지식산업센터 취득세 감면율 변경으로 인한 환급 거부 사건

지식산업센터를 신축한 두 회사가 건물 취득 시점에 시행 중이던 법률에 따라 취득세 50% 감면을 적용받아 세금을 납부했습니다. 이후 이 회사들은 이전에 시행되던 법률의 75% 감면율 적용을 주장하며 납부한 세금의 일부를 환급해 달라고 구청에 청구했지만, 구청은 이를 거부했습니다. 이에 회사들은 구청의 거부 처분을 취소해달라는 소송을 제기했으나, 법원은 개정된 법률이 시행된 이후에 취득이 이루어졌고, 이전 법률의 감면 기한이 만료된 상황에서는 75% 감면율을 소급 적용할 수 없다며 회사들의 청구를 모두 기각했습니다.

관련 당사자

• A 주식회사, B 주식회사 (서울 영등포구에 지식산업센터를 신축하고 취득세를 납부한 회사들)
• 서울특별시 영등포구청장 (변경 감면율에 따른 취득세 환급을 거부한 행정기관)

분쟁 상황

원고인 A 주식회사와 B 주식회사는 2012년 서울 영등포구에 지식산업센터를 건설하기 위한 승인을 받고 건축 허가를 받아 착공했으며 분양을 시작했습니다. 당시 시행 중이던 '구 지방세특례제한법'은 지식산업센터에 대해 2013년 12월 31일까지 취득세 75% 감면 혜택을 제공하고 있었습니다. 그러나 지식산업센터의 사용승인과 원고들의 최종 취득 시점은 2015년 2월 17일로, 구법의 감면기한이 만료된 후였습니다. 이 시점에는 '신 지방세특례제한법'이 시행 중이었고, 이 법은 지식산업센터 취득세 감면율을 50%로 축소했습니다. 원고들은 50% 감면율을 적용받아 취득세 등을 납부한 후, 2019년 3월 4일 신법의 부칙 조항인 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'는 규정을 근거로, 구법의 75% 감면율을 적용받아야 한다고 주장하며 피고인 영등포구청장에게 각 286,053,770원의 취득세 등 환급을 요구하는 경정청구를 하였습니다. 피고는 취득 시점이 구법의 적용기한 이후이므로 신법이 적용되어야 한다며 2019년 4월 29일 원고들의 경정청구를 거부했고, 이에 원고들은 조세심판원을 거쳐 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 조세 관련 법률이 납세자에게 불리하게 개정된 경우, 납세 의무 성립 이전에 건물을 짓기 위한 허가 등의 원인 행위가 이루어졌지만 실제 취득 시점이 이전 법률의 감면 기한 이후인 경우에도 이전 법률의 부칙 조항을 근거로 종전의 유리한 감면율을 소급하여 적용받을 수 있는지 여부입니다. 이는 납세자의 신뢰 보호 원칙이 어디까지 적용될 수 있는지를 판단하는 문제입니다.

법원의 판단

법원은 원고들의 청구를 모두 기각했습니다. 법원은 지식산업센터의 취득이 개정된 법률(신법) 시행 이후에 이루어졌으므로 신법이 적용되어야 한다고 보았습니다. 또한, 종전의 감면 규정은 2013년 12월 31일까지 취득세의 75%를 감경하는 한시적인 조치였기 때문에, 그 적용기한이 지난 후에 취득한 경우에는 종전 감면율을 적용할 수 없다고 판단했습니다. 법원은 원고들이 종전 규정의 높은 감면율을 신뢰하여 건축 허가 및 착공을 진행했다 하더라도, 이는 법이 보호하는 기득권이 아닌 단순한 기대에 불과하다고 보았습니다. 더불어, 종전 법규정이 장래에도 계속 유지될 것이라는 기대를 보호해 줄 경우, 입법자가 한시적 특례를 둔 입법 취지가 훼손될 우려가 있다고 덧붙였습니다.

결론

법원은 지식산업센터 취득세 감면율 적용 문제에 대해 원고들이 주장한 이전 법률의 소급 적용을 받아들이지 않고, 개정된 법률에 따른 취득세 납부가 정당하다고 보아 원고들의 환급 청구를 최종적으로 기각했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련하여 논의된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

• 구 지방세특례제한법 제58조의2 제1항 제1호(2014. 1. 1. 개정 전): 이 규정은 지식산업센터 설립 승인을 받은 사람이 신축한 지식산업센터에 대해 2013년 12월 31일까지 취득세의 75%를 감경하도록 명시했습니다. 이는 이 사건의 쟁점이 된 '종전감면규정'으로, 감면율이 높지만 한시적이라는 특징이 있었습니다.
• 지방세특례제한법 부칙 제6조(2014. 1. 1. 개정): 이 조항은 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'고 규정하고 있습니다. 이는 '이 사건 부칙조항'으로, 법률 개정 시 기존에 발생한 세금 문제에 대해 혼란을 줄이고 안정성을 확보하기 위한 경과 규정의 역할을 합니다.
• 지방세특례제한법 제58조의2 제1항 제1호(2014. 1. 1. 개정 후, 신법): 개정된 이 법률은 2016년 12월 31일까지 지식산업센터 취득세의 50%를 감면하도록 규정하여, 종전 감면율 75%에서 축소된 내용을 담고 있습니다.
• 조세법률주의 및 신뢰보호의 원칙: 조세는 법률에 의거하여 부과되어야 하며, 국민은 법률에 근거한 세금 부과를 신뢰할 수 있어야 한다는 대원칙입니다. 그러나 법원은 조세 법규의 개정 시 기존 납세자의 단순한 기대는 보호대상이 아니며, 법에 명시된 한시적 특례 규정의 적용기한을 지켜야 한다는 원칙을 강조했습니다. 즉, 종전 법이 장래에도 계속 유지될 것이라는 막연한 기대는 법이 보호하는 신뢰로 볼 수 없으며, 법령이 명시적으로 정한 기한 내에 과세 요건이 충족되어야 감면 혜택을 받을 수 있다는 법리를 따랐습니다.

참고 사항

조세 감면 혜택은 법률에 명시된 적용기한과 조건에 따라 엄격하게 적용됩니다. 한시적으로 정해진 감면 규정의 경우, 해당 기한 내에 과세요건인 취득이 완료되어야만 혜택을 받을 수 있습니다. 건축물 신축과 같이 장기간이 소요되는 사업을 계획할 때는 관련 법령의 개정 가능성과 그에 따른 조세 혜택의 변화를 미리 예측하고 대비하는 것이 매우 중요합니다. 법령 개정으로 감면율이 변경되거나 혜택이 사라질 경우, 단순히 이전에 시행되던 법규정을 신뢰했다는 이유만으로는 새로운 법규정의 적용을 배제하고 이전 법규정을 소급 적용받기 어렵습니다. 이는 법적 안정성과 예측 가능성을 위한 원칙에 부합합니다. 법원이 인정하는 신뢰 보호의 대상은 해당 법규정 자체에서 장래에 일정한 사실이 발생하더라도 과세하지 않겠다고 명시적으로 규정하여 납세자가 이를 신뢰하여 법률관계를 형성한 경우에 한정되는 경우가 많으므로, 단순한 제도의 지속에 대한 기대는 신뢰 보호의 대상이 아닐 수 있습니다.