법인세 연구개발비 세액공제 불인정 사건

금융지주회사인 A 주식회사는 자회사 B가 차세대 전산시스템 개발에 지출한 약 302억 원을 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 보아 법인세 경정청구를 하였습니다. 그러나 세무서가 이를 거부하였고, 이에 A 주식회사가 소송을 제기했습니다. 1심과 2심에서는 일부 금액에 대해 세액공제 대상임을 인정했지만, 대법원은 해당 전산시스템 위탁개발이 구 조세특례제한법상 '과학기술활동'에 해당하지 않으므로 세액공제를 받을 수 없다고 판단하며 세무서의 손을 들어주었습니다.

관련 당사자

• A 주식회사: 금융지주회사이자 원고로, 자회사 B의 차세대 전산시스템 개발 비용에 대한 법인세 경정청구를 한 당사자입니다.
• B 주식회사: A 주식회사의 연결자법인으로, 약 576억 원을 들여 차세대 전산시스템을 수탁업체에 위탁 개발한 금융보험업 회사입니다.
• 남대문세무서장: 피고로, A 주식회사의 법인세 경정청구를 거부한 당사자입니다.
• C 주식회사 등 (수탁업체): B 주식회사의 차세대 전산시스템 개발을 위탁받아 수행한 업체입니다.

분쟁 상황

A 주식회사의 연결자법인인 B 주식회사는 2012년 7월경부터 2014년 1월경까지 상품·서비스 개발 및 전산화, 서버 안정화, 고객정보 관리 등을 위한 차세대 전산시스템을 수탁업체에 위탁 개발하고 총 576억 원의 개발비용을 지출했습니다. 이 중 운영 소프트웨어 개발비 및 인건비 합계 약 302억 원에 대해 A 주식회사는 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 (가)목에 따른 연구·인력개발비 세액공제 대상이라고 주장하며 2013년 및 2014년 사업연도 법인세 일부 환급을 구하는 경정청구를 남대문세무서에 제출했습니다. 그러나 남대문세무서장은 2015년 7월 31일 이를 거부하였고, 이에 A 주식회사가 행정소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

B 주식회사가 외부 업체에 위탁하여 개발한 차세대 전산시스템 개발 비용(약 302억 원)이 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동', 즉 과학기술활동에 해당하여 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는지 여부입니다. 법령상 서비스활동의 위탁연구개발비는 세액공제 대상이 아니므로, 위탁개발이 과학기술활동에 해당하는지가 핵심 쟁점이었습니다.

법원의 판단

대법원은 원심판결 중 피고(남대문세무서장) 패소 부분을 파기하고 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송하며, 원고(A 주식회사)의 상고를 기각했습니다. 이는 차세대 전산시스템의 위탁개발이 구 조세특례제한법상 과학기술활동에 해당하지 않아 연구·인력개발비 세액공제를 받을 수 없다는 대법원의 최종 판단입니다.

결론

대법원은 B 주식회사가 수탁업체에 위탁하여 개발한 차세대 전산시스템은 '과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 체계적이고 창조적인 활동'으로서 '과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동'으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 이는 시스템 개발의 목표와 결과가 기존 업무의 효율적 운영 및 고객 서비스 개선에 중점을 두었을 뿐, 정보기술 자체의 과학기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 보기 어렵다는 취지입니다. 따라서 A 주식회사는 해당 개발 비용에 대한 연구·인력개발비 세액공제를 받을 수 없게 되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건 판결에서 적용된 주요 법령 및 법리 해석은 다음과 같습니다.

1. 구 조세특례제한법 제10조 제1항 (연구·인력개발비에 대한 세액공제)​: 내국인이 연구·인력개발비가 있는 경우 해당 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있습니다.
2. 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호 (연구·인력개발비의 정의)​: 연구·인력개발비는 '연구개발 및 인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용'을 의미하나, '새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다'고 명시하여 서비스활동의 위탁연구개발비는 세액공제 대상이 아님을 명확히 하고 있습니다.
3. 구 조세특례제한법 제9조 제5항 (연구개발의 구체적 범위)​: 연구개발을 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(과학기술활동)'과 '새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동(서비스활동)'으로 정의합니다.
4. 이 사건 별표 제1호: 구 조세특례제한법 시행령 별표 6 제1호는 연구개발비의 범위를 자체연구개발과 위탁 및 공동연구개발로 나누어 규정하며, 위탁 및 공동연구개발의 경우 '과학기술 분야의 연구개발용역 등'을 일정한 요건을 갖춘 기관(위탁적격기관)에 위탁한 때에 한해 그 비용을 적격 연구개발비로 인정합니다.
5. 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조 제5호 (연구개발활동의 의미)​: '과학기술 분야 등의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계·제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정'으로 정의합니다. 대법원은 조세특례제한법상 '연구개발'의 의미를 이 규정과 연계하여 해석해야 한다고 보았습니다.
6. 대법원의 '과학기술활동' 판단 기준: 대법원은 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동'을 '과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 체계적이고 창조적인 활동'으로 보아야 하며, '과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야(자연과학 및 그 적용 기술)의 진전을 이루기 위한 활동'을 의미한다고 판시했습니다. 또한, 연구개발 활동 자체에 내재된 결과의 불확실성이 위탁자뿐만 아니라 연구개발 활동을 실제로 수행하는 수탁자 입장에서도 존재해야 연구개발로 인정될 수 있다고 판단했습니다.

참고 사항

기업이 연구·인력개발비 세액공제를 신청할 때 다음 사항들을 유의해야 합니다.

1. 위탁연구개발의 범위 제한: 구 조세특례제한법상 연구·인력개발비 세액공제는 '과학기술활동'과 '서비스활동'으로 구분됩니다. 특히 외부 업체에 위탁하는 '위탁연구개발'의 경우에는 '과학기술활동'에 한해서만 세액공제가 적용되며, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하는 '서비스활동'에 대한 위탁연구개발비는 세액공제 대상에서 제외됩니다.
2. '과학기술활동'의 엄격한 해석: 대법원은 '과학기술활동'을 '과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 체계적이고 창조적인 활동'으로 정의합니다. 이는 단순히 기존 시스템의 효율성 증대나 서비스 개선을 위한 활동을 넘어, '과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동'이어야 합니다.
3. 결과의 불확실성: 연구개발 활동은 그 속성상 결과의 불확실성을 내포하고 있습니다. 위탁연구개발의 경우, 연구개발 활동을 실제로 수행하는 수탁자 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야만 세액공제 대상인 연구개발로 인정될 수 있습니다.
4. 세액공제 판단 기준: IT 시스템 개발 등을 외부에 위탁할 경우, 해당 활동이 과연 '과학기술활동'에 해당하는지, 아니면 '서비스활동'에 해당하는지 그 목표와 결과 등을 종합적으로 고려하여 판단해야 합니다. 단순한 업무 효율화나 고객 서비스 개선 목적의 개발은 '과학기술활동'으로 인정받기 어려울 수 있습니다.
5. 증빙 자료의 중요성: 연구개발 활동의 내용, 목표, 투입된 인력 및 자원, 결과물 등이 '과학기술활동'의 정의와 기준에 부합함을 명확히 보여주는 증빙 자료를 철저히 준비하고 보관하는 것이 중요합니다.