거주 목적 일시적 3주택 보유자의 양도소득세 중과세 취소 판결

원고 A는 어머니로부터 증여받아 거주하던 고가 주택(이 사건 주택)과 배우자 B가 보유한 장기임대주택이 있는 상황에서, 노후 주택을 매도하고 새로운 대체주택을 취득하고자 했습니다. 대체주택을 먼저 매수하고 기존 주택을 약 3개월 24일 뒤에 양도하는 과정에서, 일시적으로 1세대 3주택을 보유하게 되었습니다. 이에 동작세무서장은 이 사건 주택 양도가 조정대상지역 내 '1세대 3주택 이상 양도'에 해당한다며 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 7억 1천만 원 상당의 양도소득세를 부과했습니다. 그러나 법원은 원고가 대체주택을 취득한 것은 거주 이전 목적이며 투기 목적이 없었다고 판단했습니다. 노후화된 고가 주택 매도 지연, 대체주택 취득 후 기존 주택 매도까지의 짧은 기간, 그리고 자금 조달 방식 등을 고려할 때, 이는 양도소득세를 중과할 수 없는 '특별한 사정'에 해당한다고 보아 세무서의 부과처분을 취소했습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 어머니로부터 증여받은 주택을 양도하고 부과된 양도소득세 처분을 취소해달라고 소송을 제기한 개인.
• 원고의 배우자 B: 원고 A와 함께 대체주택을 공동 소유하고 장기임대주택을 등록한 사람.
• 원고의 어머니 C: 원고 A에게 이 사건 주택을 증여한 사람.
• 피고 동작세무서장: 원고 A에게 716,092,800원의 양도소득세를 부과한 행정기관.

분쟁 상황

원고 A는 어머니로부터 증여받아 거주하던 서울 영등포구의 노후화된 고가 주택(이 사건 주택)을 소유하고 있었고, 배우자 B는 장기임대주택을 등록하여 보유하고 있었습니다. 원고는 어머니 사망 후 노후 주택을 매도하고 새로운 거주지인 서울 동작구의 I아파트(이 사건 대체주택)를 2017년 10월 10일 매수 계약하고, 2017년 12월 21일 소유권이전등기를 마쳤습니다. 기존 임차인의 거주 기간 때문에 2018년 3월 26일부터 대체주택에 거주하기 시작했습니다. 이 사건 주택은 노후화와 고가라는 특성 때문에 매도에 어려움을 겪다가 2018년 3월 3일 매매 계약이 체결되었고, 2018년 4월 13일 양도되었습니다. 이로 인해 원고는 이 사건 주택, 대체주택, 장기임대주택을 3개월 24일간 동시에 보유하게 되었습니다. 원고는 이 사건 주택 양도를 1세대 1주택 고가주택 양도로 신고했으나, 피고 동작세무서장은 이를 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상 양도로 보아 중과세율을 적용, 약 7억 1천만 원의 양도소득세를 부과하면서 분쟁이 발생했습니다.

핵심 쟁점

조정대상지역 내 '1세대 3주택 이상 양도'에 해당하는 주택의 양도에 대해 양도소득세 중과세율을 적용할 수 있는지, 특히 장기임대주택과 거주 이전을 위한 일시적 2주택 보유가 겹쳐 3주택을 보유하게 된 경우 투기 목적이 없다면 중과세가 배제될 수 있는지 여부입니다.

법원의 판단

1. 피고 동작세무서장이 2020년 8월 1일 원고 A에게 부과한 양도소득세 716,092,800원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

결론

법원은 원고 A가 이 사건 주택의 양도 당시 이 사건 주택, 대체주택, 장기임대주택을 보유하여 외형상 1세대 3주택에 해당한다고 인정했습니다. 그러나 중과세 규정의 입법 취지가 부동산 투기 억제에 있음을 고려하여, 원고의 경우 ▲어머니 사망 후 노후 주택을 매도하고 대체주택을 취득하려 했고 ▲대체주택 매수 후 기존 주택 매도까지 3개월 24일이라는 비교적 짧은 기간이 소요되었으며 ▲고가 주택의 매도에 어려움이 있었고 ▲대체주택의 임차보증금을 기존 주택의 담보 대출로 마련한 후 매도 대금으로 상환하는 등 투기 목적이 없었다는 점을 '특별한 사정'으로 인정했습니다. 따라서 이러한 특별한 사정이 있는 경우에는 양도소득세 중과세 규정의 취지에 부합하지 않아 중과세할 수 없다고 판단하여 원고의 손을 들어주었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건의 쟁점은 조정대상지역 내 '1세대 3주택 이상'에 해당하는 주택 양도에 대한 양도소득세 중과세 적용 여부와 관련된 것이었습니다. 관련 법령과 법리는 다음과 같습니다:

1. 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 및 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항: 이 법령들은 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도할 때 기본세율에 100분의 20을 더한 중과세율을 적용하도록 규정하고 있습니다. 주택 수 산정 시 수도권, 광역시, 특별자치시 외 지역의 기준시가 3억 원 이하 주택 등 일부 예외를 제외하고는 1세대가 소유하는 모든 주택을 포함하며, 장기임대주택 등 특례 대상 주택도 주택 수 산정에는 포함되지만, 그 주택 자체가 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않습니다.
2. 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호: 이 조항은 1세대가 1개의 주택만을 소유하는 경우의 해당 주택(일반주택)은 중과세율 적용 대상에서 제외하나, 이 사건 원고는 장기임대주택 외에 이 사건 주택과 대체주택을 소유하고 있었으므로 이 조항이 적용되지 않았습니다.
3. 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조: 이 규정들은 1세대 1주택 비과세 특례에 관한 것으로, 법원은 비과세 특례 규정과 중과세 규정을 원칙적으로 별개 독립적으로 검토해야 한다고 보았습니다.
4. 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 및 제95조 제2항: 이 조항들은 고가주택 양도 시 장기보유특별공제액 계산 방식과 공제 배제 대상을 규정합니다. 중과세 대상 자산(소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산)은 장기보유특별공제 대상에서 제외됩니다.
5. 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등: 이 사건 판결의 핵심 법리로서, 대법원은 투기 목적의 주택 소유를 억제하려는 중과세 규정의 입법 취지에 비추어 볼 때, 주거 이전을 위해 대체주택을 취득한 것이고 거주자에게 투기 목적이 없으며 대체주택 취득 후 종전 주택 양도까지 소요된 기간이 사회 통념상 일시적이라고 인정되는 '특별한 사정'이 있는 경우에는 종전주택 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다고 판시했습니다. 이 사건 법원은 원고의 경우가 이러한 특별한 사정에 해당한다고 판단했습니다.

참고 사항

유사한 문제 상황에 처한 경우 다음 내용을 참고할 수 있습니다:

1. 다주택자 양도소득세 중과세는 원칙이지만, 거주 이전을 위한 불가피한 일시적 3주택 보유 등 투기 목적이 없는 특별한 사정이 인정된다면 중과세가 배제될 수 있습니다.
2. 대체주택을 취득한 후 기존 주택을 매도하는 경우, 두 주택의 동시 보유 기간이 사회 통념상 단기간(이 사건에서는 3개월 24일)임을 입증하는 것이 중요합니다. 기존 주택 매도 지연에 대한 합리적인 이유(예: 고가 주택, 노후화, 시장 상황 등)를 명확히 제시해야 합니다.
3. 주택 매매 자금 조달 방식이나 주거 이전을 위한 계획 등 일련의 과정이 투기 목적이 아닌 순수한 거주 이전을 위한 것임을 증명할 수 있는 객관적인 자료를 확보하는 것이 중요합니다.
4. 장기임대주택은 일반적으로 주택 수 산정에는 포함될 수 있지만, 양도소득세 중과세율 적용 대상에서는 제외될 수 있습니다. 그러나 전체 보유 주택 수 계산에는 영향을 미치므로 이 점을 고려하여 세무 계획을 수립해야 합니다.