세금 · 행정
원고는 재건축 대상 주택을 양도하고 양도소득세를 신고했으나, 과세관청은 수년 후 해당 자산을 조합원 입주권 양도로 판단하여 장기보유 특별공제 적용 방식에 이의를 제기하며 양도소득세를 추가 부과했습니다. 원고는 이에 불복하여 과세전적부심사를 청구했지만, 과세관청은 부과제척기간 임박을 이유로 심사 제외 결정을 내리고 과세처분을 강행했습니다. 법원은 과세관청이 정당한 사유 없이 과세 절차를 장기간 지연하여 납세자의 과세전적부심사 기회를 박탈한 것은 중대한 절차적 하자에 해당한다고 보아 양도소득세 부과처분을 취소했습니다.
원고 A는 2018년 재건축 대상 주택을 양도하고 1세대 1주택 고가주택에 적용되는 장기보유 특별공제를 80% 적용하여 양도소득세를 신고 납부했습니다. 그러나 약 5년 6개월 후인 2024년 3월, 관악세무서장은 원고가 조합원 입주권을 양도한 것이므로 관리처분계획 인가 전 양도차익에만 장기보유 특별공제가 적용되어야 한다고 판단하여 양도소득세 및 가산세 471,958,029원의 과세예고 통지를 했습니다. 원고가 이에 대해 과세전적부심사를 청구했으나, 세무서장은 과세예고 통지일로부터 국세부과 제척기간 만료일(2024. 5. 31.)까지 남은 기간이 3개월 이하라는 이유로 심사 제외 결정을 내리고, 원고 주장의 일부를 반영하여 최종적으로 양도소득세 176,944,374원, 가산세 103,192,188원, 합계 280,136,560원의 양도소득세를 부과했습니다. 원고는 이 부과처분이 과세전적부심사의 기회를 박탈한 절차적 하자가 있으며, 변경된 관리처분계획에 따른 평가액을 기준으로 장기보유 특별공제를 적용해야 한다는 실체적 하자가 있다고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기했습니다.
과세관청이 과세예고 통지를 한 시점부터 국세부과 제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하라는 이유로 과세전적부심사 청구를 심사 제외하고 곧바로 과세처분을 한 경우, 이러한 과세처분이 납세자의 절차적 권리를 침해한 중대한 절차적 하자에 해당하는지 여부
피고 관악세무서장이 2024. 5. 1. 원고 A에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 280,136,560원 부과처분(가산세 포함)을 취소한다. 소송비용은 피고가 부담한다.
법원은 과세관청이 원고의 양도소득세 신고 이후 5년 넘게 아무런 후속 절차를 진행하지 않다가 부과제척기간 만료가 임박한 시점에 과세예고 통지를 하고, 이를 이유로 원고의 과세전적부심사 기회를 박탈한 것은 과세관청의 귀책사유로 인한 중대한 절차적 하자에 해당한다고 판단했습니다. 따라서 이러한 절차적 하자가 있는 양도소득세 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 결정했습니다.
국세기본법 제81조의15 (과세전적부심사): 이 조항은 납세자의 권익 보호를 위해 과세관청이 세금을 부과하기 전에 납세자에게 미리 과세예고 통지를 하고, 납세자가 이에 대해 이의를 제기할 경우 과세전적부심사를 거치도록 하는 제도입니다. 이 제도는 세금 부과처분 이전에 납세자가 자신의 주장을 펼칠 기회를 제공함으로써 부당한 과세처분을 사전에 방지하는 중요한 절차적 장치입니다. 국세기본법 제81조의15 제3항: 이 항은 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외 사유들을 규정하고 있습니다. 특히 제3호는 '과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우'를 예외 사유 중 하나로 들고 있습니다. 그러나 대법원 판례(대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두33014 판결 등)는 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자의 과세전적부심사 기회를 박탈하는 경우에는 위 예외 사유에 해당하지 않는다고 엄격하게 해석하고 있습니다. 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 제척기간이 임박해야만 예외를 인정하며, 이에 대한 증명 책임은 과세관청에 있습니다. 국세기본법 제81조의15 제4항, 제6항 및 행정심판법 제36조 제1항, 제40조: 이 조항들은 과세전적부심사 절차의 구체적인 내용과 납세자에게 부여되는 강력한 절차적 보장을 명시하고 있습니다. 예를 들어, 청구 접수 후 30일 이내 결정 통지, 서류 열람권, 국세심사위원회의 심사 과정에서의 증거조사 신청권, 구술심리 신청권 및 원칙 등이 그것입니다. 이러한 절차적 보장은 단순한 의견 개진을 넘어 납세자가 충분히 자신의 입장을 소명하고 과세관청의 결정에 영향을 미칠 수 있는 실질적인 기회를 제공하기 위함입니다. 본 사건에서 법원은 피고가 원고의 주장을 일부 반영했더라도, 이러한 강력한 절차적 보장이 담보된 과세전적부심사 자체를 거치지 않은 것은 정당화될 수 없다고 판단했습니다. 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결: 이 판례는 과세예고 통지 및 과세전적부심사 제도가 납세자의 절차적 권리를 보호하는 핵심적인 사전구제절차이며, 특별한 사정이 없는 한 이를 거치지 않거나 기회를 부여하지 않은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해한 중대한 절차적 하자에 해당하여 위법하다고 보아야 한다는 일반적인 법리를 확립하고 있습니다.
과세전적부심사의 중요성 인식: 세금 부과 전 과세관청의 처분이 부당하다고 판단될 경우, 과세전적부심사를 통해 미리 이의를 제기하고 구제받을 수 있는 기회가 있음을 알아야 합니다. 이는 납세자의 중요한 절차적 권리입니다. 부과제척기간과 과세관청의 책임: 국세 부과제척기간이 임박했다는 이유만으로 과세전적부심사를 생략할 수 있는 예외는 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정이 있는 경우에만 적용됩니다. 과세관청이 정당한 사유 없이 장기간 과세 절차를 지연하여 제척기간이 임박한 경우에는 납세자의 심사 기회 박탈이 정당화될 수 없습니다. 세금 신고 시 주의: 재건축 주택 등 양도소득세 계산이 복잡한 자산을 양도할 때는 관련 법규(특히 소득세법상 조합원 입주권 관련 규정, 장기보유 특별공제 등)를 정확히 확인하고 신고하는 것이 중요합니다. 과세관청의 절차 준수 여부 확인: 과세예고 통지를 받았다면, 통지 시점과 국세 부과제척기간 만료일 사이의 기간을 확인하여 과세전적부심사 청구가 가능한지 여부를 파악해야 합니다. 만약 과세관청이 제척기간 임박을 이유로 심사를 거부한다면, 해당 사유가 과세관청의 귀책사유로 인한 것인지 면밀히 검토해야 합니다. 변경되는 관리처분계획 고려: 재건축 사업의 관리처분계획은 변경될 수 있으므로, 부동산 양도 시점의 관리처분계획과 양도 이후 변경된 계획이 양도소득세 산정에 미치는 영향을 주의 깊게 살펴볼 필요가 있습니다. 다만, 본 판결에서는 절차적 하자로 인해 실체적 하자 부분은 판단되지 않았습니다.
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