세금 · 행정
이 사건은 한 회사와 그 주주들이 세무 당국으로부터 주식 가치 재평가에 따른 법인세, 양도소득세, 증권거래세 증액 부과 처분을 받고 이를 취소해달라고 제기한 소송입니다. 회사가 매출을 누락한 사실이 세무조사를 통해 드러났고, 이로 인해 주식 가치가 다시 평가되면서 세금이 추가로 부과되었습니다. 원고들은 과세예고통지를 받은 후 과세전적부심사를 청구했지만, 부과제척기간이 임박했다는 이유로 심사가 제외되자, 이러한 처분이 납세자의 절차적 권리를 침해한 위법한 처분이라고 주장했습니다. 하지만 법원은 세금 부과제척기간이 3개월 이내로 임박한 경우 과세전적부심사 예외 사유에 해당하며, 세무 당국이 고의로 절차를 지연했다고 볼 증거가 없으므로 해당 세금 부과 처분은 적법하다고 판단하여 원고들의 청구를 모두 기각했습니다.
원고 주식회사 D는 2015년 특수관계인인 원고 B, C, A로부터 주식 10,000주를 매수했습니다. 당시 상속세 및 증여세법에 따라 1주당 269,607원으로 평가하여 세금을 신고하고 납부했으나, 이후 1주당 287,649원으로 재평가하여 수정 신고·납부했습니다. 그러나 2018년 세무조사에서 회사 D가 16,665,989,894원의 매출을 누락한 사실이 적발되었고, 이에 따라 2015사업연도 법인세 1,750,614,690원이 증액 고지되었습니다. 2020년 감사 과정에서 이 매출 누락이 주식 가치에 미치는 영향을 반영하여 1주당 395,356원으로 재평가해야 한다는 지적이 있었고, 세무 당국은 2021년 1월 5일 이를 바탕으로 법인세, 양도소득세, 증권거래세 증액 경정 과세예고통지를 했습니다. 원고들은 이에 대해 과세전적부심사를 청구했지만, 국세기본법에 따라 부과제척기간 만료일(법인세 2021년 3월 31일, 양도소득세 및 증권거래세 2021년 2월 28일)까지의 기간이 3개월 이하라는 이유로 심사 제외 결정이 내려졌습니다. 이후 세무 당국은 2021년 2~3월경 원고들에게 당초 세금 부과 처분을 했고, 조세심판원 결정에 따라 매출 누락 금액 일부가 조정되자 1주당 가액을 387,665원으로 다시 평가하여 일부 세액을 취소한 뒤 남은 세금에 대한 최종 처분(이 사건 처분)을 했습니다. 원고들은 과세전적부심사 기회를 박탈당하여 절차적 하자가 발생했다며 이 사건 처분의 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.
세무 당국이 매출 누락을 발견한 후 주식 가치를 재평가하여 법인세, 양도소득세, 증권거래세를 증액 부과한 것이 정당한지, 특히 부과제척기간 임박을 이유로 과세전적부심사 기회를 제공하지 않은 것이 납세자의 절차적 권리를 침해한 위법한 처분인지가 쟁점이었습니다.
원고들의 청구를 모두 기각한다. (세무 당국의 세금 부과 처분은 적법하다)
법원은 이 사건 세금 부과 처분 당시 국세 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하였으므로, 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 바로 과세처분을 할 수 있는 예외 사유에 해당한다고 판단했습니다. 또한, 세무 당국이 고의적으로 과세예고통지 절차를 지연했거나 과세처분을 위한 절차를 방치했다고 볼 증거가 없다고 보았습니다. 매출 누락이 주식 가치 평가에 미치는 영향이 항상 즉각적으로 예상되는 것은 아니며, 감사 절차 진행 과정에서도 고의적인 지연이 없었다고 판단했습니다. 결론적으로 원고들이 과세전적부심사를 거치지 못했더라도, 다른 불복 절차(이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등)가 보장되어 있었고, 실질적인 불이익이 발생했다고 보기 어려워 절차적 권리 침해가 있었다고 해도 처분을 취소할 정도는 아니라고 판시했습니다.
이 사건과 관련하여 중요한 법률은 다음과 같습니다.
국세기본법 제81조의15 (과세전적부심사):
국세기본법 제26조의2 제1항 (국세 부과제척기간): 국세는 원칙적으로 세금을 부과할 수 있는 날부터 5년이 지나면 부과할 수 없습니다. 이 기간 내에 세금을 부과하지 않으면 국가의 과세권이 소멸됩니다.
상속세 및 증여세법 제54조: 상속재산 또는 증여재산의 가액을 평가하는 일반적인 원칙과 보충적 평가방법에 대해 규정하고 있습니다. 비상장주식 등의 가치를 평가할 때 이 규정이 적용됩니다.
이러한 법령에 따라, 법원은 세금 부과 처분 시 납세자의 절차적 권리(과세전적부심사 등)를 존중해야 하지만, 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호와 같이 특별한 예외 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않고 과세처분을 해도 위법하지 않다고 판단했습니다.
국세 부과제척기간이 3개월 이내로 임박한 경우, 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기회가 제한될 수 있습니다. 이 점을 인지하고 세금 관련 기한을 철저히 관리하는 것이 중요합니다. 법인의 매출 누락과 같은 중대한 과세 자료는 해당 법인뿐만 아니라 관련 주식의 가치 평가에 영향을 미쳐 주주 개인의 양도소득세나 증권거래세에도 추가적인 세금 부담을 초래할 수 있습니다. 법인과 주주 간의 세금 문제는 상호 연관될 수 있으므로 전반적인 세무 상황을 고려해야 합니다. 과세전적부심사를 놓치더라도, 국세기본법이 정하는 바에 따라 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등 다양한 불복 절차를 통해 과세처분의 적법성을 다툴 수 있습니다. 각 불복 절차의 요건과 제기 기한을 숙지하고 적극적으로 권리를 주장해야 합니다. 법인과 특수관계인 간의 주식 거래 시에는 주식 가치 평가가 세무 당국의 주된 감시 대상이 될 수 있습니다. 상속세 및 증여세법 등 관련 법규에 따라 적절하고 공정한 주식 평가가 이루어졌는지 철저히 확인해야 합니다.
