법인세 추가 납부로 배당금 반환 후 소득세 감액을 거부당한 사건

원고는 프로젝트금융투자회사(PFV)인 G와 K에 출자하고 배당금을 받아 종합소득세를 신고했습니다. 이후 G와 K가 청산된 후 세무조사 결과 추가 법인세가 부과되었고, 원고는 출자 지분율에 해당하는 금액인 426,397,668원을 대신 납부했습니다. 원고는 이 금액이 배당소득 감소에 해당한다며 2016년부터 2018년까지의 종합소득세 감액경정청구를 했으나, 피고인 강남세무서장이 이를 거부하자 소송을 제기했습니다. 법원은 원고의 청구를 기각하며 피고의 거부 처분이 적법하다고 판단했습니다.

관련 당사자

• A (원고): G 주식회사와 K 주식회사에 출자하고 배당금을 받은 개인 투자자
• 강남세무서장 (피고): A의 종합소득세 감액경정청구를 거부한 세무서장
• G 주식회사, K 주식회사 (이 사건 법인들): A가 출자한 프로젝트금융투자회사(PFV)로, 시흥시 공동주택 신축 및 분양 사업을 진행했으며 청산 후 추가 법인세가 부과됨
• D 주식회사: A의 출자를 신탁받아 이 사건 법인들에 투자하고 배당금을 수령하여 A에게 전달했으며, 추가 법인세 반환을 요청한 신탁사
• C 주식회사: G 주식회사의 지분 투자자이자 청산인 L이 소속된 회사로, G의 추가 법인세를 우선 납부함
• H 주식회사: K 주식회사의 지분 투자자이자 청산인 M이 소속된 회사로, K의 추가 법인세를 우선 납부함

분쟁 상황

원고는 D 주식회사를 통해 G 주식회사와 K 주식회사(총칭하여 이 사건 법인들)에 출자했습니다. 이 사건 법인들은 시흥시 F 및 J 블록에 공동주택을 신축하고 분양하는 사업을 수행했으며, 원고는 2016년부터 2018년까지 D을 통해 이 사건 법인들로부터 배당금(잔여재산 분배금 포함)을 수령하고 이를 배당소득으로 신고하여 종합소득세를 납부했습니다.

2018년 이 사건 법인들이 사업을 완료하고 해산 및 청산 절차를 밟은 후, 서울지방국세청은 2018년 12월 12일부터 2019년 3월 15일까지 이 사건 법인들에 대해 법인제세 통합조사를 실시했습니다. 그 결과 법인세와 기업회계의 차이로 인해 총 3,590,243,190원(G 주식회사 1,573,545,710원, K 주식회사 2,016,697,480원)의 추가 법인세 등이 부과되었습니다.

G 주식회사의 청산인 소속 회사 C와 K 주식회사의 청산인 소속 회사 H는 이 추가 법인세 등을 우선 납부한 뒤, 2019년 5월경 D 주식회사에 국세기본법 제38조에 따라 잔여재산을 받은 주주로서 추가 법인세 등 중 잔여재산 분배비율에 상당하는 금액의 반환을 요청했습니다. D 주식회사는 2019년 7월 11일 이 요청을 원고에게 전달하며 원고의 출자지분 비율에 해당하는 세금 대납분 426,397,668원(G 관련 204,560,942원, K 관련 221,836,726원)을 입금해줄 것을 안내했습니다.

이에 원고는 2019년 7월 19일 D 주식회사 계좌에 426,397,668원을 입금했으며, D은 이 금액을 C와 H에 이체했습니다.

원고는 이 사건 반환금을 반환함으로써 당초 자신에게 귀속된 배당소득이 감소했다고 주장하며, 2019년 9월 18일 피고인 강남세무서장에게 2016년부터 2018년까지의 종합소득세 감액경정청구를 했습니다. 그러나 피고는 2019년 10월 18일 '원고가 부담한 추가 법인세 등은 제2차 납세의무자로서의 의무를 이행한 것에 불과하며, 당초 과다하게 배당받은 금액을 반환한 것으로 볼 수 없다'는 이유로 원고의 경정청구를 거부했습니다. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기했으나 기각되었고, 결국 행정소송을 제기하기에 이르렀습니다.

핵심 쟁점

프로젝트금융투자회사(PFV)의 추가 법인세 납부로 인해 주주가 배당금을 반환했을 때, 이를 개인의 종합소득세 감액 사유로 볼 수 있는지 여부가 핵심 쟁점입니다. 구체적으로 이중과세 금지 원칙, 실질과세 원칙, 그리고 배당결의 하자로 인한 부당이득 반환 여부 및 출자자의 제2차 납세의무 이행 여부가 주요 쟁점이 되었습니다.

법원의 판단

법원은 원고의 항소를 기각하고 제1심 판결을 유지했습니다. 즉, 피고인 강남세무서장이 원고의 종합소득세 감액경정청구를 거부한 처분은 적법하다고 판단했습니다.

결론

원고가 프로젝트금융투자회사의 추가 법인세 납부를 위해 돌려준 금액은 당초 적법했던 배당이 무효가 되어 반환된 부당이득이 아니라, 해산 법인의 부족한 세금에 대해 주주가 부담하는 '제2차 납세의무'를 이행한 것으로 보아야 하므로, 과거 배당소득을 줄이는 사유에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 따라서 원고의 종합소득세 감액경정청구를 거부한 세무서장의 처분은 적법합니다.

연관 법령 및 법리

이 사건 판결은 다음과 같은 법률 및 원칙을 바탕으로 내려졌습니다.

1. 구 법인세법 제51조의2 (유동화전문회사 등에 대한 소득공제)​

   • 설명: 프로젝트금융투자회사(PFV)와 같은 특정 목적의 회사가 배당가능이익의 90% 이상을 주주에게 배당하면 그 금액만큼을 법인의 소득금액에서 공제해주는 제도입니다. 이는 법인 단계에서 세금을 줄여 이중과세 문제를 완화하고 투자를 활성화하기 위한 목적입니다.
   • 판례 적용: 원고는 이 사건 법인들이 추가 법인세를 부담하게 되어 배당가능이익이 줄어든 것과 같으므로 자신에게도 소득세 감액이 필요하다고 주장했습니다. 그러나 법원은 이 조항이 법인 자체에 대한 세금 지원 목적이며 개인 주주의 소득세 감액을 직접적으로 보장하는 것은 아니라고 판단했습니다. 법인세 감면 혜택이 곧바로 개인에게 적용되는 것은 아닙니다.

2. 이중과세 금지 원칙

   • 설명: 하나의 소득에 대해 법인세와 개인 소득세가 중복으로 부과되는 것을 방지하려는 세법의 기본 원칙입니다.
   • 판례 적용: 원고는 추가 법인세 부과로 인해 이중과세가 발생했다고 주장했습니다. 하지만 법원은 법인에 부과되는 세금과 개인 주주에게 부과되는 소득세는 기본적으로 별개의 과세이므로, 법인세가 추가로 부과되었다는 사유만으로 개인의 소득세가 당연히 감액되어야 한다고 보기는 어렵다고 판단했습니다.

3. 실질과세 원칙

   • 설명: 세법을 적용할 때 거래나 행위의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질적인 내용에 따라 과세해야 한다는 원칙입니다.
   • 판례 적용: 원고는 추가 법인세 부과 시점에 따라 납세자가 합리적인 이유 없이 차별받는 것이며 실질과세 원칙에 위반된다고 주장했습니다. 그러나 법원은 기존 배당결의에 하자가 없고, 배당액 자체의 감액이나 취소가 발생하지 않은 이상 실질적으로 소득에 변동이 있다고 볼 수 없다고 판단했습니다.

4. 상법 제462조 (이익의 배당)​ 및 제462조의3 (중간배당)​

   • 설명: 회사는 대차대조표상의 순자산액 등 배당가능한 이익이 있는 범위 내에서만 주주에게 이익배당이나 중간배당을 할 수 있습니다. 만약 배당가능한 이익이 없는데도 배당을 했다면 그 배당은 법적으로 무효가 되며, 회사는 주주에게 부당이득 반환을 청구할 수 있습니다.
   • 판례 적용: 원고는 반환한 돈이 배당가능이익을 초과한 위법한 배당에 대한 부당이득 반환이므로 애초에 배당소득이 없던 것으로 봐야 한다고 주장했습니다. 법원은 당초 배당 시점에는 배당가능이익이 존재했고, 배당결의 자체에 법적 하자가 없었으며, 나중에 세무조사로 추가 법인세가 부과된 것이 기존 배당결의를 소급하여 무효로 만들지는 않는다고 보아 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다.

5. 구 국세기본법 제38조 (출자자의 제2차 납세의무)​

   • 설명: 법인이 해산한 경우 법인이 납부할 국세 등을 다 납부하지 못하고 잔여재산을 주주에게 분배한 경우, 청산인이나 잔여재산을 받은 주주(출자자)는 그 부족한 세금에 대해 재산을 분배받은 한도 내에서 2차적으로 세금을 납부할 의무를 집니다.
   • 판례 적용: 법원은 원고가 이 사건 법인들에 출자했다가 청산 후 잔여재산을 분배받은 자에 해당하고, 법인들이 추가 법인세 부과 당시 징수할 재산이 없었으며, 청산인들이 이 조항을 근거로 원고에게 반환을 요청한 점 등을 종합하여 원고가 반환한 426,397,668원은 실질적으로 이 2차 납세의무를 이행한 것으로 보아야 한다고 판단했습니다. 즉, 이는 배당금을 돌려준 것이 아니라 법인의 세금을 대신 낸 것에 해당한다고 본 것입니다.

6. 소득세법 기본통칙 17-0…1 (하자로 배당이 취소되어 반환한 때의 과세)​

   • 설명: 주주총회 결의에 따라 배당을 받았으나, 그 배당결의 자체에 법적 하자가 있어서 배당금을 반환하는 경우에는 그 배당소득은 처음부터 없었던 것으로 보아 소득세를 감액할 수 있다는 내용입니다.
   • 판례 적용: 법원은 이 통칙에서 말하는 '배당의 하자'는 상법상 배당 절차나 의사결정에서의 법률적 하자를 의미하며, 이 사건처럼 나중에 법인세 과소신고 사실이 밝혀져 추가 세금이 부과된 것은 여기에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 배당 자체가 무효인 경우와 나중에 추가 세금이 발생하여 주주가 일부를 부담하는 경우는 다르게 보았습니다.

참고 사항

법인세 등 추가 납부로 인해 주주가 법인의 세금을 대신 부담하게 되는 경우라도, 이것이 곧바로 과거에 받은 배당소득이 감소한 것으로 인정되어 개인의 종합소득세가 줄어드는 것은 아닙니다. 세법상 '배당금 반환'과 '제2차 납세의무 이행'은 그 법적 성격과 세금에 미치는 영향이 다르게 해석됩니다. 배당소득에 대한 세금을 줄이려면 배당결의 자체에 상법상 중대한 하자가 있어서 그 배당이 처음부터 무효였고, 그에 따라 배당금을 반환했다는 사실이 명확하게 입증되어야 합니다. 단지 나중에 법인에 추가 세금이 부과되었다는 사정만으로는 기존의 적법했던 배당이 무효가 되지는 않습니다. 프로젝트금융투자회사(PFV)와 같은 특수목적회사는 법인세법상 이중과세 방지를 위한 소득공제 혜택을 받지만, 이는 법인 단계의 세금 부담을 줄여주는 것이지, 나중에 법인에 문제가 생겨 추가 세금이 부과되었을 때 주주의 개인 소득세까지 자동으로 감액되는 것을 의미하지는 않습니다. 법인이 해산하고 청산이 완료된 후에 추가로 세금이 부과되면, 잔여재산을 분배받은 주주들은 '제2차 납세의무'를 부담하게 될 가능성이 높습니다. 이때 주주가 부담한 금액은 과거의 배당소득을 줄이는 것이 아니라, 법인이 내야 할 세금을 대신 낸 것으로 간주될 수 있습니다. 따라서 투자 전에는 투자 대상 법인의 세무처리 방식과 함께, 만약의 경우 법인 청산 후 추가 세금 발생 시 주주에게 미칠 영향(예: 제2차 납세의무 발생 가능성)에 대해서도 미리 인지하고 대비하는 것이 중요합니다.