건물 철거 후 재건축 지연된 종교시설 재산세 감면 불인정 사건

재개발 정비구역 내 종교시설 소유 교회가 어린이집과 종교교육관으로 사용하던 건물을 철거한 뒤 재건축을 추진했습니다. 그러나 재개발 사업 지연으로 과세 기준일 현재 토지가 비어있는 상태였고 서초구청은 해당 토지에 대해 재산세와 지방교육세를 부과했습니다. 교회는 재건축 계획이 있었고 사업 지연이 불가피했으므로 재산세 감면 혜택을 받아야 한다고 주장했으나 법원은 해당 토지가 과세 기준일 현재 종교 사업에 직접 사용되거나 건축 중인 토지에 해당하지 않는다며 교회의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고: A교회 (어린이집 및 종교교육관을 운영하던 종교단체)
• 피고: 서초구청장 (재산세 및 지방교육세를 부과한 행정기관)

분쟁 상황

A교회는 2011년부터 서울 서초구의 토지(이 사건 제1토지 508.4㎡, 이 사건 제2토지 545.5㎡)에 건물을 신축하여 제1토지 위 건물은 어린이집으로, 제2토지 위 건물은 종교교육관, 카페, 다가구주택으로 사용했습니다. 이후 이 토지들은 주택재건축정비구역에 편입되었고 교회는 2018년 12월 31일 어린이집을 폐원했으며 2019년 5월 29일 기존 건물들에 대한 철거신고서를 제출했습니다. 2019년 6월 1일 재산세 과세 기준일 당시 이 사건 건물들은 모두 철거되어 공실 상태였습니다. 서초구청은 해당 토지들이 어린이집이나 종교단체 사업에 직접 사용되지 않는다고 판단하여 2019년 9월 10일 교회에 2019년 귀속 재산세 46,604,890원(도시지역분 포함)과 지방교육세 6,842,200원, 총 53,447,090원을 부과했습니다. 교회는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 했으나 2020년 9월 9일 기각되었고, 결국 이 사건 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

재개발 정비사업 지연으로 기존 건물을 철거한 후 신축 건물이 착공되지 않아 비어있는 토지가 과세 기준일 현재 종교단체가 종교 사업에 직접 사용하는 부동산 또는 건축 중인 부동산으로 보아 재산세 감면 대상이 되는지 여부입니다.

법원의 판단

원고의 청구를 기각하며 소송비용은 원고가 부담합니다.

결론

법원은 종교단체가 재산세 감면을 받기 위해서는 과세 기준일 현재 해당 부동산을 종교 사업의 목적이나 용도에 맞게 '직접 사용'하고 있어야 한다고 판단했습니다. 이 사건 토지의 경우, 기존 건물이 철거되어 비어있었고 향후 재건축 계획만으로는 '직접 사용'으로 볼 수 없다고 보았습니다. 또한 '건축 중'인 토지에 대한 감면 규정도 실제로 건축 공사에 착수한 경우를 의미하며, 재건축을 위한 철거 작업이나 사업시행계획 인가만으로는 이에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 특히 재건축 공사 지연이 주택도시보증공사의 분양보증 심사 강화로 인한 것이라 해도 이를 재산세 감면 사유가 되는 '행정기관의 건축규제조치'로 보기도 어렵다고 보아, 원고의 주장을 모두 받아들이지 않고 세금 부과 처분이 적법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

본 사건에서는 다음과 같은 지방세 관련 법령과 법리가 적용되었습니다.

1. 조세법률주의 원칙: 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법 문언대로 엄격하게 해석해야 하며, 특히 세금 감면과 같은 특혜 규정은 확장 해석이나 유추 해석이 허용되지 않습니다.

2. 지방세특례제한법 제50조 제2항 (종교단체의 부동산에 대한 재산세 감면)​: 종교단체가 '해당 사업에 직접 사용하는 부동산'에 대해서는 재산세를 면제합니다.

3. 지방세특례제한법 제19조 제2항 (어린이집용 부동산에 대한 재산세 감면)​: 어린이집으로 '직접 사용하는 부동산'에 대해서는 재산세를 면제합니다.

4. 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호 ('직접 사용'의 정의)​: '직접 사용'이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말합니다. 법원은 이 사건에서 과세 기준일(2019년 6월 1일) 현재 기존 어린이집과 종교교육관 건물이 철거되어 비어있는 상태였으므로, 교회가 토지를 종교 사업에 직접 사용하고 있다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 향후 재건축 계획이 있다거나 사업 지연이 있었다는 사정만으로는 '직접 사용' 요건을 충족하지 못한다고 보았습니다.

5. 지방세특례제한법 시행령 제25조 제1항 (건축 중인 부동산 및 건축규제로 인한 착공 지연의 경우)​: 종교 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우 또는 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우 그 부속토지에 대하여 재산세를 면제합니다. 법원은 '건축 중'은 실제 공사에 착수한 경우를 의미하며, 재건축을 위한 철거신고나 사업시행인가(건축허가 의제)만으로는 건축 공사에 착수한 것으로 보기 어렵다고 판단했습니다. 또한 주택도시보증공사의 분양심사 기준 강화로 인한 후분양제 변경 등의 사유는 '행정기관의 건축규제조치'로 보기 어렵다고 보아 이 주장도 기각했습니다.

참고 사항

부동산에 대한 재산세 감면은 과세 기준일(매년 6월 1일) 현재 해당 부동산이 감면 요건을 충족하는지 여부가 매우 중요합니다. '직접 사용' 요건은 실제로 부동산을 특정 목적(예: 종교, 어린이집)에 활용하고 있음을 의미하며, 향후 활용 계획이나 일시적인 미사용은 인정되지 않을 수 있습니다. '건축 중'으로 인한 감면은 건축 공사에 실제 착수했음을 의미하며, 단순한 철거 작업이나 건축허가 의제만으로는 부족할 수 있습니다. 재개발이나 재건축 사업이 진행될 때 기존 건물 철거 후 신축 공사 착공까지의 공백 기간에는 부동산의 사용 현황이 변경되어 세금 감면 혜택이 사라질 수 있음을 유의해야 합니다. 특히 사업 지연이 행정기관의 직접적인 규제 조치가 아닌 내부적인 사업 변경(예: 분양 방식 변경)이나 이해관계자 갈등으로 인한 것이라면 감면 사유로 인정받기 어렵습니다. 따라서 재개발 등 사업 진행 과정에서 부동산 사용 현황의 변화와 그에 따른 세금 부과 여부를 면밀히 검토하고 필요하다면 과세관청과 미리 소통하여 불이익을 예방하는 것이 좋습니다.