중소기업 기술개발 지원금 환수와 사업 참여 제한 판결

주식회사 A는 정부 출연금을 받아 기술개발 사업을 수행했지만, 피고 중소기업기술정보진흥원장으로부터 연구 결과 불량 및 불성실 수행으로 판단되어 지원사업 참여 제한 3년과 출연금 288,702,662원 환수 처분을 받았습니다. 주식회사 A와 그 대표이사 B, 연구 책임자 C은 이 처분이 부당하다며 취소를 구하는 소송을 제기했습니다. 법원은 원처분이 이의결정으로 효력을 상실했으므로 원처분 취소 청구는 각하하고, 이의결정은 적법하다고 보아 그 취소 청구를 기각했습니다. 이는 원고들이 사업계획서의 목표 달성에 실패하고, 연구노트 작성 의무 및 공인인증기관 시험성적서 제출 의무를 제대로 이행하지 않아 불성실 수행이 인정된다고 판단한 결과입니다.

관련 당사자

• 원고 주식회사 A: 방사성동위원소 분배제조, 의료기기 개발 등을 목적으로 하는 회사로, 중소기업 기술혁신개발사업의 지원을 받아 'D' 과제를 수행했습니다.
• 원고 B: 주식회사 A의 대표이사입니다.
• 원고 C: 주식회사 A의 연구 책임자입니다.
• 피고 중소기업기술정보진흥원장: 구 중소기업 기술혁신촉진법에 따라 중소기업청장으로부터 중소기업 기술진흥 전문기관으로 지정되어 기술혁신촉진지원사업 관련 사무 및 처분 권한을 위탁받은 기관의 장입니다.

분쟁 상황

주식회사 A는 2010년 중소기업 기술혁신개발사업의 'D' 과제에 선정되어, 한국산업기술평가관리원과 2단계에 걸쳐 총 898,000,000원의 정부출연금 지원 협약을 체결했습니다. 1단계 과제는 '단계성공' 판정을 받았지만, 2단계 사업계획서 작성 시 '임상시험 인증 획득을 위한 구체적인 일정, 방법, 계획 추가' 보완 권고를 받았습니다. 이후 2015년 사업 전문기관이 중소기업기술정보진흥원으로 변경되었고, 피고는 이 사건 과제에 대해 최종평가위원회를 열어 2015년 10월 2일 '보류' 판정을, 2016년 2월 26일에는 '실패' 판정을 내렸습니다. 원고 회사의 이의신청은 2016년 4월 7일 기각되었고, 이어서 2016년 6월 13일 성실성 검증위원회에서도 '불성실(실패)'로 판정되었습니다. 이에 피고는 2017년 10월 30일 원고들에게 '연구개발과정을 불성실하게 수행하여 그 결과가 극히 불량한 경우'에 해당한다는 이유로 3년간 중소기업기술개발 지원사업 참여 제한과 함께, 원고 회사에 정부출연금 886,277,689원 환수 처분(이 사건 원처분)을 통보했습니다. 원고들이 이 처분에 대해 이의신청을 하자, 피고는 2017년 12월 6일 참여제한 기간은 3년으로 유지하되 시작 및 종료일을 변경하고, 환수금액은 2단계 협약에 따른 출연금 중 정산금을 제외한 288,702,662원으로 감액하는 처분(이 사건 이의결정)을 다시 통보했습니다. 원고들은 이 사건 원처분 및 예비적으로 이 사건 이의결정의 취소를 구하는 행정소송을 제기하며, 과제 수행 결과가 극히 불량하지 않았고 성실하게 과제를 수행했다고 주장했습니다. 원고들은 특히 시험성적서 확보, 의료기기 인허가 진행 상황, 그리고 연구노트 제출 시 착오가 있었음을 들어 처분의 부당성을 주장했습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 피고의 최초 처분(원처분)이 원고들의 이의신청에 따른 변경 처분(이의결정)으로 인해 효력을 상실했는지 여부입니다. 둘째, 피고가 이 사건 과제의 연구개발 결과를 '극히 불량'하다고 판단하고 연구개발 과정을 '불성실하게 수행'했다고 판단한 것이 정당한지 여부입니다. 셋째, 피고의 참여제한 및 출연금 환수 처분이 재량권의 범위를 일탈하거나 남용한 것으로 위법한지 여부입니다. 넷째, 출연금 환수처분이 강제징수권에 대한 별도 규정이 없더라도 행정소송의 대상이 되는 '처분'에 해당하는지 여부입니다.

법원의 판단

1. 원고들이 최초 처분(이 사건 원처분)의 취소를 구한 주위적 청구 부분은 이미 소멸한 처분의 취소를 구하는 것으로 부적법하여 각하한다.
2. 원고들이 변경된 처분(이 사건 이의결정)의 취소를 구한 예비적 청구는 이유 없으므로 기각한다.
3. 소송비용은 원고들이 부담한다.

결론

법원은 이의결정에 의해 최초 처분은 효력을 상실했으므로 최초 처분의 취소를 구하는 주위적 청구는 받아들일 수 없다고 판단했습니다. 변경 처분인 이의결정의 적법성에 대해서는, 원고 회사의 과제 수행 결과가 사업계획서 상의 목표를 달성하지 못해 '극히 불량'하다고 평가된 점, 임상시험 미실시 및 공인인증기관 시험성적서 미제출, 연구노트의 내용 미흡 등으로 '불성실 수행'이 인정된다고 보았습니다. 특히, 과학기술적 전문성을 요하는 연구개발 평가에 대해 전문가로 구성된 위원회의 판단은 최대한 존중되어야 하며, 피고의 처분이 사실오인이나 재량권의 일탈·남용에 해당한다고 보기 어렵다고 판단하여 최종적으로 피고의 참여제한 및 환수 처분은 적법하다고 결론 내렸습니다. 따라서 원고들의 예비적 청구도 기각되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련된 주요 법령 및 법리는 다음과 같습니다.

• 구 중소기업 기술혁신 촉진법 제31조 제1항 제1호 (연구 결과 극히 불량 시 참여 제한)​ 이 조항은 중소기업 기술개발 사업에 참여한 기업이 연구개발 결과가 '극히 불량'하여 실패 사업으로 결정된 경우, 해당 기업의 향후 지원 사업 참여를 제한할 수 있는 근거를 규정합니다. 이는 정부 자금 지원의 효율성과 책임성을 담보하기 위한 중요한 조항입니다.

• 구 중소기업 기술혁신 촉진법 제32조 제1항 (출연금 환수)​ 이 조항은 제31조 제1항 각 호의 사유(연구 결과 불량 등)가 발생한 경우, 이미 지급된 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있도록 규정합니다. 사업 실패 시 정부 지원금의 회수를 통해 국가 재정의 건전성을 유지하려는 목적을 가집니다.

• 구 중소기업 기술혁신 촉진법 시행령 제20조 제2항 [별표 2] (참여 제한 및 환수 기준)​ 이 시행령은 법률에서 위임한 참여 제한 기간과 출연금 환수 범위에 대한 구체적인 기준을 명시합니다. 특히, '연구개발과정을 불성실하게 수행하여 그 결과가 극히 불량한 경우'(가목)에는 참여 제한 기간을 '3년'으로, 출연금 환수 범위는 '전액'으로 정하고 있어, 단순히 결과가 좋지 않은 것을 넘어 연구 과정의 성실성까지 요구한다는 점에서 중요합니다.

• 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제29조 제1항 및 연구노트 지침 (연구노트 작성 의무)​ 국가 연구개발사업을 수행하는 연구자는 연구 수행의 과정 및 결과를 제3자가 재현할 수 있도록 상세하고 체계적인 연구노트를 작성할 의무를 부담합니다. 이는 연구의 투명성, 신뢰성, 연속성을 확보하고 지식재산권 보호에 기여하는 중요한 요소로, 연구개발 과정의 성실성 판단에 핵심적인 기준이 됩니다.

• 행정처분 재량권의 범위 및 사법 심사 원칙 참여 제한 및 환수 처분 기준은 법규명령이지만, 처분청은 법령이 정한 최고 한도 내에서 위반 행위의 동기, 정도, 결과 등 여러 요인을 종합적으로 고려하여 재량으로 기간 및 금액을 정할 수 있습니다. 법원은 이러한 재량권 행사에 대해 행정청의 전문적이고 공익적인 판단을 존중하며, 사실오인, 비례·평등의 원칙 위배 등 재량권의 일탈·남용이 있었는지 여부만을 심사합니다. 특히 과학기술적 전문성을 요하는 연구개발 결과나 과정 평가는 전문가로 구성된 위원회의 판단이 존중되어야 합니다.

• 행정소송의 대상이 되는 '처분'에 대한 판단 항고소송의 대상이 되는 행정청의 '처분'은 행정청의 공법상 행위로서 국민의 권리·의무에 직접적인 법률적 효과를 발생시키는 행위를 말합니다. 출연금 환수처분은 비록 관련 법규에 강제징수권에 대한 규정이 없더라도, 원고 회사에 직접 출연금 반환의무를 지우는 공법상 행위로서 국민의 권리·의무에 직접적인 영향을 미치므로 항고소송의 대상이 되는 '처분'으로 인정됩니다.

• 이의신청에 따른 변경 처분의 효력 (원처분의 소멸)​ 원처분에 대한 이의신청 결과, 원처분의 주요 내용(예: 환수 금액, 참여 제한 기간 등)이 실질적으로 변경되는 이의결정이 내려진 경우, 원처분은 그 효력을 상실하고 이의결정만이 유효하게 존속하여 행정소송의 대상이 됩니다. 이는 행정청이 이의신청을 통해 기존의 법률 관계를 새롭게 규율하려는 의사를 가진 것으로 보기 때문입니다.

참고 사항

유사한 상황에 처했을 때 다음 사항들을 참고할 수 있습니다.

• 정부지원사업 협약 내용의 철저한 준수: 정부출연금을 받는 기술개발 사업에 참여하는 기업은 사업계획서, 협약 내용, 관련 법령 및 지침을 꼼꼼하게 확인하고 철저히 준수해야 합니다. 특히 기술개발 목표, 주요 성능 지표, 시험 방법 등을 명확히 이해하고, 이에 따라 계획된 개발을 이행하는 것이 중요합니다.
• 객관적인 증빙 자료의 확보 및 보관: 연구개발 과정과 결과에 대한 모든 활동(예: 실험 진행, 각종 시험, 인허가 진행 등)은 객관적으로 증명할 수 있는 자료(예: 공인인증기관의 시험성적서, 연구노트, 관련 인허가 서류 등)로 상세히 기록하고 보관해야 합니다. 개발 기간이 종료된 이후에 확보된 자료는 인정받기 어려울 수 있으므로, 개발 기간 내에 필수적인 증빙을 완비하는 것이 중요합니다.
• 연구노트의 성실하고 체계적인 작성: 연구노트는 단순한 메모 수준을 넘어, 제3자가 연구 수행의 과정과 결과를 재현할 수 있을 정도로 상세하고 체계적으로 작성되어야 합니다. 각 실험의 일시, 목적, 환경, 절차, 내용, 결과 및 그에 대한 해석 등이 정확하게 기록되어야 하며, 내용의 충실성과 과제와의 관련성이 매우 중요합니다.
• 평가 위원회의 의견 존중 및 적극적인 대응: 최종평가위원회, 성실성 검증위원회 등 전문성을 가진 평가 위원회의 판단은 특별한 사정이 없는 한 존중됩니다. 따라서 평가 과정에서 제기되는 보완 요구사항이나 권고사항에 대해 적극적으로 대응하고 이행하여 불이익을 최소화하는 노력이 필요합니다.
• 행정처분 불복 시 소송 대상 명확화: 행정처분에 대한 이의신청 결과, 원처분의 내용이 실질적으로 변경되는 새로운 처분(이의결정)이 내려진 경우, 원처분은 효력을 상실하고 변경된 이의결정 처분만이 행정소송의 대상이 됩니다. 소송을 제기할 때는 변경된 처분을 대상으로 해야 합니다.
• 출연금 환수처분의 처분성 이해: 정부출연금 환수처분은 관련 법령에 강제징수 규정이 명시되어 있지 않더라도, 직접적으로 국민에게 반환 의무를 지우는 공법상 행위로서 행정소송의 대상이 되는 '처분'으로 인정될 수 있습니다. 따라서 환수처분을 받았다면 행정소송을 통해 다툴 수 있습니다.