산업단지 토지 취득세 감면 후 추징된 사건

주식회사 A는 2013년 산업단지 내 토지를 매입하여 공장을 짓고 취득세 등을 감면받았습니다. 그러나 2015년 잔금을 완납한 날로부터 3년 이내에 해당 토지를 공장 용도로 직접 사용하지 않아, 김해시장이 감면되었던 취득세 등 약 7,200만원을 추징하고 가산세 17,990원을 부과했습니다. 주식회사 A는 토지 취득일이 늦춰져야 하거나, 토지 사용 지연에 정당한 사유가 있었다며 추징 처분 취소를 주장했지만, 법원은 잔금 완납일을 취득일로 보고 정당한 사유가 없다고 판단하여 김해시장의 추징 처분이 적법하다고 판결했습니다.

관련 당사자

• 주식회사 A: 산업단지 내 공장용지를 매입하고 취득세 감면을 받았으나, 후에 추징 처분을 받고 그 취소를 구한 회사 (원고).
• 김해시장: 주식회사 A에게 취득세 등 추징 부과처분 및 경정청구 거부처분을 내린 지방자치단체장 (피고).
• 주식회사 I: 주식회사 A에 산업단지 토지를 판매하고 산업단지 개발을 진행한 회사.

분쟁 상황

주식회사 A는 2013년 산업단지 내 토지를 매입하고 2015년 3월 18일 매매대금을 완납한 뒤, 구 지방세특례제한법에 따라 취득세를 감면받아 신고 및 납부했습니다. 그러나 2019년 5월 공장 건물을 완공하고 사용 승인을 받으면서, 취득세 감면분이 추징되었습니다. 김해시장은 주식회사 A가 토지 취득일로부터 3년 이내에 토지를 공장 용도로 직접 사용하지 않았기 때문에 감면 혜택을 받을 수 없다고 판단하여 2019년 5월 20일 취득세, 농어촌특별세, 지방교육세 등 총 72,001,520원과 납부불성실 가산세 17,990원을 추징했습니다. 주식회사 A는 이에 불복하여 추징 처분 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다.

1. 산업단지 내 토지의 취득세 감면 요건인 '취득일'을 언제로 보아야 하는지 (토지 매매대금 잔금 완납일인지, 아니면 토지 사용 가능 시기나 산업단지 부분 준공 인가일인지).
2. 취득일로부터 3년 이내에 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에 '정당한 사유'가 있었는지 여부.

법원의 판단

법원은 주식회사 A가 산업단지 토지의 매매대금을 2015년 3월 18일에 완납한 사실을 근거로 이 날짜를 토지의 '취득일'로 보았습니다. 그리고 주식회사 A가 취득일로부터 3년 이내인 2018년 3월 18일까지 공장 건물을 착공하거나 사용 승인을 받지 못했으며, 토지 사용이 지연된 것에 대해 '정당한 사유'가 없다고 판단했습니다. 따라서 김해시장이 주식회사 A에게 감면되었던 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다고 판결했습니다.

결론

결론적으로 주식회사 A가 제기한 추징 부과처분 취소 및 경정청구 거부처분 취소 소송은 기각되었고, 주식회사 A는 김해시장이 추징한 취득세 등 72,001,520원과 가산세 17,990원을 납부해야 합니다.

연관 법령 및 법리

관련 법령과 법리는 다음과 같습니다.

1. 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항 제1호, 제2호 (가)목 및 구 지방세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것) 제78조 제5항 제1호(이 사건 추징규정):

   • 사업시행자 외의 자가 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 건축하기 위해 부동산을 취득하는 경우, 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감(감면)해 준다는 규정입니다.
   • 그러나 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년(유예기간)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우, 감면받았던 취득세를 추징한다고 규정하고 있습니다.

2. 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것) 제7조 제2항, 제10조 제5항 제3호, 제7항 및 구 지방세법 시행령(2016. 12. 30. 대통령령 제27710호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제2호, 제73조 제2항 제1호:

   • 부동산 취득은 민법 등 관계 법령에 따른 등기를 하지 않았더라도 사실상 취득하면 취득한 것으로 봅니다.
   • 특히 법인 장부(금융기관 거래 내역 등 객관적 증거 서류로 법인이 작성한 원장, 전표, 결산서)에 따라 취득 가격이 증명되는 유상 승계 취득의 경우, 그 '사실상의 잔금 지급일'에 부동산을 취득한 것으로 봅니다.

3. '정당한 사유'의 법리:

   • 추징 규정에서 말하는 '정당한 사유'는 해당 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 이유가 행정관청의 사용 금지·제한과 같은 '외부적 사유'이거나, 내부적으로 토지 사용을 위해 정상적인 노력을 다했음에도 시간적인 여유 부족이나 기타 객관적인 사유로 인해 '부득이하게' 사용하지 못한 경우를 말합니다.
   • 토지 취득자 본인의 자금 사정이나 수익성 문제 등으로 사용을 포기한 경우는 '정당한 사유'에 해당하지 않습니다.
   • 정당한 사유의 유무를 판단할 때는 지방세 감면의 입법 취지, 토지의 취득 목적, 사용 준비 기간의 장단, 법령상 또는 사실상의 장애 사유 및 정도, 해당 법인의 진지한 노력 여부, 행정관청의 귀책사유 등을 종합적으로 고려하여 개별 사안에 따라 판단합니다.

이 사건에서 법원은 주식회사 A가 산업단지 토지의 잔금을 2015년 3월 18일에 모두 지급한 사실을 바탕으로 이 날짜를 토지의 '취득일'로 보았습니다. 또한, 주식회사 A가 취득일로부터 3년이 경과한 2018년 3월 18일까지 공장 건물을 착공하거나 사용 승인을 받지 못했고, 다른 토지 취득자들은 같은 기간 내에 토지를 사용하기 시작했다는 점, 토지 사용 가능 시기가 이미 계약서에 명시되어 있었다는 점 등을 근거로 하여 토지를 사용하지 못한 것에 '정당한 사유'가 없다고 판단, 김해시장의 추징 처분이 적법하다고 판결했습니다.

참고 사항

산업단지 내 토지 취득세 감면 혜택을 받는 경우, 다음과 같은 점들을 반드시 유의해야 합니다.

1. 취득일의 정확한 이해: 세금 감면 혜택을 위한 '취득일'은 일반적으로 매매대금 잔금 완납일을 기준으로 합니다. 계약서상 명시된 토지 사용 가능 시점이나 산업단지 준공 인가일과 다를 수 있으므로, 세금 관련 법규상의 취득일을 정확히 확인해야 합니다.
2. 3년 이내 직접 사용 의무: 취득일로부터 3년 이내에 해당 토지를 원래 목적(예: 공장 건설 및 운영)에 맞게 직접 사용해야 합니다. 단순한 소유가 아니라 실질적인 사용 시작이 중요하며, 3년이라는 기간은 매우 엄격하게 적용됩니다.
3. '정당한 사유'에 대한 준비: 만약 3년 이내에 사용이 어려운 상황이 발생한다면, 이를 정당화할 수 있는 객관적이고 입증 가능한 사유가 있어야 합니다. 단순히 자금 부족이나 수익성 문제는 정당한 사유로 인정받기 어렵습니다. 행정적인 문제, 외부적인 불가피한 사정 등 증거로 입증할 수 있는 자료들을 미리 준비해야 합니다.
4. 주변 상황 참고: 같은 산업단지 내 다른 기업들이 토지를 어떻게 활용하고 있는지, 건축 허가 및 착공 시기 등을 파악하는 것도 중요합니다. 다른 기업들이 특정 기간 내에 사용을 시작했다면, 본인의 사용 지연에 대한 정당한 사유를 주장하기가 어려울 수 있습니다.
5. 사전 준비 및 노력: 3년 기한 내에 토지를 사용하기 위한 구체적이고 진지한 노력을 기울여야 합니다. 건축 허가 신청, 착공 신고, 공사 진행 등 모든 과정을 기록하고 관련 서류를 보관하는 것이 중요합니다.