공적인 견해표명에 대한 납세자의 신뢰를 보호하는 원칙입니다. 그러나 법원은 이 원칙이 적용되려면 과세관청의 명확한 공적 견해표명과 납세자의 정당한 신뢰, 그리고 그에 따른 행위가 있어야 하며, 기존 조세심판원의 일부 결정만으로는 이러한 요건을 충족한다고 보기 어렵다고 판단하여, 이 원칙을 적용하지 않았습니다.

참고 사항

토지수용으로 인한 대체취득 시 취득세 감면을 받으려면 감면 요건을 정확히 확인하고 준비하는 것이 중요합니다. 종중과 같은 비법인 사단은 세법상 '사업자'로 분류될 수 있으므로, 수용되기 전 해당 토지에서 사업자등록을 하고 실제 사업을 수행했는지 여부가 핵심적인 판단 기준이 됩니다. 단순히 종중 대표자의 거주지 요건만으로는 감면을 받기 어려울 수 있습니다. 사업인정고시일 1년 전부터 해당 토지에 사업자등록을 하고 사업을 수행해야 '부재부동산 소유자'로 간주되지 않아 취득세 감면 혜택을 받을 수 있다는 점을 유의해야 합니다. 과거 조세심판원의 일부 결정이 있더라도, 그것이 모든 사례에 적용되는 것은 아니므로, 현재의 법규와 자신의 상황을 정확히 대조하여 적용 가능성을 판단하는 것이 중요합니다. 따라서 미리 사업자등록 여부, 사업수행 여부 등을 확인하고, 필요한 경우 수용 전에 관련 서류를 갖추는 등 적절한 조치를 취하는 것이 중요합니다.