특수관계인 주식 저가 양도에 따른 법인세 부과 취소 사건

A 주식회사가 최대주주의 며느리인 특수관계인에게 비상장 주식을 취득가액과 동일한 저가에 양도하여 법인세 신고를 하였으나, 세무서가 주식의 시가를 재평가하여 부당행위계산 부인 규정을 적용, 법인세를 부과하고 소득금액변동통지를 하였습니다. 이에 A 주식회사는 상속세 및 증여세법 시행규칙상 '최근 3년간 순손익액 가중평균액 산정이 불합리한 경우'에 해당하므로 세무서의 시가 평가 방식이 위법하다고 주장하였고, 법원은 A 주식회사의 주장을 받아들여 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지를 모두 취소하였습니다.

관련 당사자

• 원고 (A 주식회사): 국내외 유가증권 투자 및 자문 목적으로 설립된 회사로, 이 사건 주식을 특수관계인에게 양도한 법인입니다.
• 피고 (삼성세무서장): 원고에게 법인세를 부과하고 소득금액변동통지를 한 세무 당국입니다.
• 특수관계인 (B): 원고의 최대주주 D의 며느리로, 원고로부터 이 사건 주식을 저가에 양수한 사람입니다.
• 이 사건 법인 (C 주식회사): 원고가 특수관계인에게 양도한 비상장 주식의 발행 법인으로, 주식의 시가 평가 대상이 되었습니다.

분쟁 상황

원고 A 주식회사는 2016년 4월 4일 비상장법인 C 주식회사의 주식 20,000주를 5,000,000원에 취득했습니다. 이후 2019년 11월 21일 원고의 최대주주 며느리인 특수관계인 B에게 이 주식 전부를 취득가액과 동일한 5,000,000원에 양도하고, 2020년 3월 31일 관련 양도차익이 없다고 신고하여 법인세를 납부하지 않았습니다. 이에 서울지방국세청은 2021년 7월부터 8월까지 원고의 2019 사업연도 법인세에 대한 조사를 실시하여, 이 사건 주식의 시가를 1주당 48,400원으로 평가하고 특수관계인에 대한 자산 저가 양도에 해당한다고 판단했습니다. 세무 당국은 부당행위계산 부인 규정에 따라 963,000,000원을 익금산입하여 법인세 34,748,121원을 경정하고, 소득자를 B, 소득금액을 963,000,000원으로 하는 소득금액변동통지를 할 예정임을 통지했습니다. 최종적으로 피고는 2021년 11월 19일 2019 사업연도 법인세 34,972,790원(가산세 포함)을 부과하고, 같은 달 25일 소득금액변동통지를 하였습니다. 원고는 이 처분들이 위법하다고 주장하며 법원에 취소 소송을 제기하였습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 특수관계인 간의 주식 양도 거래 시 적용된 비상장주식의 시가 평가 방법의 적법성입니다. 특히 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의3 제1항 제6호에서 정한 사유(기업회계기준상 유가증권·유형자산 처분손익 등 특별손익이 법인세 차감전 손익의 50%를 초과하는 경우)가 있을 때, 구 상증세법 시행령 제56조 제1항에 따른 '최근 3년간 순손익액의 가중평균액'을 기초로 영업권을 평가하여 주식 시가를 산정할 수 있는지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 피고가 원고에게 2021년 11월 19일 한 2019 사업연도 법인세 34,972,790원(가산세 포함)의 부과처분 및 2021년 11월 25일 한 소득자를 B, 소득금액을 963,000,000원으로 하는 소득금액변동통지를 각 취소한다고 판결했습니다. 소송비용은 피고가 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 상속세 및 증여세법 시행규칙 제17조의3 제1항 제6호의 사유가 있는 경우, 즉 기업회계기준상 유가증권·유형자산의 처분손익과 특별손익의 합계액에 대한 최근 3년간 가중평균액이 법인세 차감전 손익에 대한 최근 3년간 가중평균액의 50퍼센트를 초과하는 경우에는 구 상속세 및 증여세법 시행령 제56조 제1항에 따른 과거 순손익액의 가중평균액을 기초로 영업권을 평가할 수 없다고 판단했습니다. 이 사건 법인의 경우 해당 사유가 존재하며, 과거 실적(2016~2018 사업연도 손익)이 미래의 기대 손익을 반영한다고 보기 어려운 특별한 사정이 있으므로, 이 평가 방식에 근거한 세무서의 처분은 위법하다고 결론 내렸습니다. 또한, 대체 평가 방식인 '추정이익 평균액' 자료가 없더라도 원칙적인 평가 방식이 불합리하다면 이를 적용할 수 없다고 보아 원고의 청구를 인용했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 법인세법상 '부당행위계산의 부인'과 상속세 및 증여세법상 '비상장주식의 평가'에 관한 규정들을 주요 법리로 다루고 있습니다.

1. 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인)​ 이 조항은 법인이 특수관계인과의 거래에서 정상적인 거래와 달리 낮은 가액으로 자산을 양도하는 등 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우, 그 소득금액을 계산할 때 해당 거래의 시가를 기준으로 다시 계산할 수 있도록 합니다. 이 사건에서 세무서는 원고가 특수관계인에게 주식을 저가 양도했다고 보아 이 규정을 적용했습니다.

2. 상속세 및 증여세법(구 상증세법) 제63조 제1항 제1호(나)목 및 시행령 제54조(비상장주식의 평가)​ 비상장주식의 1주당 가액은 원칙적으로 '순손익가치(최근 3년간 순손익액의 가중평균액을 국세청장이 정한 이자율로 할인한 가액)'와 '순자산가치(순자산가액을 발행주식총수로 나눈 가액)'를 3과 2의 비율로 가중평균하여 산정합니다. 다만, 법인의 자산총액 중 주식 등의 가액 합계액이 80% 이상인 경우 등 특정 상황에서는 순자산가치만으로 평가하도록 예외를 둡니다. 이 사건 법인의 경우 주식등의 가액 비중이 80% 이상이어서 순자산가치만으로 평가해야 한다는 점에는 다툼이 없었습니다.

3. 구 상증세법 시행령 제55조 제1항, 제3항, 제59조 제2항, 제3항(영업권 평가의 순자산가액 합산)​ 순자산가액을 산정할 때에는 해당 법인의 자산가액에 영업권 평가액을 합산하도록 규정하고 있습니다. 영업권의 평가는 '최근 3년간의 순손익액의 가중평균액의 50%에 상당하는 가액' 등 초과이익금액을 기초로 산정됩니다. 이때 영업권 평가에 사용되는 '최근 3년간의 순손익액 가중평균액'은 시행령 제56조 제1항 및 제2항을 준용하여 평가합니다.

4. 구 상증세법 시행령 제56조 제1항, 제2항 및 시행규칙 제17조의3 제1항 제6호(순손익가치 산정 방법 및 예외)​ 시행령 제56조 제1항은 1주당 순손익가치 산정 시 '1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액'을 계산하는 구체적인 산식을 규정합니다. 시행령 제56조 제2항은 일시적이고 우발적인 사건으로 해당 법인의 최근 3년간 순손익액이 비정상적으로 증가하는 등 '기획재정부령으로 정하는 경우'에는 둘 이상의 신용평가기관 등이 산출한 1주당 추정이익의 평균가액(제2항 가액)으로 할 수 있다고 규정합니다. 시행규칙 제17조의3 제1항 제6호는 시행령 제56조 제2항의 '기획재정부령으로 정하는 경우' 중 하나로 '기업회계기준상 유가증권·유형자산의 처분손익과 특별손익의 합계액에 대한 최근 3년간 가중평균액이 법인세 차감전 손익에 대한 최근 3년간 가중평균액의 50퍼센트를 초과하는 경우'를 명시하고 있습니다.

법원의 판단 기준: 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항 각 호에 규정된 사유가 있다면, 특별한 사정이 없는 한 시행령 제56조 제1항에 따른 과거 3년간의 순손익액 가중평균액을 기초로 순손익가치를 산정할 수 없습니다. 이는 과거의 실적이 미래의 기대수익을 적절히 반영하지 못하여 제1항 가액의 전제가 깨지기 때문이며, 제2항 가액(추정이익 평균액)이 산정되지 않았거나 적용할 수 없는 경우라 하더라도 마찬가지로 제1항 가액을 적용할 수 없다는 법리가 적용되었습니다.

참고 사항

특수관계인 간에 자산을 거래할 때는 반드시 그 시가를 정확하게 평가하고 적용해야 합니다. 특히 비상장주식의 가치 평가 시에는 상속세 및 증여세법에 따른 다양한 평가 기준과 예외 사항들을 면밀히 검토해야 합니다. 법인세법상 부당행위계산 부인 규정은 특수관계인과의 거래에서 세금 회피를 목적으로 시가보다 현저히 낮거나 높은 가액으로 거래한 경우 적용될 수 있습니다. 회사의 과거 사업연도 실적이 일시적이거나 우발적인 요인(예: 유가증권, 유형자산의 대량 처분손익)으로 인해 비정상적으로 증가 또는 감소한 경우, 과거 3년간의 순손익액 가중평균액을 단순 적용하는 것이 불합리하다고 인정될 수 있습니다. 이러한 경우에는 비상장주식의 순손익가치를 평가할 때 다른 합리적인 평가 방법을 모색하거나, 현재가치를 정확히 반영할 수 있는 추가적인 근거 자료를 준비하는 것이 중요합니다. 회사의 사업 목적, 주요 자산 구성, 그리고 해당 사업연도에 발생한 특별한 이익 또는 손실이 미래에도 지속될 가능성이 있는지 여부를 종합적으로 고려하여 시가를 평가해야 합니다. 세무 당국이 특정 평가 방식을 적용하여 과세 처분을 했을 때, 해당 평가 방식이 법령에 정한 예외 사유에 해당하거나 그 적용이 불합리하다는 점을 입증할 수 있는 자료를 충분히 준비해야 합니다.